陸地棉產(chǎn)量性狀的全基因組關(guān)聯(lián)分析
發(fā)布時間:2021-10-02 01:06
棉花作為重要的經(jīng)濟作物,在紡織業(yè)和食用油利用中發(fā)揮著巨大的作用。培育高產(chǎn)優(yōu)質(zhì)棉、打破棉花產(chǎn)量瓶頸一直是我國育種家的目標(biāo),挖掘產(chǎn)量相關(guān)基因具有重要意義。本研究構(gòu)建了349份陸地棉種質(zhì)資源的自然群體,通過10×重測序技術(shù)對陸地棉全基因組變異檢測,結(jié)合兩年兩點共三個環(huán)境12個產(chǎn)量性狀表型數(shù)據(jù)進行全基因組關(guān)聯(lián)分析,挖掘產(chǎn)量性狀相關(guān)SNP位點,為后續(xù)陸地棉產(chǎn)量性狀遺傳基礎(chǔ)解析提供基礎(chǔ)。主要結(jié)果如下:1.產(chǎn)量性狀的變異分析和相關(guān)性分析:鈴數(shù)、總生殖數(shù)、單株籽棉產(chǎn)量、棉柴比這四個性狀在多環(huán)境下變異系數(shù)均較大,表型數(shù)據(jù)存在廣泛變異。產(chǎn)量相關(guān)性狀間相關(guān)性較復(fù)雜,株高、果枝數(shù)、果枝節(jié)位、鈴數(shù)、總生殖數(shù)等多數(shù)產(chǎn)量相關(guān)數(shù)據(jù)與產(chǎn)量間呈正相關(guān)關(guān)系,匯總?cè)齻環(huán)境和BLUP值中產(chǎn)量性狀與產(chǎn)量間相關(guān)性,其相關(guān)系數(shù)排序為鈴數(shù)>總生殖數(shù)>鈴重>果枝數(shù)>株高>鈴殼重>子指>衣分。2.群體結(jié)構(gòu)和連鎖不平衡分析:通過平均深度為11.65×的重測序,共產(chǎn)生了25Tb數(shù)據(jù)和198萬個高質(zhì)量SNP位點,利用構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹、主成分分析和ADMIXTURE軟件進行群體結(jié)構(gòu)分析,綜合分析結(jié)果將349...
【文章來源】:山西大學(xué)山西省
【文章頁數(shù)】:61 頁
【學(xué)位級別】:碩士
【部分圖文】:
我國棉花種植面積、單產(chǎn)、總產(chǎn)變化趨勢(2005-2018年)
第一章文獻綜述9傳變異,利用生物信息學(xué)和統(tǒng)計方法研究該自然群體群體結(jié)構(gòu),消除全基因組關(guān)聯(lián)分析中的假陽性,表型數(shù)據(jù)與基因組數(shù)據(jù)相結(jié)合,通過全基因組關(guān)聯(lián)分析,挖掘與產(chǎn)量性狀相關(guān)SNP位點,為陸地棉種質(zhì)創(chuàng)新和分子聚合育種打好基矗1.4.2技術(shù)路線圖1.2技術(shù)路線圖Figure1.2Technologyroadmap
陸地棉產(chǎn)量性狀的全基因組關(guān)聯(lián)分析14本一致,在2018年石家莊中均值較小,鈴殼重的分布在地點上存在差異。子指在三環(huán)境間分布情況較為一致。衣分在2019年運城中均值最高,在2018年石家莊和2018年運城間分布范圍和均值差別較小,衣分在地點間的分布差異較大。單株籽棉產(chǎn)量在2018年運城中分布范圍最廣,均值最大。棉柴比在2018年石家莊中均值最小,而2018年運城和2019年運城棉柴比均值均大于1,說明在石家莊地區(qū)棉花有輕微徒長,在運城地區(qū)陸地棉種植中存在早衰的現(xiàn)象,尤其是在2019年運城中早衰現(xiàn)象更為嚴(yán)重。圖2.1產(chǎn)量性狀多環(huán)境分布情況Figure2.1Multi-environmentdistributionofyieldtraits
【參考文獻】:
期刊論文
[1]Genetic variations in plant architecture traits in cotton(Gossypium hirsutum) revealed by a genomewide association study[J]. Tianwang Wen,Baosheng Dai,Tao Wang,Xinxin Liu,Chunyuan You,Zhongxu Lin. The Crop Journal. 2019(02)
[2]我國2007―2018年轉(zhuǎn)基因抗蟲棉品種審定情況評析[J]. 梁晉剛,姜偉麗,宋賢鵬,王麗,朱香鎮(zhèn),張秀杰,馬艷. 中國棉花. 2019(04)
[3]中國棉花產(chǎn)業(yè)發(fā)展現(xiàn)狀及展望[J]. 盧秀茹,賈肖月,牛佳慧. 中國農(nóng)業(yè)科學(xué). 2018(01)
[4]陸地棉常規(guī)品種(系)與雜交組合性狀相關(guān)性的比較分析[J]. 羅海華,邵德意,陳功,徐秀敏,高欣,袁長凱,彭金劍,湯飛宇. 作物雜志. 2017(05)
[5]機采棉雜交后代主要株型性狀與產(chǎn)量和品質(zhì)的關(guān)系[J]. 齊海坤,嚴(yán)根土,王寧,喬文青,石建斌,許慶華,周紅,黃群. 棉花學(xué)報. 2017(05)
[6]我國棉花生產(chǎn)成本與收益分析[J]. 李培良,魏曉文. 中國棉花. 2017(02)
[7]中國棉花高產(chǎn)育種研究進展[J]. 喻樹迅,范術(shù)麗,王寒濤,魏恒玲,龐朝友. 中國農(nóng)業(yè)科學(xué). 2016(18)
[8]2001~2014年河北省中熟轉(zhuǎn)基因抗蟲棉品種主要性狀改良分析[J]. 田海燕,崔瑞敏,李俊蘭,崔淑芳,劉志芳,王廣恩,周永萍. 河北農(nóng)業(yè)科學(xué). 2016(05)
[9]“十三五”時期我國重要農(nóng)產(chǎn)品消費趨勢、影響與對策[J]. 張雯麗,沈貴銀,曹慧,徐雪高,王慧敏. 農(nóng)業(yè)經(jīng)濟問題. 2016(03)
[10]陸地棉表型性狀與主要育種性狀的相關(guān)性分析[J]. 劉存敬,江振興,師樹新,張建宏,唐麗媛,田海燕,崔瑞敏,張素君,張香云. 河北農(nóng)業(yè)科學(xué). 2015(04)
博士論文
[1]陸地棉早熟與產(chǎn)量纖維品質(zhì)性狀的全基因組關(guān)聯(lián)分析及候選基因篩選[D]. 宿俊吉.西北農(nóng)林科技大學(xué) 2017
[2]短季棉遺傳多樣性分析及其重要農(nóng)藝和經(jīng)濟性狀的QTL定位[D]. 于霽雯.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2006
碩士論文
[1]陸地棉衣分性狀的全基因組關(guān)聯(lián)分析及候選基因的鑒定[D]. 宋成祥.長江大學(xué) 2019
本文編號:3417698
【文章來源】:山西大學(xué)山西省
【文章頁數(shù)】:61 頁
【學(xué)位級別】:碩士
【部分圖文】:
我國棉花種植面積、單產(chǎn)、總產(chǎn)變化趨勢(2005-2018年)
第一章文獻綜述9傳變異,利用生物信息學(xué)和統(tǒng)計方法研究該自然群體群體結(jié)構(gòu),消除全基因組關(guān)聯(lián)分析中的假陽性,表型數(shù)據(jù)與基因組數(shù)據(jù)相結(jié)合,通過全基因組關(guān)聯(lián)分析,挖掘與產(chǎn)量性狀相關(guān)SNP位點,為陸地棉種質(zhì)創(chuàng)新和分子聚合育種打好基矗1.4.2技術(shù)路線圖1.2技術(shù)路線圖Figure1.2Technologyroadmap
陸地棉產(chǎn)量性狀的全基因組關(guān)聯(lián)分析14本一致,在2018年石家莊中均值較小,鈴殼重的分布在地點上存在差異。子指在三環(huán)境間分布情況較為一致。衣分在2019年運城中均值最高,在2018年石家莊和2018年運城間分布范圍和均值差別較小,衣分在地點間的分布差異較大。單株籽棉產(chǎn)量在2018年運城中分布范圍最廣,均值最大。棉柴比在2018年石家莊中均值最小,而2018年運城和2019年運城棉柴比均值均大于1,說明在石家莊地區(qū)棉花有輕微徒長,在運城地區(qū)陸地棉種植中存在早衰的現(xiàn)象,尤其是在2019年運城中早衰現(xiàn)象更為嚴(yán)重。圖2.1產(chǎn)量性狀多環(huán)境分布情況Figure2.1Multi-environmentdistributionofyieldtraits
【參考文獻】:
期刊論文
[1]Genetic variations in plant architecture traits in cotton(Gossypium hirsutum) revealed by a genomewide association study[J]. Tianwang Wen,Baosheng Dai,Tao Wang,Xinxin Liu,Chunyuan You,Zhongxu Lin. The Crop Journal. 2019(02)
[2]我國2007―2018年轉(zhuǎn)基因抗蟲棉品種審定情況評析[J]. 梁晉剛,姜偉麗,宋賢鵬,王麗,朱香鎮(zhèn),張秀杰,馬艷. 中國棉花. 2019(04)
[3]中國棉花產(chǎn)業(yè)發(fā)展現(xiàn)狀及展望[J]. 盧秀茹,賈肖月,牛佳慧. 中國農(nóng)業(yè)科學(xué). 2018(01)
[4]陸地棉常規(guī)品種(系)與雜交組合性狀相關(guān)性的比較分析[J]. 羅海華,邵德意,陳功,徐秀敏,高欣,袁長凱,彭金劍,湯飛宇. 作物雜志. 2017(05)
[5]機采棉雜交后代主要株型性狀與產(chǎn)量和品質(zhì)的關(guān)系[J]. 齊海坤,嚴(yán)根土,王寧,喬文青,石建斌,許慶華,周紅,黃群. 棉花學(xué)報. 2017(05)
[6]我國棉花生產(chǎn)成本與收益分析[J]. 李培良,魏曉文. 中國棉花. 2017(02)
[7]中國棉花高產(chǎn)育種研究進展[J]. 喻樹迅,范術(shù)麗,王寒濤,魏恒玲,龐朝友. 中國農(nóng)業(yè)科學(xué). 2016(18)
[8]2001~2014年河北省中熟轉(zhuǎn)基因抗蟲棉品種主要性狀改良分析[J]. 田海燕,崔瑞敏,李俊蘭,崔淑芳,劉志芳,王廣恩,周永萍. 河北農(nóng)業(yè)科學(xué). 2016(05)
[9]“十三五”時期我國重要農(nóng)產(chǎn)品消費趨勢、影響與對策[J]. 張雯麗,沈貴銀,曹慧,徐雪高,王慧敏. 農(nóng)業(yè)經(jīng)濟問題. 2016(03)
[10]陸地棉表型性狀與主要育種性狀的相關(guān)性分析[J]. 劉存敬,江振興,師樹新,張建宏,唐麗媛,田海燕,崔瑞敏,張素君,張香云. 河北農(nóng)業(yè)科學(xué). 2015(04)
博士論文
[1]陸地棉早熟與產(chǎn)量纖維品質(zhì)性狀的全基因組關(guān)聯(lián)分析及候選基因篩選[D]. 宿俊吉.西北農(nóng)林科技大學(xué) 2017
[2]短季棉遺傳多樣性分析及其重要農(nóng)藝和經(jīng)濟性狀的QTL定位[D]. 于霽雯.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2006
碩士論文
[1]陸地棉衣分性狀的全基因組關(guān)聯(lián)分析及候選基因的鑒定[D]. 宋成祥.長江大學(xué) 2019
本文編號:3417698
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