本文關鍵詞：藍蛸Octopus cyanea和栗色蛸Octopus conispadiceus的線粒體基因組研究，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：近年來,許多研究表明基于線粒體基因組的系統(tǒng)發(fā)生分析比單存依靠單一或部分基因片段進行的系統(tǒng)發(fā)生分析信息量更大,說服力更強。藍蛸(Octopus cyaned)和栗色蛸(O. conispadiceus)為兩種常見頭足類,其分布廣,經濟價值高,尤其是前者為我國重要的經濟種類之一。然而,基于線粒體基因組對蛸科動物的研究并不多,目前只有5個物種線粒體基因組測序完成。本研究新測定了這2種蛸的線粒體基因組,并構建已知全序列的鞘亞綱頭足類的系統(tǒng)發(fā)生樹。藍蛸線粒體基因組全長為15,938 bp,共編碼37個基因,與其它海洋貝類不同的是,其蛋白編碼基因中含有atp8基因,故而蛋白編碼基因大于12個(protein coding genes),這些基因中除nad3基因外,其余基因中的AT含量均在70%以上,在atp (atp6和atp8)基因中高達79.5%。使用最多的密碼子是UUU (F),最少的密碼子則是GCG (A).氨基酸使用頻率也存在較大差異,亮氨酸的使用頻率最高,異亮氨酸次之,丙氨酸的使用頻率最低。2種tRNA基因在該物種中出現(xiàn)了重復,分別為trnS1 (gct和tga)和trnL (tag和taa)。藍蛸線粒體基因組中有22個獨立的非編碼區(qū),較栗色蛸的數量多,其總長度為1,017 bp,片段大小在1-822 bp之間不等,其中有8個長度大于10 bp的非編碼區(qū),最長非編碼區(qū)占線粒體基因組總長的5.2%,長度為822 bp。這一非編碼區(qū)中發(fā)現(xiàn)了3個79 bp的重復,A、T、G、C含量分別為40%,35%,7%,17%。栗色蛸(O. conispadiceus)的線粒體基因組全長為16,027 bp,其線粒體基因組中同樣含有37個基因,也編碼atp8基因。其蛋白編碼基因中也存在堿基組成偏斜,在nad2, nad3, nad5, nad64個基因中AT含量均高于80%,除coxl中AT含量為68.2%略低于70%外,絕大多數基因中的AT含量介于70-80%之間。A、T、G、C4種堿基,在不同的基因中含量差異大,同樣表現(xiàn)出三種類型,高T低G,高A低G,高T低C。栗色蛸的線粒體基因組中非編碼區(qū)較藍蛸少(18個),長度在1-971 bp之間不等,總長度為1,089 bp,大于10 bp的區(qū)域有7個,最長非編碼區(qū)為971 bp,占整個線粒體全基因組的9.2%。此區(qū)域,發(fā)現(xiàn)2段(13bp和14bp)較為典型的串聯(lián)重復序列,各自含有3.2和3.3個拷貝。相比于其它軟體動物非編碼區(qū)中存在的1000 bp以上大片段重復序列,栗色蛸中的串聯(lián)重復序列不長。利用新測定的2種蛸和目前已公布的其它全部頭足綱動物線粒體基因組,共計29種頭足類的13個蛋白質編碼基因的核苷酸信息,以鸚鵡螺作為外群,依據最大似然法(maximum likelihood, ML)和貝葉斯法(Bayesian inference, BI)方法構建了該綱動物的系統(tǒng)發(fā)生樹。研究結果顯示線粒體全基因組可作為物種鑒定及系統(tǒng)發(fā)生研究的有效手段,能區(qū)分亞目以上分類階元。研究還發(fā)現(xiàn),藍蛸、栗色蛸、真蛸和小孔蛸聚在一起,而后與短蛸、長蛸和栗色蛸聚為一支,表明蛸屬與擬蛸屬和小孔蛸屬具有較近親緣關系。另外,不論是依據ML還是貝葉斯方法構建的系統(tǒng)發(fā)生樹均支持鞘亞綱和蛸科動物的單系發(fā)生。
【關鍵詞】：藍蛸 栗色蛸 線粒體基因組 頭足類 蛸科 系統(tǒng)發(fā)生
【學位授予單位】：中國海洋大學
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2015
【分類號】：S917.4
【目錄】：

• 摘要5-7
• Abstract7-11
• 第一章 文獻綜述11-26
• 1 線粒體基因組概述11-15
• 1.1 線粒體的起源與進化11-12
• 1.2 線粒體基因組的基本特征12-15
• 2 頭足綱及其線粒體基因組研究進展15-24
• 2.1 頭足綱簡介15-16
• 2.2 頭足綱動物mtDNA組成和特點16-18
• 2.3 mtDNA在頭足類分子系統(tǒng)學研究中的應用18-24
• 3 立論依據、研究內容及目的意義24-26
• 3.1 mtDNA立論依據24-25
• 3.2 研究目的和意義25-26
• 第二章 藍蛸Octopus cyanea線粒體全基因組研究26-40
• 0 引言26-27
• 1 材料與方法27-33
• 1.1 樣品采集與保存27
• 1.2 主要試劑與儀器27-28
• 1.3 DNA提取28-29
• 1.4 PCR擴增與DNA測序29-32
• 1.5 序列拼接與基因注釋32-33
• 2 結果與分析33-40
• 2.1 PCR擴增結果33-34
• 2.2 線粒體基因組的基本特征34-36
• 2.3 蛋白質編碼基因36-37
• 2.4 tRNA和rRNA基因37-38
• 2.5 非編碼區(qū)38-40
• 第三章 栗色蛸Octopus conispadiceus線粒體全基因組研究40-54
• 0 引言40
• 1 材料與方法40-47
• 1.1 樣品采集與保存40-41
• 1.2 主要試劑與儀器41-42
• 1.3 DNA提取42
• 1.4 PCR擴增與DNA測序42-45
• 1.5 序列拼接與基因注釋45-47
• 2 結果與分析47-54
• 2.1 PCR擴增結果47
• 2.2 線粒體基因組基本特征47-50
• 2.3 蛋白編碼基因50-52
• 2.4 tRNA和rRNA基因52
• 2.5 非編碼區(qū)52-54
• 第四章 鞘亞綱頭足類系統(tǒng)學研究54-61
• 0 引言54
• 1 材料與方法54-56
• 2 結果與討論56-59
• 2.1 系統(tǒng)學分析結果57-59
• 2.2 與分類學比較59
• 3 小結59-61
• 參考文獻61-71
• 致謝71-72
• 個人簡歷72
• 學術成果72

【參考文獻】

中國期刊全文數據庫 前10條

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  本文關鍵詞：藍蛸Octopus cyanea和栗色蛸Octopus conispadiceus的線粒體基因組研究，，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

本文編號：285622