發(fā)布時(shí)間：2017-09-05 21:32

  本文關(guān)鍵詞：一株Cobetia sp.引起的壇紫菜綠爛病病原菌的鑒定及全基因組測(cè)序

  更多相關(guān)文章： 壇紫菜 綠爛病 貝特氏菌 致病性 鑒定 全基因組測(cè)序

【摘要】：壇紫菜(Pyropia haitanensis)是中國(guó)獨(dú)有的紫菜品種,在沿海的潮間帶區(qū)域生活,具有獨(dú)有的適應(yīng)環(huán)境脅迫體系。近年來,紫菜養(yǎng)殖業(yè)的栽培規(guī)模持續(xù)增長(zhǎng),紫菜已成為重要的經(jīng)濟(jì)藻類,同時(shí)也遭受著各種各樣的病害威脅。本文對(duì)引起壇紫菜綠爛病的一株貝特氏菌(Cobetia sp.) X1進(jìn)行了分離鑒定和致病性研究,將X1鑒定為新種—紫菜貝特氏菌Cobetia pyropiae sp.nov.,并進(jìn)行了X1的全基因組測(cè)序,為紫菜病害流行病學(xué)及疾病防治提供了基礎(chǔ)數(shù)據(jù)。1.紫菜綠爛病病原分離鑒定和致病性研究：從福建省莆田養(yǎng)殖海區(qū)患綠爛病壇紫菜葉狀體分離得到一株優(yōu)勢(shì)細(xì)菌X 1,人工回接感染實(shí)驗(yàn)和組織病理檢測(cè)顯示該菌株能感染壇紫菜,引起綠爛病。X1為革蘭氏陰性菌,大小為0.9-1.5μm ×0.4μm,根據(jù)16SrRNA基因序列分析結(jié)果將X1鑒定為貝特氏菌(Cobetia sp.)。以濃度為104～108cfu/ml 的X1菌懸液感染壇紫菜,在7天內(nèi)引起紫菜出現(xiàn)13.8%-100%的病斑面積,感染濃度越高,病程的發(fā)展越快。2.紫菜貝特氏菌X1的鑒定：X1能在溫度4℃-37。C、鹽度5-20%、pH 6-10范圍內(nèi)生長(zhǎng),最適生長(zhǎng)溫度為32℃、最適生長(zhǎng)鹽度為10%、最適pH為7.5-8.5；X1在明膠酶、淀粉酶、酪蛋白酶、fween 40、Tween 80反應(yīng)為陰性,Tween20陽性；對(duì)18種常見抗生素敏感。在脂酶、α-葡萄糖苷酶、α-半乳糖苷酶、p-半乳糖苷酶的反應(yīng)呈陽性：主要脂肪酸含量為：C16：1 w7c/16：1w6c(32.92%), C16:0 (19.18%), C12:03-OH (16.04%), C18:1 w7c/18:1 w6c(9.83%), C12:0(8.18%), C17:0 cyclo(7.86%)。上述特征與貝特氏菌屬的其他細(xì)菌有較明顯的不同。在16SrRNA上X1與C. marina較接近,生理生化特征上有較多的差異,且兩者DNA雜交結(jié)果為33.78%,因此X1可鑒定為新種,定名為紫菜貝特氏菌Cobetia pyropiae sp. nov.3.紫菜貝特氏菌X1的全基因組測(cè)序：本研究利用三代測(cè)序平臺(tái)進(jìn)行了X1菌株的全基因組序列測(cè)定。得到一個(gè)完整的環(huán)形基因組圖,基因組大小為3.88M,C+G含量為62.35%,注釋的CDS個(gè)數(shù)為3,431,平均長(zhǎng)度為986 bp,含有7個(gè)16s-23s-5s rRNA和72個(gè)tRNA,進(jìn)行了COG、KEGG和VFDB分析,結(jié)果表明注釋的大部分基因與細(xì)菌的代謝途徑過程相關(guān),包括糖脂轉(zhuǎn)運(yùn)與代謝、氨基酸轉(zhuǎn)運(yùn)與代謝、核酸和酶的轉(zhuǎn)運(yùn)與代謝等;8%的基因?yàn)槎玖ο嚓P(guān)因子,包括鞭毛、菌毛、胞外多糖、轉(zhuǎn)運(yùn)系統(tǒng)和分泌系統(tǒng)等。
【關(guān)鍵詞】：壇紫菜 綠爛病 貝特氏菌 致病性 鑒定 全基因組測(cè)序
【學(xué)位授予單位】：中國(guó)海洋大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2015
【分類號(hào)】：S946.21
【目錄】：

• 摘要5-7
• Abstract7-13
• 前言13-25
• 1 紫菜的生物學(xué)特性13-14
• 1.1 紫菜的分類及價(jià)值13
• 1.2 紫菜的栽培養(yǎng)殖13-14
• 2 藻際微環(huán)境14-15
• 3 紫菜病害概況介紹15-18
• 3.1 紫菜絲狀體和葉狀體常見病害15
• 3.2 國(guó)內(nèi)外有關(guān)紫菜病害微生物學(xué)的研究進(jìn)展15-17
• 3.2.1 國(guó)外紫菜病害研究進(jìn)展16
• 3.2.2 國(guó)內(nèi)紫菜病害研究進(jìn)展16-17
• 3.3 貝特氏菌屬研究概述17-18
• 4 海洋新菌的分類鑒定18-20
• 4.1 基于遺傳學(xué)的分類鑒定18-19
• 4.2 表型特征鑒定19-20
• 5 微生物基因組研究概況及內(nèi)容20-24
• 5.1 基因組測(cè)序技術(shù)21-22
• 5.2 生物信息學(xué)22
• 5.3 微生物基因組研究意義22-24
• 6 本論文研究的目的和意義24-25
• 第一章 壇紫菜病原菌的分離及組織病理觀察25-38
• 1 材料與方法25-27
• 1.1 發(fā)病壇紫菜和健康壇紫菜來源25
• 1.2 病原菌的分離25
• 1.3 病原菌感染紫菜葉狀體實(shí)驗(yàn)25-26
• 1.3.1 制定菌液標(biāo)準(zhǔn)曲線25-26
• 1.3.2 人工回接感染實(shí)驗(yàn)26
• 1.4 病原菌的生理生化和藥物敏感分析26
• 1.5 病原菌的16SrRNA基因序列分析26-27
• 1.6 不同病原菌濃度感染紫菜的程度27
• 2 結(jié)果27-36
• 2.1 海區(qū)壇紫菜患病癥狀27-28
• 2.2 人工感染實(shí)驗(yàn)及組織病理的觀察28-31
• 2.3 病原菌的生理生化特征及16SrRNA基因系統(tǒng)發(fā)育學(xué)分析31-35
• 2.4 不同X1濃度感染壇紫菜的程度35-36
• 3 討論36-38
• 第二章 壇紫菜綠爛病病原菌X1的系統(tǒng)鑒定38-49
• 1 實(shí)驗(yàn)菌株38
• 2 實(shí)驗(yàn)方法38-40
• 2.1 基于遺傳學(xué)的分類鑒定38
• 2.2 表型特征鑒定38-39
• 2.2.1 菌株菌落形態(tài)38
• 2.2.2 革蘭氏染色38
• 2.2.3 鞭毛染色和透射電鏡觀察38-39
• 2.3 生理生化鑒定39
• 2.3.1 溫度、鹽度、pH對(duì)細(xì)菌生長(zhǎng)的影響39
• 2.3.2 胞外酶鑒定試驗(yàn)39
• 2.3.3 唯一碳源利用試驗(yàn)39
• 2.4 實(shí)驗(yàn)菌株API快速鑒定系統(tǒng)39-40
• 2.4.1 運(yùn)用API鑒定系統(tǒng)鑒定細(xì)菌39-40
• 2.4.2 API VET鑒定系統(tǒng)進(jìn)行藥敏檢測(cè)40
• 2.5 化學(xué)分類特征40
• 2.6 DNA-DNA雜交40
• 3 實(shí)驗(yàn)結(jié)果40-48
• 3.1 基于遺傳學(xué)的分類鑒定結(jié)果40-41
• 3.2 表型特征鑒定結(jié)果41-47
• 3.2.1 菌落及菌體形態(tài)41
• 3.2.2 生理生化特征41-45
• 3.2.3 化學(xué)分類特征45-47
• 3.3 DNA雜交結(jié)果47-48
• 4 討論48-49
• 第三章 Cobetia pyropiae sp.nov.全基因組測(cè)序及分析49-65
• 1 實(shí)驗(yàn)材料與方法49-52
• 1.1 培養(yǎng)條件49
• 1.2 X1基因組DNA的提取及質(zhì)控檢測(cè)49-50
• 1.3 X1的全基因組測(cè)序50
• 1.4 基因組序列拼接組裝和組分分析50
• 1.5 基因的預(yù)測(cè)及注釋50
• 1.6 基因功能分析50-51
• 1.6.1 KEGG代謝途徑分析50
• 1.6.2 COG基因家族分類50-51
• 1.7 毒力相關(guān)的基因分析51-52
• 2 結(jié)果分析52-64
• 2.1 基因組測(cè)序提取與質(zhì)控檢測(cè)52-53
• 2.2 基因組序列的拼接、組裝和注釋分析53-55
• 2.3 基因功能分類55-56
• 2.4 基因功能分析56-64
• 2.4.1 Ⅰ型分泌系統(tǒng)(Type Ⅰ secretion system)56-60
• 2.4.2 胞外多糖60
• 2.4.3 胞外酶產(chǎn)物60
• 2.4.4 菌毛和鞭毛60-61
• 2.4.5 與環(huán)境相適應(yīng)的基因61-64
• 3 討論64-65
• 參考文獻(xiàn)65-73
• 附錄73-74
• 致謝74
• 個(gè)人簡(jiǎn)歷74-75
• 附件75-94

【相似文獻(xiàn)】

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1 馬悅欣,張澤宇,劉長(zhǎng)發(fā),范春江,曹善茂;大連地區(qū)裙帶菜綠爛病病原的研究[J];中國(guó)水產(chǎn)科學(xué);1997年S1期

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中國(guó)碩士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前2條

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2 王麗麗;海帶（Laminaria japonica）綠爛病的細(xì)胞學(xué)和生理學(xué)研究[D];中國(guó)海洋大學(xué);2003年

，

本文編號(hào)：800231