SNP分子標記是生物領域專利申請文件中一類常見的主題。本文總結了專利申請中四種常見的以SNP分子標記為對象的權利要求撰寫方式,并將其檢索方式歸結為rs號檢索和序列比對兩類。Ensembl數據庫具有涵蓋生物物種多、基因組數據豐富和定期更新的特點。針對目前非人物種SNP檢索資源匱乏的現狀,本文通過深度挖掘Ensembl數據庫,提供了一種以序列比對為基礎的SNP位點檢索的新思路,精準快速定位目標SNP位點,并能給出準確的公開日期。本文所提供的檢索方法,可以為科技工作者進行SNP主題的專利申請查新或是專利審查人員對該主題專利申請的審查工作提供幫助。 

【文章來源】：中國發(fā)明與專利. 2020,17(07)

【文章頁數】：6 頁

【部分圖文】：

SNP檢索結果

檢索過程：本文對案例1的檢索主要涉及SNP的確認步驟，未覆蓋對其用途的檢索。首先，在圖1所示的Ensembl數據庫VEP檢索工具界面下，輸入或上傳SNP分子標記的rs號，即rs317682933進行查找。其次，VEP檢索默認的物種是人，在物種框內刪除并鍵入待檢索SNP所屬物種的英文chicken，即可自動聯想并插入其拉丁名(Gallus gallus)。最后點擊頁面下端的RUN，即可檢索獲得如圖2所示的SNP結果。還需指出的是，Ensembl數據庫除提供了rs號輸入方式外，也可以采用該SNP位點的其他表達方式，例如Ensembl default格式、VCF文件、或是HGVS命名進行檢索，通過點選格式，可以查看所輸入內容的格式是否符合要求，這在很大程度上為使用者提供了方便。圖2 SNP檢索結果

檢索過程：由于該案例對于要求保護的多個SNP位點僅給出了一段包含突變位點的核苷酸序列，故序列比對是唯一可行的途徑。在Ensembl提供的“BLAST/BLAT search”工具下，通過所輸入的序列可直接定位其上包含的SNP。如圖3所示，在序列數據框中輸入上述SEQ ID Nos所示的序列，并在物種框中選擇豬，運行BLAT，就可快速定位到所輸入核苷酸序列在基因組的位置，并且所輸入序列上的SNP位點也以對應的氨基酸替換的陰影浮框“M”凸顯，這提供了可供點擊的鏈接。點擊圖4所示的陰影處的氨基酸，即可進入相應的SNP結果界面。圖4 輸入序列中所包含的SNP位點的鏈接

【參考文獻】：
期刊論文
[1]淺談SNP類專利申請在NCBI、UCSC、ENSEMBL數據庫的檢索[J]. 代月函,呂小蒙.  中國發(fā)明與專利. 2019(05)



本文編號：3100360