SNP分子標(biāo)記是生物領(lǐng)域?qū)＠暾?qǐng)文件中一類常見的主題。本文總結(jié)了專利申請(qǐng)中四種常見的以SNP分子標(biāo)記為對(duì)象的權(quán)利要求撰寫方式,并將其檢索方式歸結(jié)為rs號(hào)檢索和序列比對(duì)兩類。Ensembl數(shù)據(jù)庫具有涵蓋生物物種多、基因組數(shù)據(jù)豐富和定期更新的特點(diǎn)。針對(duì)目前非人物種SNP檢索資源匱乏的現(xiàn)狀,本文通過深度挖掘Ensembl數(shù)據(jù)庫,提供了一種以序列比對(duì)為基礎(chǔ)的SNP位點(diǎn)檢索的新思路,精準(zhǔn)快速定位目標(biāo)SNP位點(diǎn),并能給出準(zhǔn)確的公開日期。本文所提供的檢索方法,可以為科技工作者進(jìn)行SNP主題的專利申請(qǐng)查新或是專利審查人員對(duì)該主題專利申請(qǐng)的審查工作提供幫助。 

【文章來源】：中國發(fā)明與專利. 2020,17(07)

【文章頁數(shù)】：6 頁

【部分圖文】：

SNP檢索結(jié)果

檢索過程：本文對(duì)案例1的檢索主要涉及SNP的確認(rèn)步驟，未覆蓋對(duì)其用途的檢索。首先，在圖1所示的Ensembl數(shù)據(jù)庫VEP檢索工具界面下，輸入或上傳SNP分子標(biāo)記的rs號(hào)，即rs317682933進(jìn)行查找。其次，VEP檢索默認(rèn)的物種是人，在物種框內(nèi)刪除并鍵入待檢索SNP所屬物種的英文chicken，即可自動(dòng)聯(lián)想并插入其拉丁名(Gallus gallus)。最后點(diǎn)擊頁面下端的RUN，即可檢索獲得如圖2所示的SNP結(jié)果。還需指出的是，Ensembl數(shù)據(jù)庫除提供了rs號(hào)輸入方式外，也可以采用該SNP位點(diǎn)的其他表達(dá)方式，例如Ensembl default格式、VCF文件、或是HGVS命名進(jìn)行檢索，通過點(diǎn)選格式，可以查看所輸入內(nèi)容的格式是否符合要求，這在很大程度上為使用者提供了方便。圖2 SNP檢索結(jié)果

檢索過程：由于該案例對(duì)于要求保護(hù)的多個(gè)SNP位點(diǎn)僅給出了一段包含突變位點(diǎn)的核苷酸序列，故序列比對(duì)是唯一可行的途徑。在Ensembl提供的“BLAST/BLAT search”工具下，通過所輸入的序列可直接定位其上包含的SNP。如圖3所示，在序列數(shù)據(jù)框中輸入上述SEQ ID Nos所示的序列，并在物種框中選擇豬，運(yùn)行BLAT，就可快速定位到所輸入核苷酸序列在基因組的位置，并且所輸入序列上的SNP位點(diǎn)也以對(duì)應(yīng)的氨基酸替換的陰影浮框“M”凸顯，這提供了可供點(diǎn)擊的鏈接。點(diǎn)擊圖4所示的陰影處的氨基酸，即可進(jìn)入相應(yīng)的SNP結(jié)果界面。圖4 輸入序列中所包含的SNP位點(diǎn)的鏈接

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]淺談SNP類專利申請(qǐng)?jiān)贜CBI、UCSC、ENSEMBL數(shù)據(jù)庫的檢索[J]. 代月函,呂小蒙.  中國發(fā)明與專利. 2019(05)



本文編號(hào)：3100360