本文關(guān)鍵詞：松果體參與鵝就巢調(diào)控過程的分子網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建

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【摘要】：鵝的季節(jié)性繁殖和強就巢性是導(dǎo)致其產(chǎn)蛋率低下,阻礙鵝產(chǎn)業(yè)發(fā)展的重要因素。松果體作為禽類腦部的重要神經(jīng)內(nèi)分泌腺,能將外界光刺激下轉(zhuǎn)化為神經(jīng)內(nèi)分泌信號,通過多種代謝途徑間接或直接對動物的產(chǎn)蛋、就巢過程起調(diào)控作用。為了探究松果體在鵝就巢過程中基因差異性表達的分子網(wǎng)絡(luò)機制,本實驗分別以產(chǎn)蛋期和就巢期鵝松果體為實驗材料,進行Illumina/Solexa測序及數(shù)字基因表達譜(DGE)分析,以期對松果體組織在鵝就巢過程中呈現(xiàn)差異性表達的基因進行鑒別及篩選,并對其進行GO分析和KEGG pathway分析。主要研究結(jié)果如下：1.在構(gòu)建的產(chǎn)蛋組和就巢組文庫中分別檢測到1.85G和1.51G的Raw read序列數(shù)據(jù),經(jīng)過一系列質(zhì)量控制過濾之后,得到了可信度較高的1.82G和1.48G的Clean read序列。2.利用RSEM軟件,將產(chǎn)蛋組、就巢組過濾后的測序序列分別進行基因組定位分析,兩組所得定位百分比均接近90%(產(chǎn)蛋組89.49%；就巢組89.84%)。3.通過DGE技術(shù),在就巢期和產(chǎn)蛋期的松果體組織中共檢測到99個差異性表達的基因,其中有20個基因表達上調(diào),79個基因表達下調(diào)。4.本實驗通過對差異表達基因進行GO功能分類及Pathway分析,發(fā)現(xiàn)這些差異表達基因共參與了95個調(diào)控通路,其中主要顯著富集在色氨酸代謝通路、光傳導(dǎo)通路、血清素激活神經(jīng)元通路、甘油脂質(zhì)代謝通路、葉酸生物合成等通路,進一步證明了松果體在鵝產(chǎn)蛋性能和繁殖性能中起著重要作用。5.就巢組和產(chǎn)蛋組的松果體差異表達基因主要富集在對光刺激的感光知覺功能上,松果體的感光知覺是調(diào)控鵝就巢過程的關(guān)鍵因素。6.獲得了松果體在就巢組和產(chǎn)蛋組中差異表達基因的分子網(wǎng)絡(luò)圖,揭示差異表達基因參與了鵝就巢過程中的氨基酸代謝、核苷酸代謝、維生素代謝、能量代謝、脂質(zhì)代謝等多個代謝過程,并顯著富集在光傳導(dǎo)通路中,對視桿細胞中視黃醇的代謝發(fā)揮著重要作用。
【關(guān)鍵詞】：鵝 松果體 就巢 產(chǎn)蛋 DGE
【學(xué)位授予單位】：四川農(nóng)業(yè)大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2015
【分類號】：S835
【目錄】：

• 摘要5-6
• abstract6-8
• 主要符號說明8-11
• 前言11
• 1 文獻綜述11-23
• 1.1 禽類的就巢現(xiàn)象與生產(chǎn)11-12
• 1.2 禽類就巢的機理研究進展12-15
• 1.2.1 神經(jīng)性組織(腦)對就巢性的調(diào)控12-13
• 1.2.2 參與禽類就巢調(diào)控的主要激素13-14
• 1.2.3 卵巢和卵泡對禽類就巢的調(diào)控14-15
• 1.3 松果體在禽類就巢中的地位及相關(guān)研究15-21
• 1.3.1 松果體的組織形態(tài)特點15-16
• 1.3.2 松果體在禽類就巢過程中的主要作用16
• 1.3.3 松果體中參與就巢的主要激素---褪黑激素16-18
• 1.3.4 松果體中參與就巢的主要途徑18-21
• 1.4 數(shù)字基因表達譜技術(shù)21-22
• 1.5 存在的問題22
• 1.6 研究目的與意義22-23
• 2 材料與方法23-34
• 2.1 試驗材料23-24
• 2.1.1 試驗動物23
• 2.1.2 主要實驗器材23
• 2.1.3 主要試劑和試劑盒23-24
• 2.2 試驗方法24-33
• 2.2.1 主要試劑與配制24
• 2.2.2 總RNA的提取與cDNA合成24-26
• 2.2.3 測序26-29
• 2.2.4 熒光定量PCR驗證29-33
• 2.3 數(shù)據(jù)分析33-34
• 3 結(jié)果與分析34-49
• 3.1 RNA質(zhì)量評估34
• 3.2 測序數(shù)據(jù)質(zhì)量評估34-36
• 3.2.1 測序數(shù)據(jù)過濾34-35
• 3.2.2 參考序列比對分析35-36
• 3.3 測序整體質(zhì)量評估36-37
• 3.3.1 RNA-Seq相關(guān)性檢查36
• 3.3.2 均一性分布檢查36-37
• 3.4 基因差異表達分析37-39
• 3.4.1 基因表達水平分析37-38
• 3.4.2 差異表達基因篩選38-39
• 3.5 差異表達基因GO富集分析39-41
• 3.5.1 差異表達基因GO功能分類圖40
• 3.5.2 差異表達基因GO富集DAG圖40-41
• 3.6 差異表達基因KEGG富集分析41-45
• 3.6.1 差異表達基因Pathway富集性分析41-43
• 3.6.2 差異表達基因的KEGG富集散點圖43-45
• 3.7 分子互作通路圖45
• 3.8 熒光定量PCR驗證45-49
• 3.8.1 內(nèi)參β-actin和GAPDH的定量結(jié)果46
• 3.8.2 6個差異表達基因的定量結(jié)果46-48
• 3.8.3 熒光定量結(jié)果與與測序結(jié)果驗證柱狀圖48-49
• 4 討論49-52
• 4.1 篩選到參與鵝就巢過程的差異表達基因49
• 4.2 松果體參與鵝就巢過程的主要細胞過程49-50
• 4.3 松果體中參與鵝就巢過程的主要細胞信號通路50
• 4.4 松果體參與鵝就巢過程的主要分子網(wǎng)絡(luò)50-51
• 4.5 DGE技術(shù)在揭示鵝就巢過程中松果體分子機制的優(yōu)勢51-52
• 5 結(jié)論52-53
• 主要參考文獻53-59
• 致謝59

【相似文獻】

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本文編號：774809