線粒體DNA（mtDNA）獨立于核基因組進行復(fù)制轉(zhuǎn)錄,具有極高的專一性和獨特性,是進行分類與鑒定的重要標(biāo)記。傻松口蘑作為松口蘑的取代產(chǎn)品備受關(guān)注,合理地開發(fā)利用傻松口蘑這一珍貴的野生資源意義深遠。到目前為止,尚無傻松口蘑線粒體基因組的報道。本文以采自遼寧的一株傻松口蘑（Tricholoma bakamatsutake）菌株為研究對象,通過高通量測序組裝線粒體基因組,并進行注釋分析。選取NCBI已發(fā)表的4個近緣物種,即Tricholoma matsutake、Laccaria amethystina、Laccaria bicolor以及Desarmillaria tabescens的基因組序列與傻松口蘑進行比較,并根據(jù)標(biāo)準(zhǔn)蛋白編碼基因進行系統(tǒng)發(fā)育分析。傻松口蘑的線粒體基因組全長122565 bp,包含了2個核糖體RNA（rnl、rns）、29個轉(zhuǎn)運RNA（tRNA）、14個標(biāo)準(zhǔn)蛋白編碼基因（PCGs）、1個rps3以及13個基因間區(qū)開放閱讀框（ORF）。該線粒體基因組AT含量高達78.5%,符合真菌線粒體基因組高AT含量的特征。標(biāo)準(zhǔn)蛋白編碼基因PCGs的起始密碼子除cox1是以GTG起始... 

【文章來源】：山西大學(xué)山西省

【文章頁數(shù)】：51 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

傻松口蘑線粒體基因組環(huán)狀圖

傻松口蘑線粒體基因組的注釋分析及與近緣物種的比較20蘇氨酸的tRNA-Ile、tRNA-Ser、tRNA-Trp、tRNA-Met均有2個拷貝基因，其余15個tRNA分別對應(yīng)一個拷貝基因。圖2.2傻松口蘑線粒體基因組密碼子使用情況及堿基組成Figure2.2CodonusageandbasecompositionofthemitochondrialgenomeofTricholomabakamatsutake2.3.7基因間隔與重復(fù)序列在傻松口蘑線粒體基因組中，基因間隔范圍為0-3124bp；基因nad2和nad3，nad4L和nad5基因之間都有1bp的重疊，即有1個堿基共用。nad2基因的終止密碼子TAA的最后一個堿基A正是nad3起始密碼子ATG的第一個堿基A；nad5起始密碼子ATG的第一個堿基A是nad4L終止密碼子TAA的最后一個堿基。2.4小結(jié)(1)傻松口蘑線粒體基因組全長為122565bp，包含14個PCGs、2個rRNA、29個tRNA，rps3以及13個獨立的ORF，基因間隔區(qū)序列較長，無長片段的重復(fù)。(2)傻松口蘑線粒體基因組28個內(nèi)含子分布于7個基因中。nad4-i1、cob-i6、cox2-i1以及核糖體大亞基rnl-i4中未發(fā)現(xiàn)ORF，顯示出序列退化的特征。(3)傻松口蘑mtDNA序列堿基組成、密碼子使用和氨基酸組成均具有偏好性。

傻松口蘑線粒體基因組的注釋分析及與近緣物種的比較26Laccariabicolor以及Desarmillariatabescens分別包含13個、5個、4個、8個以及9個ORF，將這些ORF序列進行單獨抽調(diào)，通過NCBI進行BLASTN分析，結(jié)果可以證明ORF只是單獨存在于各個線粒體基因組中對應(yīng)的基因中，序列未發(fā)現(xiàn)具有高相似性。3.3.7氨基酸組成對5個近緣物種的線粒體基因組編碼蛋白的氨基酸使用情況進行詳細統(tǒng)計，結(jié)果如圖3.1所示。將編碼蛋白的氨基酸種類作比對分析，5個真菌均使用了20種氨基酸，對亮氨酸、異亮氨酸、苯丙氨酸、絲氨酸以及酪氨酸的使用頻率都很高，對于天冬酰胺的較高使用頻率則出現(xiàn)在Tricholomabakamatsutake、Tricholomamatsutake、Laccariaamethystina中，不是普遍現(xiàn)象；其余的氨基酸使用頻率相對較低。值得注意的是，Tricholomabakamatsutake與Tricholomamatsutake對于氨基酸的使用頻率的排序較一致，由此推斷Tricholomabakamatsutake與Tricholomamatsutake的親緣關(guān)系可能更相近。圖3.15個近緣物種線粒體基因組中氨基酸組成Figure3.1AminoacidcompositioninthemitochondrialgenomeoffiveRelatedspecies

【參考文獻】：
期刊論文
[1]擔(dān)子菌類食用菌交配型位點結(jié)構(gòu)的研究進展[J]. 鮑大鵬.  菌物學(xué)報. 2019(12)
[2]櫟松口蘑研究進展[J]. 鄧正正.  農(nóng)業(yè)科技與裝備. 2019(02)
[3]四個口蘑科真菌形態(tài)學(xué)及rDNA-ITS測序鑒定[J]. 田慧敏,王秀艷,尹元,呂曉娜,李曉東.  湖北農(nóng)業(yè)科學(xué). 2019(02)
[4]真菌線粒體基因組大小變化[J]. 楊丹,米飛,董建勇,張云潤,吳金燕.  安徽農(nóng)業(yè)科學(xué). 2016(01)
[5]假松口蘑的SCAR特異性分子標(biāo)記[J]. 蘭西,吳松權(quán),金美玉,全雪麗.  江蘇農(nóng)業(yè)學(xué)報. 2015(04)
[6]松口蘑與櫟松口蘑子實體營養(yǎng)成分比較[J]. 全雪麗,王煥軍,石鐵源,張美淑.  食用菌. 2007(02)
[7]線粒體與細胞凋亡[J]. 樊廷俊,夏蘭,韓貽仁.  生物化學(xué)與生物物理學(xué)報. 2001(01)
[8]線粒體DNA和人類進化[J]. 姚永剛,張亞平.  動物學(xué)研究. 2000(05)

博士論文
[1]長白山區(qū)松口蘑種群生物學(xué)特征及其開發(fā)利用[D]. 全雪麗.東北林業(yè)大學(xué) 2006

碩士論文
[1]洛斯里被毛孢線粒體基因組的測序及序列分析[D]. 閆倩倩.山西大學(xué) 2018
[2]羅伯茨綠僵菌線粒體基因組的測序及注釋分析[D]. 賈世杰.山西大學(xué) 2018
[3]膨大彎頸霉基因組進化及交配型基因的初步研究[D]. 楊曉青.山西大學(xué) 2018
[4]蛹蟲草遺傳分化及線粒體遺傳穩(wěn)定性初步研究[D]. 趙宇翔.山西大學(xué) 2017
[5]擔(dān)子菌代表性物種線粒體基因組內(nèi)含子分析及暗褐網(wǎng)柄牛肝菌線粒體基因組研究[D]. 楊丹.云南大學(xué) 2016
[6]低溫真菌線粒體基因組測序及注釋分析[D]. 霍麗琴.山西大學(xué) 2015
[7]真菌線粒體cob中LAGLIDADG歸巢內(nèi)切酶進化分析[D]. 陳志剛.西北農(nóng)林科技大學(xué) 2013



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