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基于psbA-trnH基因和18S rDNA的薯蕷屬植物系統(tǒng)發(fā)育分析

發(fā)布時間:2018-05-22 18:19

  本文選題:薯蕷屬 + 親緣關(guān)系; 參考:《內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué)》2017年碩士論文


【摘要】:薯蕷(Dioscorea)是薯蕷屬(Dioscoreaa)薯蕷科(Dioscoreaceae)薯蕷目(Dioscoreales)植物。薯蕷科現(xiàn)存大約有650多個種,其系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系還不能確定。薯蕷屬植物是多年生且藥食兼用的草本植物,其中山藥是薯蕷屬植物中部分可食用塊莖種類的通用名稱。此些種類因其塊莖淀粉產(chǎn)量高在非洲、亞洲、拉丁美洲、加勒比海和大洋洲廣泛種植。薯蕷屬植物中栽培較多的種為大薯(alaaa)和薯蕷(Dioscorea),因在長期的進化過程中薯蕷屬種類繁多,在栽培和相互引種過程中種類及品種混雜,近緣種難以用傳統(tǒng)的形態(tài)分類進行區(qū)分,市場中存在同名異物、同物異名的現(xiàn)象較為嚴(yán)重,對薯蕷屬種質(zhì)資源的保護和區(qū)分尤為重要。本文通過分析山藥63個不同樣品的psbA-trnH基因片段序列和51個不同薯蕷屬植物樣品的18SrRNA基因片段序列的親緣關(guān)系和系統(tǒng)關(guān)系,結(jié)果表明:1.對其61種薯蕷屬植物的Q型聚類分析結(jié)果表明,各樣品間歐式距離差異大,能準(zhǔn)確辨別種間關(guān)系,具有良好的種質(zhì)資源辨別作用,當(dāng)閾值為7.41時,61個薯蕷屬植物樣品總體分為兩大類。2.對63個山藥的psbA-trnH基因片段序列進行分析結(jié)果顯示,所有品種的基因片段序列長度在331bp~418bp之間,序列親緣關(guān)系在100%~50%之間,遺傳距離在0.518~0.00之間。其中核苷酸變異位點264個,簡約信息位點205個,保守位點178個。核苷酸序列具有明顯的種間差異,能夠明確區(qū)分種間關(guān)系。3.通過對51個薯蕷屬植物樣品18SrRNA基因片段分析,結(jié)果顯示該基因片段序列長度在1765bp~1652bp之間,其親緣關(guān)系在49%~100%之間。遺傳距離在0.000~0.508 之間。4.對薯蕷屬psbA-trmH基因片段序列和18S rRNA基因片段序列的聚類分析結(jié)合形態(tài)指標(biāo)的聚類分析,可以說明海南山藥、洋溪山藥、廣東大薯、明淮3號山藥之間親緣關(guān)系最近,遺傳距離為0。陸良山藥與曲靖山藥與大薯類親緣關(guān)系較近,遺傳距離為0,說明此些品系很可能是與田薯類或與田薯近緣種。5.在聚類中表明,河南鐵棍山藥(2013)與其他河南鐵棍山藥未能聚在一類中,推測它可能是河南鐵棍山藥的混淆種。6.基于18SrRNA基因的聚類結(jié)果,云南麗江熱河野山藥中獨聚在一支,與普通山藥和大薯種之間的親緣關(guān)系較遠,推測可能屬于其他種或品系。
[Abstract]:Dioscorea (Dioscorea) is a plant of Dioscorea (Dioscorea). There are more than 650 species in the family Dioscorea, whose phylogenetic relationship is uncertain. Dioscorea is a perennial herbaceous plant with both medicine and food, in which yam is the common name of some edible tuber species in Dioscorea. These species are widely cultivated in Africa, Asia, Latin America, the Caribbean and Oceania because of their high tuber starch production. The most cultivated species in the genus Dioscorea are Alaaaa) and Dioscorea zingiberensis. Because there are many species of Dioscorea in the long evolution process, the species and varieties are mixed in the process of cultivation and mutual introduction, so it is difficult to distinguish the relative species by traditional morphological classification. There are homonyms and synonyms in the market, so it is very important to protect and distinguish the germplasm resources of Dioscorea. The phylogenetic relationship and phylogenetic relationship of psbA-trnH gene fragments in 63 different samples of Dioscorea and 51 samples of Dioscorea were analyzed. The results of Q cluster analysis of 61 species of Dioscorea showed that there were great differences in the European distance among the samples, which could accurately distinguish the interspecific relationships and had a good discriminating effect on germplasm resources. When the threshold value is 7.41, 61 samples of Dioscorea can be divided into two categories. The results of the analysis of 63 psbA-trnH gene fragments of Chinese yam showed that the length of the gene fragments was between 331bp~418bp, the genetic relationship was between 100% and 50%, and the genetic distance was between 0.5180.00 and 0.5180.00. Nucleotide mutation sites were 264, parsimonious information sites were 205, and conserved sites were 178. The nucleotide sequence has obvious interspecific differences, and can clearly distinguish between species. 3. The 18SrRNA gene fragments of 51 samples of Dioscorea were analyzed. The results showed that the length of the 18SrRNA gene fragment was between 1765bp~1652bp and the genetic relationship was between 49% and 100%. The genetic distance was between 0.000 and 0.508. The cluster analysis of psbA-trmH gene fragment sequence and 18s rRNA gene fragment sequence of Dioscorea combined with the cluster analysis of morphological indexes can show that the genetic relationship between Dioscorea yam, Yangxi yam, Guangdong Big Potato and Minghuai No.3 is the closest, and the genetic distance is 0. The genetic distance between Luliang yam and Qujing yam is close, the genetic distance is 0, which indicates that these strains are probably related to potato or tuber. 5. In the cluster, it is shown that Henan Ironbar yam (2013) and other Henan Ironbar yam can not be clustered in the same group, suggesting that it may be a confounding species of Henan Ironbar yam. Based on the clustering results of 18SrRNA gene, there is only one branch of Yehe yam in Lijiang, Yunnan, which is far related to common Chinese yam and large potato species, so it may belong to other species or strains.
【學(xué)位授予單位】:內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué)
【學(xué)位級別】:碩士
【學(xué)位授予年份】:2017
【分類號】:S632.1

【參考文獻】

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本文編號:1923134

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