發(fā)布時間：2018-12-18 04:00

【摘要】：中華鱉(Pelodiscus sinensis)的俗名為甲魚、水魚,隸屬于龜鱉目(Tesmdinata)鱉科(Trionychidae)鱉屬(Trionyx)。鱉類的養(yǎng)殖在本世紀初發(fā)展很快,全國年產(chǎn)量從1996年的3.2萬噸增長到2015年的34.2萬噸。但是隨著養(yǎng)殖業(yè)的快速發(fā)展,養(yǎng)殖技術(shù)并沒有形成良好規(guī)范。中華鱉的養(yǎng)殖業(yè)正在面臨著種質(zhì)退化、優(yōu)良種苗缺乏的困境。提升中華鱉選育工作的針對性和效率成為當務(wù)之急。本實驗根據(jù)中華鱉現(xiàn)有基因組數(shù)據(jù),擴增了中華鱉GHRL基因和GHSR基因,測序比對極大極小個體群體篩選SNPs位點,并通過飛行時間質(zhì)譜法在群體中驗證獲得9個與生長相關(guān)聯(lián)的SNP位點。此外,本研究還通過簡化基因組RAD-seq技術(shù)對26只極大極小中華鱉個體進行了分析,獲得了大量分子標記。使用manhattan plot做圖分析得到2個與生長相關(guān)的SNP位點。具體研究內(nèi)容如下。1.中華鱉GHRL基因SNPs的篩選及生長性狀的關(guān)聯(lián)分析。為探究GHRL基因多態(tài)性對中華鱉生長相關(guān)性狀的影響,采用直接測序法在GHRL基因上檢測到14個單核苷酸多態(tài)性位點C289T、G501T、T738C、G776T、A841G、T885C、T2960C、A2987T、G3390A、A3857C、G4718A、T4820C、A4850C、T4979C。隨機選取同批繁殖的120只中華鱉用飛行時間質(zhì)譜法進行SNPs位點的分型,并分析與生長性狀的相關(guān)性。檢測結(jié)果顯示,所有SNP位點均符合Hardy-Weinberg平衡狀態(tài)(P0.05)。方差分析結(jié)果顯示,C289T位點的CT、CC基因型的的5項生長數(shù)據(jù)均顯著高于TT基因型(P0.05)。S2位點的AB基因型的體重、背甲長、背甲寬和裙邊寬4項數(shù)據(jù)均顯著高于AA基因型(P0.05)。G3390T位點的AG基因型的背甲長、背甲寬2項數(shù)據(jù)顯著高于AA基因型(P0.05)。G4718A位點的AG基因型的背甲長、背甲寬、裙邊寬3項數(shù)據(jù)顯著高于AA基因型(P0.05)。本實驗在GHRL基因上獲得的這些SNP位點可能影響著中華鱉的生長性狀或與之緊密連鎖,可為中華鱉分子輔助育種提供助力與參考。2.中華鱉GHSR基因SNPs的篩選及生長性狀的關(guān)聯(lián)分析。為探究GHSR基因多態(tài)性對中華鱉生長相關(guān)性狀的影響,隨機選取同批繁殖的200只中華鱉采用直接測序法在GHSR基因上篩選SNP位點并用一般線性模型分析與生長性狀的關(guān)聯(lián)性。結(jié)果顯示,檢測得到4個單核苷酸多態(tài)性位點G106T、A136G、A13482C和A13526T。所有SNP位點均符合Hardy-Weinberg平衡狀態(tài)(P0.05)。A13482C位點的AC基因型的體重、背甲長、背甲寬、體高和裙邊寬均顯著高于AA基因型。(P0.05)本實驗在GHRL基因上獲得的這些SNP位點可能影響著中華鱉的生長性狀或與之緊密連鎖,可為中華鱉分子輔助育種提供助力與參考。3.基于簡化基因組測序分析中華鱉生長相關(guān)SNPs的篩選為了在全基因組層面篩選生長相關(guān)分子標記并探究其與生長的關(guān)聯(lián)性。本實驗挑選了15只極大個體(重量大于350g)和11只極小個體(重量小于130g)用RAD-seq技術(shù)進行測序,獲得了大約6M的片段,5.88M的clean片段。使用比對軟件bwa對樣本進行對比,變異檢測軟件GATK進行群體SNP檢測,并采用一般線性模型分析SNP位點與生長性狀相關(guān)性。結(jié)果顯示,篩查獲得SNP位點8623836個,插入突變數(shù)目308378,缺失突變數(shù)目421403。rs133922和rs260217這兩個位點-log10(P)≥7,可能與中華鱉的生長有非常密切的聯(lián)系,需要在更大的群體中得到進一步的驗證。
[Abstract]:......
【學(xué)位授予單位】：上海海洋大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2017
【分類號】：S917.4

【參考文獻】

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本文編號：2385304