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紅花草莓ABC基因家族鑒定及FpABC基因克隆表達(dá)分析

發(fā)布時(shí)間:2021-02-12 14:29
  紅花草莓為草莓家族中新進(jìn)成員,為屬間雜種(Fragaria×Potentilla),具有很高的觀賞和食用價(jià)值;ㄇ嗨剀盏霓D(zhuǎn)運(yùn)對(duì)花色變化有重要作用,ABC基因家族為超基因家族,具有很多成員,可以參與植物細(xì)胞內(nèi)各類物質(zhì)的轉(zhuǎn)運(yùn),有重要的作用,但其如何對(duì)紅花草莓花瓣中花青素苷的轉(zhuǎn)運(yùn)還未有報(bào)道。本研究通過紅花草莓轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù),篩選出131個(gè)紅花草莓ABC基因。對(duì)篩選出的基因家族成員進(jìn)行生物信息學(xué)分析和基因結(jié)構(gòu)鑒定,通過系統(tǒng)進(jìn)化樹構(gòu)建和趨勢(shì)分析,篩選出3個(gè)與花青素苷轉(zhuǎn)運(yùn)相關(guān)的基因,進(jìn)行克隆和時(shí)空表達(dá)模式分析,分析出它們?cè)诓煌l(fā)育時(shí)期,不同組織部位和不同花色的表達(dá)特性。主要結(jié)果如下:(1)對(duì)紅花草莓品種‘四季紅’的不同花蕾發(fā)育階段進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,從轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中,共鑒定出131個(gè)ABC家族成員,分別命名為FpABC1-131。通過對(duì)其理化性質(zhì)分析得出,這些FpABC基因編碼的蛋白質(zhì)含有80-4352個(gè),蛋白質(zhì)分子量約在6775至485455Da之間,等電點(diǎn)4.25-6.44。據(jù)系統(tǒng)進(jìn)化分析,將131個(gè)紅花草莓FpABC基因歸于8個(gè)亞家族。其中ABCB、ABCC、ABCG亞家族成員最多,其他亞家族成員相對(duì)... 

【文章來源】:沈陽農(nóng)業(yè)大學(xué)遼寧省

【文章頁數(shù)】:76 頁

【學(xué)位級(jí)別】:碩士

【文章目錄】:
摘要
Abstract
1 前言
    1.1 紅花草莓育種研究
        1.1.1 紅花草莓的來源
        1.1.2 紅花草莓的育種概況
    1.2 植物花青素苷的合成與轉(zhuǎn)運(yùn)研究
        1.2.1 植物花青素苷概述
        1.2.2 植物花青素苷合成調(diào)控研究
        1.2.3 植物花青素苷轉(zhuǎn)運(yùn)調(diào)控研究
    1.3 植物ABC轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白的相關(guān)研究
        1.3.1 植物ABC轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白的結(jié)構(gòu)與作用機(jī)理
        1.3.2 植物ABC轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白的分類及功能
    1.4 本課題研究的目的與意義
2 材料與方法
    2.1 試驗(yàn)材料
        2.1.1 植物材料
        2.1.2 主要試劑
        2.1.3 主要藥品配制
        2.1.4 所用引物
        2.1.5 主要儀器
    2.2 試驗(yàn)方法
        2.2.1 ABC基因家族生物信息學(xué)分析
            2.2.1.1 ABC基因家族的篩選與鑒定
            2.2.1.2 ABC基因家族理化性質(zhì)分析
            2.2.1.3 ABC基因家族基因結(jié)構(gòu)分析
            2.2.1.4 ABC基因家族聚類
            2.2.1.5 ABC基因家族染色體定位
        2.2.2 紅花草莓花青素苷轉(zhuǎn)運(yùn)相關(guān)FpABC基因的篩選
        2.2.3 花青素苷轉(zhuǎn)運(yùn)相關(guān)基因克隆及序列分析
            2.2.3.1 總RNA提取定
            2.2.3.2 RNA質(zhì)量檢測(cè)
            2.2.3.3 反轉(zhuǎn)錄合成c DNA
            2.2.3.4 PCR擴(kuò)增
            2.2.3.5 膠回收
            2.2.3.6 目的片段與載體連接、轉(zhuǎn)化
            2.2.3.7 陽性克隆的鑒定與測(cè)序
            2.2.3.8 基因的序列比對(duì)與進(jìn)化分析
        2.2.4 紅花草莓FpABC基因表達(dá)分析
            2.2.4.1 總RNA提取
            2.2.4.2 反轉(zhuǎn)錄合成c DNA
            2.2.4.3 qRT-PCR
            2.2.4.4 數(shù)據(jù)處理分析
3 結(jié)果與分析
    3.1 紅花草莓FpABC基因家族生物信息學(xué)分析
        3.1.1 紅花草莓FpABC家族基因的篩選與鑒定
        3.1.2 紅花草莓FpABC基因家族理化性質(zhì)分析
        3.1.3 紅花草莓FpABC基因家族基因結(jié)構(gòu)分析
        3.1.4 紅花草莓FpABC基因家族基因啟動(dòng)子分析
        3.1.5 紅花草莓FpABC基因家族系統(tǒng)進(jìn)化分析
        3.1.6 紅花草莓FpABC基因家族染色體定位分析
    3.2 紅花草莓花瓣花青素苷轉(zhuǎn)運(yùn)相關(guān)FpABC基因篩選
    3.3 紅花草莓花青素苷轉(zhuǎn)運(yùn)相關(guān)基因克隆及序列分析
        3.3.1 總RNA質(zhì)量檢測(cè)
        3.3.2 紅花草莓基因的克隆分析
    3.4 紅花草莓花青素苷轉(zhuǎn)運(yùn)相關(guān)FpABC基因表達(dá)模式分析
        3.4.1 紅花草莓莓花青素苷轉(zhuǎn)運(yùn)相關(guān)FpABC基因在不同花色中的表達(dá)
        3.4.2 紅花草莓花青素苷轉(zhuǎn)運(yùn)相關(guān)FpABC基因不同發(fā)育時(shí)期中的表達(dá)
        3.4.3 紅花草莓花青素苷轉(zhuǎn)運(yùn)相關(guān)FpABC基因在不同器官中的表達(dá)
4 討論
    4.1 紅花草莓ABC基因家族的生物信息學(xué)分析
    4.2 紅花草莓花青素苷轉(zhuǎn)運(yùn)相關(guān)FpABC基因克隆及序列分析
    4.3 紅花草莓花青素苷轉(zhuǎn)運(yùn)相關(guān)FpABC基因表達(dá)模式分析
5 結(jié)論
參考文獻(xiàn)
附錄
致謝


【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]ABC轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白介導(dǎo)離子跨膜運(yùn)輸?shù)难芯窟M(jìn)展[J]. 郜紅建,廣敏,徐佳佳,史書林.  安徽農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào). 2019(03)
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[3]ABC轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白結(jié)構(gòu)與轉(zhuǎn)運(yùn)機(jī)制的研究進(jìn)展[J]. 劉艷青,趙永芳.  生命科學(xué). 2017(03)
[4]擬南芥ABC轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白研究進(jìn)展[J]. 王曉珠,孫萬梅,馬義峰,韓二琴,韓麗,孫麗萍,彭再慧,王邦俊.  植物生理學(xué)報(bào). 2017(02)
[5]ABC轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白結(jié)構(gòu)特點(diǎn)及在植物和真菌重金屬耐性中的作用與機(jī)制[J]. 曹冠華,柏旭,陳迪,張曉蓉,賀森.  農(nóng)業(yè)生物技術(shù)學(xué)報(bào). 2016(10)
[6]結(jié)核分枝桿菌ABC轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白與物質(zhì)的跨膜轉(zhuǎn)運(yùn)[J]. 徐志弘,周愛萍,姚玉峰.  微生物學(xué)報(bào). 2014(06)
[7]植物ATP結(jié)合盒(ABC)轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白研究進(jìn)展[J]. 邵若玄,沈憶珂,周文彬,方佳,鄭炳松.  浙江農(nóng)林大學(xué)學(xué)報(bào). 2013(05)
[8]花青素苷調(diào)控研究進(jìn)展[J]. 樊榮輝,黃敏玲.  中國細(xì)胞生物學(xué)學(xué)報(bào). 2013(05)
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[10]果實(shí)花青素生物合成研究進(jìn)展[J]. 葛翠蓮,黃春輝,徐小彪.  園藝學(xué)報(bào). 2012(09)

博士論文
[1]紅花草莓花瓣呈色相關(guān)基因表達(dá)分析及花色分子標(biāo)記[D]. 丁言.沈陽農(nóng)業(yè)大學(xué) 2019
[2]紅花草莓種質(zhì)創(chuàng)新及花色形成機(jī)理研究[D]. 薛莉.沈陽農(nóng)業(yè)大學(xué) 2016

碩士論文
[1]彩葉草葉片呈色的生理特性及其花色素苷性質(zhì)研究[D]. 羅蘭.西南大學(xué) 2007



本文編號(hào):3031004

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