本文關(guān)鍵詞：豬耳型性狀全基因組關(guān)聯(lián)分析及重要候選基因MSRB3的克隆分析

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【摘要】：耳型是豬的重要品種特征之一,在品種鑒定中發(fā)揮重要作用。但是,目前對(duì)耳型基因定位研究較少,還未揭示其主效基因及因果突變位點(diǎn)。本研究利用Illumina的豬SNP60芯片,在大白豬×民豬F2資源群體中對(duì)耳型性狀進(jìn)行全基因組關(guān)聯(lián)分析,對(duì)定位到的顯著關(guān)聯(lián)區(qū)間進(jìn)行精細(xì)定位,并對(duì)重要候選基因MSRB3進(jìn)行c DNA全序列克隆及分析。主要研究?jī)?nèi)容如下:采用基于混合模型及回歸的快速全基因組關(guān)聯(lián)分析及基因組控制的方法,對(duì)F2資源群體的耳型性狀進(jìn)行全基因組關(guān)聯(lián)分析,共檢測(cè)到23個(gè)全基因組水平顯著的SNPs(P1.0509×10-6),將影響耳型性狀的QTL定位到SSC5上位于30.31Mb和36.11Mb之間的長(zhǎng)為5.80Mb的區(qū)域內(nèi),其中,最顯著關(guān)聯(lián)的SNP位點(diǎn)ASGA0025237位于WIF1內(nèi)(P=2.39×10-7)。為了進(jìn)一步縮小QTL區(qū)間,采用標(biāo)記輔助分離分析、IBD分析及單倍型分析進(jìn)行精細(xì)定位。最終將QTL定位到了標(biāo)記ASGA0025237和ALGA0031527之間的639kb區(qū)間內(nèi),共包含WIF1、LEMD3和MSRB3三個(gè)基因,可作為耳型性狀的候選基因進(jìn)行后續(xù)研究。對(duì)大白豬耳樣提取RNA后,采用PCR和RACE方法,克隆MSRB3 c DNA全序列,獲得了全長(zhǎng)為3765bp的c DNA全序列,提交Gen Bank,獲得登錄號(hào):KP772260。該序列包含了189bp的5′-UTR、552bp的編碼183個(gè)氨基酸的ORF區(qū)和3017bp的3′-UTR,由7個(gè)外顯子組成,且在3′末端具有加尾信號(hào)AATAAA。該基因的c DNA序列和氨基酸序列與人、猩猩、鼠、雞和斑馬魚(yú)分別進(jìn)行比對(duì)分析,c DNA序列的一致性分別為84%、84%、87%、86%和70%,氨基酸序列的一致性分別為88%、91%、89%、86%和67%。利用SMART預(yù)測(cè)MSRB3蛋白的保守結(jié)構(gòu)域,獲得了一個(gè)由123個(gè)氨基酸組成的Sel R結(jié)構(gòu)域,可結(jié)合該蛋白催化活性所必須的鋅原子。組織表達(dá)譜分析顯示該基因在肌肉中相對(duì)表達(dá)量(0.699)最高,在淋巴中相對(duì)表達(dá)量(0.0019)最低,在耳朵中中等程度表達(dá)。利用4頭祖代大白和4頭祖代民豬檢測(cè)MSRB3的外顯子和啟動(dòng)子上的多態(tài)性,共檢測(cè)到8個(gè)SNP位點(diǎn)。其中,c.2571TC位于3′-UTR,同義突變c.484TC位于ORF,其它位點(diǎn)c.-1750AT、c.-1674GA、c.-1586TC、c.-1573CA、c.-735CT和c.-358GA位于啟動(dòng)子內(nèi)。c.-1750AT位于預(yù)測(cè)的啟動(dòng)子活性區(qū)域內(nèi)。MSRB3的克隆分析為進(jìn)一步開(kāi)展其基因功能研究奠定了基礎(chǔ)。本研究通過(guò)GWAS和精細(xì)定位發(fā)現(xiàn)MSRB3基因可作為豬耳型性狀主效候選基因之一,不但對(duì)GWAS后主效基因探索研究有著重要的理論意義,也為豬種質(zhì)資源分子鑒定提供了輔助方法和參考借鑒。?
【關(guān)鍵詞】：豬 耳型 全基因組關(guān)聯(lián)分析 MSRB3 cDNA克隆
【學(xué)位授予單位】：中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2015
【分類號(hào)】：S828;Q78
【目錄】：

• 附件3-6
• 摘要6-7
• Abstract7-13
• 英文縮略表13-14
• 第一章 引言14-21
• 1.1 全基因組關(guān)聯(lián)分析14-18
• 1.1.1 全基因組關(guān)聯(lián)分析的提出和概念14
• 1.1.2 全基因組關(guān)聯(lián)分析的優(yōu)勢(shì)14-15
• 1.1.3 全基因組關(guān)聯(lián)分析的基礎(chǔ)15-16
• 1.1.4 影響全基因組關(guān)聯(lián)分析準(zhǔn)確性的因素16-17
• 1.1.5 全基因組關(guān)聯(lián)分析應(yīng)用進(jìn)展17-18
• 1.2 耳性狀基因定位研究進(jìn)展18-19
• 1.2.1 人類耳性狀基因定位研究進(jìn)展18
• 1.2.2 犬耳性狀基因定位研究進(jìn)展18-19
• 1.2.3 豬耳性狀基因定位研究進(jìn)展19
• 1.3 本研究的目的及意義19-21
• 第二章 豬耳型性狀全基因組關(guān)聯(lián)分析21-37
• 2.1 試驗(yàn)材料21-23
• 2.1.1 試驗(yàn)動(dòng)物21-22
• 2.1.2 儀器設(shè)備、主要試劑及溶液的配制22-23
• 2.2 試驗(yàn)方法23-28
• 2.2.1 技術(shù)路線23
• 2.2.2 耳樣采集及表型測(cè)定23-24
• 2.2.3 基因組DNA的提取與檢測(cè)24-25
• 2.2.4 SNP基因型的判定25
• 2.2.5 芯片數(shù)據(jù)質(zhì)量控制25-26
• 2.2.6 統(tǒng)計(jì)分析26-27
• 2.2.7 標(biāo)記輔助分離分析27
• 2.2.8 IBD分析27-28
• 2.2.9 單倍型分析28
• 2.2.10 基因注釋及候選基因篩選28
• 2.3 試驗(yàn)結(jié)果28-34
• 2.3.1 質(zhì)量控制28-29
• 2.3.2 全基因組關(guān)聯(lián)分析29-31
• 2.3.3 群體分層31
• 2.3.4 標(biāo)記輔助分離分析31-32
• 2.3.5 IBD分析32-33
• 2.3.6 單倍型分析33-34
• 2.4 討論34-37
• 2.4.1 全基因組關(guān)聯(lián)分析34-35
• 2.4.2 精細(xì)定位35
• 2.4.3 小結(jié)35-37
• 第三章 豬耳型性狀重要候選基因MSRB3的克隆分析37-55
• 3.1 試驗(yàn)材料37
• 3.1.1 試驗(yàn)動(dòng)物37
• 3.1.2 主要儀器、試劑和溶液配制37
• 3.2 試驗(yàn)方法37-44
• 3.2.1 樣品采集37-38
• 3.2.2 基因組DNA和總RNA的提取38
• 3.2.3 反轉(zhuǎn)錄合成cDNA38
• 3.2.4 MSRB3 cDNA全序列克隆38-42
• 3.2.5 生物信息學(xué)分析42
• 3.2.6 外顯子順序鑒定42-43
• 3.2.7 組織表達(dá)譜分析43-44
• 3.2.8 多態(tài)性探索及分析44
• 3.3 試驗(yàn)結(jié)果44-52
• 3.3.1 MSRB3 CDNA全序列克隆44-45
• 3.3.2 外顯子排列順序鑒定45-46
• 3.3.3 生物信息學(xué)分析46-49
• 3.3.4 組織表達(dá)譜分析49-50
• 3.3.5 多態(tài)性探索及分析50-52
• 3.4 討論52-53
• 3.4.1 耳型性狀重要候選基因MSRB352
• 3.4.2 MSRB3 CDNA全序列克隆52-53
• 3.4.3 生物信息學(xué)分析53
• 3.4.4 多態(tài)性探索及分析53
• 3.5 小結(jié)53-55
• 第四章 全文結(jié)論55-56
• 參考文獻(xiàn)56-62
• 附錄62-68
• 致謝68-69
• 作者簡(jiǎn)歷69

【參考文獻(xiàn)】

中國(guó)期刊全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前1條

1 邢桂春,張成崗,魏漢東,賀福初;采用RACE技術(shù)獲得全長(zhǎng)人新基因MAGE-D1[J];中國(guó)生物化學(xué)與分子生物學(xué)報(bào);2001年02期

中國(guó)博士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前3條

1 李平華;豬5號(hào)染色體耳面積QTL精細(xì)定位及其因果基因的初步鑒別[D];江西農(nóng)業(yè)大學(xué);2012年

2 阮國(guó)榮;利用全基因組關(guān)聯(lián)分析（GWAS）鑒別豬腹股溝/陰囊疝易感基因[D];江西農(nóng)業(yè)大學(xué);2012年

3 劉欣;豬胴體性狀全基因組關(guān)聯(lián)分析及背膘厚主效基因篩選研究[D];中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院;2014年

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本文編號(hào)：857676