發(fā)布時(shí)間：2018-12-18 04:00

【摘要】：中華鱉(Pelodiscus sinensis)的俗名為甲魚、水魚,隸屬于龜鱉目(Tesmdinata)鱉科(Trionychidae)鱉屬(Trionyx)。鱉類的養(yǎng)殖在本世紀(jì)初發(fā)展很快,全國(guó)年產(chǎn)量從1996年的3.2萬噸增長(zhǎng)到2015年的34.2萬噸。但是隨著養(yǎng)殖業(yè)的快速發(fā)展,養(yǎng)殖技術(shù)并沒有形成良好規(guī)范。中華鱉的養(yǎng)殖業(yè)正在面臨著種質(zhì)退化、優(yōu)良種苗缺乏的困境。提升中華鱉選育工作的針對(duì)性和效率成為當(dāng)務(wù)之急。本實(shí)驗(yàn)根據(jù)中華鱉現(xiàn)有基因組數(shù)據(jù),擴(kuò)增了中華鱉GHRL基因和GHSR基因,測(cè)序比對(duì)極大極小個(gè)體群體篩選SNPs位點(diǎn),并通過飛行時(shí)間質(zhì)譜法在群體中驗(yàn)證獲得9個(gè)與生長(zhǎng)相關(guān)聯(lián)的SNP位點(diǎn)。此外,本研究還通過簡(jiǎn)化基因組RAD-seq技術(shù)對(duì)26只極大極小中華鱉個(gè)體進(jìn)行了分析,獲得了大量分子標(biāo)記。使用manhattan plot做圖分析得到2個(gè)與生長(zhǎng)相關(guān)的SNP位點(diǎn)。具體研究?jī)?nèi)容如下。1.中華鱉GHRL基因SNPs的篩選及生長(zhǎng)性狀的關(guān)聯(lián)分析。為探究GHRL基因多態(tài)性對(duì)中華鱉生長(zhǎng)相關(guān)性狀的影響,采用直接測(cè)序法在GHRL基因上檢測(cè)到14個(gè)單核苷酸多態(tài)性位點(diǎn)C289T、G501T、T738C、G776T、A841G、T885C、T2960C、A2987T、G3390A、A3857C、G4718A、T4820C、A4850C、T4979C。隨機(jī)選取同批繁殖的120只中華鱉用飛行時(shí)間質(zhì)譜法進(jìn)行SNPs位點(diǎn)的分型,并分析與生長(zhǎng)性狀的相關(guān)性。檢測(cè)結(jié)果顯示,所有SNP位點(diǎn)均符合Hardy-Weinberg平衡狀態(tài)(P0.05)。方差分析結(jié)果顯示,C289T位點(diǎn)的CT、CC基因型的的5項(xiàng)生長(zhǎng)數(shù)據(jù)均顯著高于TT基因型(P0.05)。S2位點(diǎn)的AB基因型的體重、背甲長(zhǎng)、背甲寬和裙邊寬4項(xiàng)數(shù)據(jù)均顯著高于AA基因型(P0.05)。G3390T位點(diǎn)的AG基因型的背甲長(zhǎng)、背甲寬2項(xiàng)數(shù)據(jù)顯著高于AA基因型(P0.05)。G4718A位點(diǎn)的AG基因型的背甲長(zhǎng)、背甲寬、裙邊寬3項(xiàng)數(shù)據(jù)顯著高于AA基因型(P0.05)。本實(shí)驗(yàn)在GHRL基因上獲得的這些SNP位點(diǎn)可能影響著中華鱉的生長(zhǎng)性狀或與之緊密連鎖,可為中華鱉分子輔助育種提供助力與參考。2.中華鱉GHSR基因SNPs的篩選及生長(zhǎng)性狀的關(guān)聯(lián)分析。為探究GHSR基因多態(tài)性對(duì)中華鱉生長(zhǎng)相關(guān)性狀的影響,隨機(jī)選取同批繁殖的200只中華鱉采用直接測(cè)序法在GHSR基因上篩選SNP位點(diǎn)并用一般線性模型分析與生長(zhǎng)性狀的關(guān)聯(lián)性。結(jié)果顯示,檢測(cè)得到4個(gè)單核苷酸多態(tài)性位點(diǎn)G106T、A136G、A13482C和A13526T。所有SNP位點(diǎn)均符合Hardy-Weinberg平衡狀態(tài)(P0.05)。A13482C位點(diǎn)的AC基因型的體重、背甲長(zhǎng)、背甲寬、體高和裙邊寬均顯著高于AA基因型。(P0.05)本實(shí)驗(yàn)在GHRL基因上獲得的這些SNP位點(diǎn)可能影響著中華鱉的生長(zhǎng)性狀或與之緊密連鎖,可為中華鱉分子輔助育種提供助力與參考。3.基于簡(jiǎn)化基因組測(cè)序分析中華鱉生長(zhǎng)相關(guān)SNPs的篩選為了在全基因組層面篩選生長(zhǎng)相關(guān)分子標(biāo)記并探究其與生長(zhǎng)的關(guān)聯(lián)性。本實(shí)驗(yàn)挑選了15只極大個(gè)體(重量大于350g)和11只極小個(gè)體(重量小于130g)用RAD-seq技術(shù)進(jìn)行測(cè)序,獲得了大約6M的片段,5.88M的clean片段。使用比對(duì)軟件bwa對(duì)樣本進(jìn)行對(duì)比,變異檢測(cè)軟件GATK進(jìn)行群體SNP檢測(cè),并采用一般線性模型分析SNP位點(diǎn)與生長(zhǎng)性狀相關(guān)性。結(jié)果顯示,篩查獲得SNP位點(diǎn)8623836個(gè),插入突變數(shù)目308378,缺失突變數(shù)目421403。rs133922和rs260217這兩個(gè)位點(diǎn)-log10(P)≥7,可能與中華鱉的生長(zhǎng)有非常密切的聯(lián)系,需要在更大的群體中得到進(jìn)一步的驗(yàn)證。
[Abstract]:......
【學(xué)位授予單位】：上海海洋大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2017
【分類號(hào)】：S917.4

【參考文獻(xiàn)】

相關(guān)期刊論文 前10條

1 王春曉;盧邁新;高風(fēng)英;劉志剛;曹建萌;朱華平;可小麗;王淼;葉星;葉衛(wèi);;尼羅羅非魚ghrelin基因的多態(tài)性及其與生長(zhǎng)性狀相關(guān)SNP位點(diǎn)的篩選[J];水生生物學(xué)報(bào);2016年01期

2 陳文明;何敏;楊歡;;禽類Ghrelin研究進(jìn)展[J];動(dòng)物醫(yī)學(xué)進(jìn)展;2015年08期

3 童金茍;孫效文;;魚類經(jīng)濟(jì)性狀遺傳解析及分子育種應(yīng)用研究[J];中國(guó)科學(xué):生命科學(xué);2014年12期

4 楊銀鳳;余興邦;王冠玉;都格爾斯仁;包花爾;徐斯日古楞;;中國(guó)馴鹿生長(zhǎng)素(ghrelin)全長(zhǎng)cDNA的克隆及序列分析[J];中國(guó)獸醫(yī)學(xué)報(bào);2014年10期

5 羅開鵬;宋桃偉;孫巖巖;劉彬;羅衛(wèi)星;黃安志;張?jiān)S;;山羊GHRL基因多態(tài)性及其與體重、體尺性狀的關(guān)系研究[J];廣東農(nóng)業(yè)科學(xué);2014年06期

6 周春龍;白俊杰;李勝杰;樊佳佳;馬冬梅;;大口黑鱸高密度脂蛋白結(jié)合蛋白基因(HBP)SNPs的篩選及與生長(zhǎng)性狀關(guān)聯(lián)性分析[J];農(nóng)業(yè)生物技術(shù)學(xué)報(bào);2014年02期

7 李紀(jì)勤;包振民;李玲;胡曉麗;;櫛孔扇貝EST-SNP標(biāo)記開發(fā)及多態(tài)性分析[J];中國(guó)海洋大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版);2013年01期

8 余銳;梁旭方;易提林;張進(jìn);駱小年;王乾;;鱖魚3個(gè)養(yǎng)殖群體經(jīng)濟(jì)性狀及遺傳多樣性分析[J];水產(chǎn)科學(xué);2012年09期

9 李林春;李青;龍勇;崔宗斌;;溫度刺激對(duì)斑馬魚仔魚基因轉(zhuǎn)錄表達(dá)的影響[J];水生生物學(xué)報(bào);2012年05期

10 尹傳龍;張昊星;彭煥文;楊雁;李艷利;馬亮波;;魚類Ghrelin的研究進(jìn)展[J];安徽農(nóng)業(yè)科學(xué);2012年10期

相關(guān)會(huì)議論文 前1條

1 于高水;張文龍;黃勇;丁利;李兆才;李偉;董鋒;杜謙;童德文;;Ghrelin在撒能奶山羊胃腸道內(nèi)的分布與表達(dá)[A];2012年中國(guó)畜牧獸醫(yī)學(xué)會(huì)獸醫(yī)病理學(xué)分會(huì)暨中國(guó)病理生理學(xué)會(huì)動(dòng)物病理生理專業(yè)委員會(huì)學(xué)術(shù)研討會(huì)論文集[C];2012年

相關(guān)博士學(xué)位論文 前1條

1 趙建;黃喉擬水龜種群分化與種質(zhì)資源研究[D];上海海洋大學(xué);2015年

相關(guān)碩士學(xué)位論文 前3條

1 溫海洋;馬氏珠母貝SNP標(biāo)記開發(fā)與其生長(zhǎng)性狀的關(guān)聯(lián)分析[D];海南大學(xué);2014年

2 張德敏;濟(jì)寧青山羊胃腸道ghrelin免疫陽性細(xì)胞與小腸組織結(jié)構(gòu)的發(fā)育性變化[D];山東農(nóng)業(yè)大學(xué);2012年

3 朱春華;中華鱉虹彩病毒單克隆抗體的制備、特性分析及應(yīng)用研究[D];福建農(nóng)林大學(xué);2008年

，

本文編號(hào)：2385304