狐貍分為狐屬和北極狐屬,毛色多樣,篩選毛色調(diào)控基因和研究基因表達(dá)有利于揭示狐貍毛色形成和變異機(jī)制,推動(dòng)毛皮動(dòng)物養(yǎng)殖和分子育種進(jìn)展。本研究運(yùn)用RNA-seq技術(shù)測(cè)定了5個(gè)狐種（北極藍(lán)狐、北極白狐、赤狐、白銀狐和銀十字狐）的序列,經(jīng)數(shù)據(jù)處理和長(zhǎng)序列聚類(lèi)后,獲得了378741條All-unigenes,總長(zhǎng)度為288149813nt,平均長(zhǎng)度為761nt,N50為1530nt。經(jīng)過(guò)功能分類(lèi)和通路分析,在KEGG黑色素生成（Melanogenesis）通路中標(biāo)注出與狐貍毛色相關(guān)的基因有MC1R、Agouti和MITF等共計(jì)34個(gè)。然后針對(duì)黑色素生成（Melanogenesis）通路中3個(gè)差異表達(dá)基因（MITF、MC1R和Agouti）,以及2個(gè)轉(zhuǎn)錄組結(jié)果中表達(dá)量差異倍數(shù)較大且在其它物種上已經(jīng)驗(yàn)證對(duì)毛色影響較大的基因（CBD103和PMEL）用實(shí)時(shí)熒光定量PCR技術(shù)進(jìn)行了驗(yàn)證。高通量測(cè)序結(jié)果表明,MITF和Agouti等基因均為下調(diào)表達(dá)基因;MC1R、和PMEL等基因在赤狐中表達(dá)高于其他狐種。熒光定量PCR結(jié)果表明,5個(gè)基因在2種北極狐的不同組織（皮膚、心、肝、脾、肺、腎和肌肉）中均有表達(dá),且在... 

【文章來(lái)源】：河北科技師范學(xué)院河北省

【文章頁(yè)數(shù)】：62 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

狐屬狐：赤狐（左上）、白銀狐（右上）、銀十字狐（左下）和銀黑狐（右下）

第二章材料與方法9圖2-2北極狐屬狐：北極藍(lán)狐（左）和北極白狐（右）Figure2-2Alopexlagopusfoxes:Arcticbluefox（Left）andArcticwhitefox（Right）2.1.1轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的狐貍樣品赤狐、白銀狐、銀十字狐、北極藍(lán)狐和北極白狐（8月齡公狐貍）的皮膚樣取自河北省秦皇島市昌黎縣金島“狐、貉、貂育種潮。每個(gè)毛色狐種各取3只，每個(gè)皮膚樣本（2cm×2cm）從體側(cè)部收集，快速采集皮膚組織樣于液氮中，低溫運(yùn)送到實(shí)驗(yàn)室-80℃冰箱中保存，備用。2.1.2基因驗(yàn)證的狐貍樣品北極白狐和北極藍(lán)狐（8月齡公狐貍）的皮膚、心臟、肝臟、肺臟、腎臟、脾臟和肌肉7個(gè)組織樣品及赤狐和銀黑狐（8月齡公狐貍）的皮膚組織樣取自河北省秦皇島市隆育養(yǎng)殖有限公司，試驗(yàn)狐貍為發(fā)育良好、體重相近，均為成年狐貍，每個(gè)毛色狐種各取3只，采集各組織樣于液氮罐中，低溫運(yùn)輸?shù)綄?shí)驗(yàn)室-80℃冰箱保存，備用。2.1.3主要試驗(yàn)試劑及配制1.實(shí)驗(yàn)試劑本試驗(yàn)所使用的試劑均購(gòu)自生物試劑公司，主要的試劑信息見(jiàn)表2-1。2.試劑配制試劑配制方法均參考《分子克隆實(shí)驗(yàn)指南》[64]。（1）100mL0.85%生理鹽水：用千分之一精密電子秤稱取0.850g的固體

第二章材料與方法13去除N比例大于5%的reads，（3）去除低質(zhì)量reads；（4）獲得合格cleanreads。使用Trinity軟件[66]將高質(zhì)量cleanreads組裝，通過(guò)去冗余和進(jìn)一步拼接后，再對(duì)這些序列進(jìn)行同源轉(zhuǎn)錄本聚類(lèi)，得到最終的unigenes，組裝步驟見(jiàn)圖2-4。圖2-3狐貍轉(zhuǎn)錄組測(cè)序?qū)嶒?yàn)流程Figure2-1TranscriptomeSequencingExperimentFlowofFox圖2-4組裝步驟圖Figure2-2Assemblysteps4.Unigene功能注釋


本文編號(hào)：2964060