耳葉是雞典型的外貌特征,其位于耳孔下方,為無(wú)羽毛覆蓋的圓形或橢圓形的褶皺皮膚結(jié)構(gòu),顏色因品種而異,在一些品種中可以發(fā)現(xiàn)黃色,藍(lán)色,紫色和黑色,但常見(jiàn)的是紅色和白色。近幾年的研究表明,雞的紅色/白色耳葉顏色在某些品種中是一種受多基因控制的性狀,但其分子遺傳和組織學(xué)機(jī)制尚不清楚。本研究選取紅耳的北京油雞和白耳的白來(lái)航雞為主要研究對(duì)象,通過(guò)冰凍切片深入觀察紅/白耳葉組織結(jié)構(gòu);運(yùn)用高通量測(cè)序技術(shù)分析了上述兩個(gè)品種35日齡和105日齡耳葉組織的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù),在基因表達(dá)水平上篩選出差異表達(dá)的候選基因并運(yùn)用熒光定量方法進(jìn)行檢測(cè);獲得如下初步研究結(jié)果:1.通過(guò)對(duì)3只105日齡北京油雞和3只105日齡白來(lái)航雞耳葉皮膚組織進(jìn)行冰凍切片試驗(yàn),發(fā)現(xiàn)紅色耳葉真皮層的竇狀毛細(xì)血管數(shù)量多于白色耳葉,而表皮層和皮下組織無(wú)明顯差異。2.通過(guò)對(duì)3只35日齡北京油雞(BY35D)、3只35日齡白來(lái)航雞(BLH35D)、3只105日齡北京油雞(BY105D)和3只105日齡白來(lái)航雞(BLH105D)耳葉組織的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析發(fā)現(xiàn),在四個(gè)比較組中(BLH105D_BLH35D、BY105D_B

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【學(xué)位級(jí)別】：碩士

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摘要
Abstract
中英文縮略詞表
第1章 文獻(xiàn)綜述
    1.1 RNA測(cè)序(RNA-seq)技術(shù)及其在家禽中的應(yīng)用
        1.1.1 轉(zhuǎn)錄組及RNA-seq技術(shù)概述
        1.1.2 RNA質(zhì)量檢測(cè)
        1.1.3 文庫(kù)構(gòu)建
        1.1.4 深度測(cè)序
        1.1.5 測(cè)序數(shù)據(jù)生物信息學(xué)分析
            1.1.5.1 原始測(cè)序序列
            1.1.5.2 數(shù)據(jù)過(guò)濾
            1.1.5.3 數(shù)據(jù)質(zhì)量評(píng)估
            1.1.5.4 與參考數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì)
            1.1.5.5 表達(dá)量分析
            1.1.5.6 差異表達(dá)分析
            1.1.5.7 聚類分析
            1.1.5.8 GO功能分析和KEGG通路分析
            1.1.5.9 可變剪接分析
            1.1.5.10 變異分析
        1.1.6 RNA-seq技術(shù)面臨的挑戰(zhàn)及前景
        1.1.7 RNA-seq技術(shù)在家禽中的應(yīng)用
    1.2 雞色素沉積相關(guān)性狀研究現(xiàn)狀
        1.2.1 羽色性狀
        1.2.2 膚色性狀
        1.2.3 脛色性狀
        1.2.4 蛋殼色性狀
        1.2.5 耳色性狀
        1.2.6 耳色性狀候選基因研究進(jìn)展
    1.3 小結(jié)
第2章 引言
    2.1 研究背景
    2.2 研究目的及意義
    2.3 研究?jī)?nèi)容
第3章 材料與方法
    3.1 試驗(yàn)材料
        3.1.1 試驗(yàn)動(dòng)物
        3.1.2 主要試劑及耗材
        3.1.3 儀器
        3.1.4 主要生物信息學(xué)分析軟件
    3.2 試驗(yàn)方法
        3.2.1 北京油雞和白來(lái)航雞各組織樣品的采集
        3.2.2 105日齡北京油雞和白來(lái)航雞耳葉組織結(jié)構(gòu)觀察與分析
            3.2.2.1 冰凍切片制作
            3.2.2.2 耳葉組織結(jié)構(gòu)觀察與分析
        3.2.3 北京油雞和白來(lái)航雞各組織RNA提取
        3.2.4 北京油雞和白來(lái)航雞各組織RNA質(zhì)量檢測(cè)
        3.2.5 北京油雞和白來(lái)航雞耳葉組織RNA-seq文庫(kù)構(gòu)建與檢測(cè)
        3.2.6 上機(jī)測(cè)序
        3.2.7 北京油雞和白來(lái)航雞耳葉組織轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)處理及生物信息學(xué)分析
            3.2.7.1 原始測(cè)序數(shù)據(jù)處理
            3.2.7.2 Clean Reads與參考基因組比對(duì)
            3.2.7.3 表達(dá)量分析
            3.2.7.4 差異表達(dá)分析
            3.2.7.5 GO功能分析和KEGG通路分析
            3.2.7.6 可變剪接分析
            3.2.7.7 變異分析
            3.2.7.8 候選基因的篩選
        3.2.8 候選基因qPCR分析
            3.2.8.1 引物設(shè)計(jì)
            3.2.8.2 反轉(zhuǎn)錄
            3.2.8.3 實(shí)時(shí)熒光定量PCR
            3.2.8.4 qPCR結(jié)果的統(tǒng)計(jì)分析
            3.2.8.5 候選基因組織表達(dá)譜分析
第4章 結(jié)果與分析
    4.1 紅色耳葉和白色耳葉組織結(jié)構(gòu)觀察
    4.2 北京油雞和白來(lái)航雞各組織RNA質(zhì)檢結(jié)果
    4.3 北京油雞和白來(lái)航雞耳葉組織RNA-seq數(shù)據(jù)質(zhì)控結(jié)果
        4.3.1 數(shù)據(jù)過(guò)濾結(jié)果
        4.3.2 測(cè)序堿基分布情況
    4.4 耳葉組織測(cè)序數(shù)據(jù)與參考基因組的比對(duì)分析
    4.5 基因表達(dá)量分析
    4.6 差異表達(dá)分析
        4.6.1 差異表達(dá)基因統(tǒng)計(jì)分析
        4.6.2 差異表達(dá)基因聚類分析
    4.7 GO功能分析和KEGG通路分析
        4.7.1 差異表達(dá)基因的GO統(tǒng)計(jì)
        4.7.2 差異表達(dá)基因GO顯著性富集
        4.7.3 北京油雞和白來(lái)航雞耳葉組織轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的KEGG通路分析
    4.8 候選基因的篩選
    4.9 可變剪接事件分析
    4.10 變異分析
    4.11 候選基因熒光定量PCR結(jié)果
        4.11.1 qPCR候選基因的選擇及引物設(shè)計(jì)
        4.11.2 qPCR擴(kuò)增曲線及溶解曲線分析
        4.11.3 候選基因在耳葉組織中相對(duì)表達(dá)量
        4.11.4 熒光定量PCR結(jié)果與RNA-seq結(jié)果比較
        4.11.5 HBA1基因在各組織的相對(duì)表達(dá)量
第5章 討論
    5.1 紅色耳葉與白色耳葉組織結(jié)構(gòu)特征
    5.2 雞紅耳和白耳組織的差異表達(dá)基因
    5.3 雞紅/白耳葉性狀候選基因
    5.4 候選基因在耳葉組織的差異表達(dá)
    5.5 HBA1基因的組織表達(dá)譜
第6章 結(jié)論
參考文獻(xiàn)
附錄
致謝
攻讀碩士期間論文發(fā)表情況



本文編號(hào)：3839682