本文關(guān)鍵詞：家豬和野豬大腦組織的比較轉(zhuǎn)錄組研究，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：脊椎動(dòng)物中樞神經(jīng)系統(tǒng)的高級(jí)部位是大腦,它是生命機(jī)能的主要調(diào)節(jié)器。本研究以榮昌豬(RC)和野豬(WB)的大腦為研究對(duì)象,通過RNA-seq測(cè)序技術(shù)檢測(cè)了RC和WB大腦的mRNA表達(dá)譜,鑒定新的mRNA轉(zhuǎn)錄本、可變剪切、SNVs和INDELs;通過差異分析篩出在RC和WB的大腦組織中差異表達(dá)的基因,分析了關(guān)鍵基因與功能差異的關(guān)系。為RC和WB的相關(guān)研究提供新的參考數(shù)據(jù),同時(shí)也為家養(yǎng)動(dòng)物起源與馴化的研究提供參考。利用RNA-seq測(cè)定2個(gè)組織的轉(zhuǎn)錄組,共獲得234M (million)、測(cè)序讀長為100bp的雙末端序列,產(chǎn)生大約23.38Gb (gigabases)的數(shù)據(jù),共鑒定出116,466個(gè)轉(zhuǎn)錄本,其中RC中有57,797個(gè)、WB中有58,669個(gè),并在RC和WB中分別發(fā)現(xiàn)了7,968和8,062個(gè)新轉(zhuǎn)錄本；分析2個(gè)轉(zhuǎn)錄文庫的序列變異共發(fā)現(xiàn)37,899個(gè)可變剪切、1,113,972個(gè)SNVs和91,379個(gè)插入/缺失(INDELs)變異。差異基因分析篩選出490個(gè)在RC和WB中差異表達(dá)的基因；通過GO和Pathway分析,將這些差異基因富集到55個(gè)功能項(xiàng),其中與藥物代謝、細(xì)胞間信號(hào)傳導(dǎo)和激素代謝等功能項(xiàng)與RC和WB的生理特征相關(guān)。其中有約50%的富集通路與免疫相關(guān),其中與藥物代謝(Drug metabolism, p= 2.44E-05)相關(guān)的基因均在RC中有較高的表達(dá)量。關(guān)鍵基因AOX1、IL1B以及LAG3的表達(dá)差異反應(yīng)了RC與WB的免疫特征;與神經(jīng)傳導(dǎo)相關(guān)的關(guān)鍵基因GALR2和MPZ在WB中的高表達(dá)分別使得WB具有更強(qiáng)的抗壓抗應(yīng)激能力以及更快更敏銳的反應(yīng)速度；與糖類代謝相關(guān)的關(guān)鍵基因SI反應(yīng)了WB采食的日糧多為高淀粉低脂的事實(shí)；孕激素依賴的CYP26A1與繁殖性能息息相關(guān),CYP26A1基因在RC中的表達(dá)量較WB高,這與RC的高繁殖性能相吻合。通過Q-PCR驗(yàn)證RNA-seq結(jié)果,兩者之間有很好的相關(guān)性(Person's r= 0.86, p10-3)。說明RNA-seq結(jié)果準(zhǔn)確可靠。通過本研究,探討了RC和WB表型差異的分子機(jī)制,篩選出了在RC和WB間差異表達(dá)的基因以及有較大研究價(jià)值的GO和Pathway,可為RC和WB的相關(guān)研究提供新的參考數(shù)據(jù),同時(shí)也為家養(yǎng)動(dòng)物起源與馴化的研究提供參考。
【關(guān)鍵詞】：野豬 家豬 大腦 mRNA轉(zhuǎn)錄組 RNA-seq
【學(xué)位授予單位】：四川農(nóng)業(yè)大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2015
【分類號(hào)】：S828
【目錄】：

• 摘要5-6
• Abstract6-10
• 1 文獻(xiàn)綜述10-23
• 1.1 動(dòng)物的馴化10-13
• 1.2 野豬與家豬13-15
• 1.3 大腦15-17
• 1.4 轉(zhuǎn)錄組測(cè)序17-23
• 1.4.1 轉(zhuǎn)錄組測(cè)序(RNA-seq)17
• 1.4.2 RNA測(cè)序技術(shù)平臺(tái)17-20
• 1.4.3 RNA-seq原理20
• 1.4.4 RNA-seq技術(shù)優(yōu)勢(shì)20-21
• 1.4.5 RNA-seq的應(yīng)用21-23
• 2 研究內(nèi)容與目的意義23-24
• 3 材料和方法24-38
• 3.1 實(shí)驗(yàn)樣品采集24
• 3.2 主要儀器和試劑24-25
• 3.2.1 主要儀器設(shè)備24-25
• 3.2.2 主要試劑25
• 3.3 試驗(yàn)方法25-38
• 3.3.1 Total RNA的提取25
• 3.3.2 Total RNA的質(zhì)檢25-26
• 3.3.3 高通量測(cè)序26-32
• 3.3.4 RNA-seq測(cè)序數(shù)據(jù)處理32-35
• 3.3.5 RNA-seq數(shù)據(jù)可靠性驗(yàn)證35-38
• 4 結(jié)果與分析38-58
• 4.1 Total RNA提取結(jié)果38
• 4.2 榮昌豬和野豬大腦組織轉(zhuǎn)錄組特征分析38-45
• 4.2.1 基因組mapping結(jié)果38-41
• 4.2.2 可變剪切鑒定結(jié)果41
• 4.2.3 序列變異(SNV和INDELS)鑒定結(jié)果41-42
• 4.2.4 野豬和榮昌豬大腦組織轉(zhuǎn)錄組特征比較分析42-44
• 4.2.5 野豬和榮昌豬大腦組織轉(zhuǎn)錄組聚類分析44-45
• 4.3 榮昌豬和野豬大腦組織轉(zhuǎn)錄組差異分析45-57
• 4.3.1 榮昌豬和野豬大腦組織差異轉(zhuǎn)錄本鑒定45-46
• 4.3.2 榮昌豬和野豬大腦組織差異轉(zhuǎn)錄本功能分析46-57
• 4.4 測(cè)序結(jié)果的可靠性驗(yàn)證57-58
• 4.4.1 通過Q-PCR分析驗(yàn)證RNA-seq結(jié)果57-58
• 5 討論58-66
• 5.1 RNA-seq測(cè)序的優(yōu)越性58-59
• 5.2 豬作為動(dòng)物模型的原因59-60
• 5.3 榮昌豬和野豬大腦組織轉(zhuǎn)錄組特征與功能的關(guān)系60-61
• 5.4 榮昌豬和野豬大腦組織轉(zhuǎn)錄組差異與功能的關(guān)系61-65
• 5.4.1 免疫相關(guān)轉(zhuǎn)錄本差異與功能的關(guān)系61-63
• 5.4.2 神經(jīng)傳導(dǎo)相關(guān)轉(zhuǎn)錄本差異與功能的關(guān)系63
• 5.4.3 糖代謝相關(guān)轉(zhuǎn)錄本差異與功能的關(guān)系63-65
• 5.4.4 激素分泌相關(guān)轉(zhuǎn)錄本差異與功能的關(guān)系65
• 5.5 RNA-seq結(jié)果的可靠性65-66
• 6 創(chuàng)新66
• 7 結(jié)論66-68
• 參考文獻(xiàn)68-76
• 致謝76-77
• 攻讀學(xué)位期間發(fā)表的學(xué)術(shù)論文77

【相似文獻(xiàn)】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前6條

1 郭芳彬;蜂王漿與大腦營養(yǎng)和智力[J];養(yǎng)蜂科技;2001年06期

2 ;德研究人員發(fā)現(xiàn)鼠腦中修復(fù)受損大腦的干細(xì)胞[J];東北農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào);2009年12期

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5 夏士亮;劉紅強(qiáng);韓彥飛;佘s，

本文編號(hào)：283376