基于形態(tài)學(xué)和SSR標記的辣椒遺傳多樣性分析
本文選題:辣椒植物學(xué)性狀 + SSR; 參考:《鄭州大學(xué)》2017年碩士論文
【摘要】:辣椒在世界范圍內(nèi)蔬菜作物中擔(dān)當(dāng)著重要角色,它的用途十分廣泛。本研究調(diào)查分析了辣椒的26個表型性狀,從基于已經(jīng)測序的辣椒基因組序列設(shè)計的152對SSR引物中篩選出來分布在辣椒12對不同染色體上的22對多態(tài)性SSR標記,用于271份辣椒遺傳多樣性分析,并將篩選出來的多態(tài)性引物用于34份朝天椒的遺傳多樣性研究,最后對所有的辣椒進行抗疫病鑒定和分級分析,以期為辣椒雜交種的選育、種質(zhì)資源的保護、親緣關(guān)系的研究和抗疫病育種提供理論基礎(chǔ)。得到的研究結(jié)果如下:1.表型性狀的多樣性研究:遺傳多樣性指數(shù)在葉片長這項上計算出最大值,在果面光澤這項上計算出最小值;變異系數(shù)在單果重這項上計算出最大值,在分枝類型這項上計算出最小值;通過對辣椒各個性狀之間的相關(guān)性分析,有8個成分占據(jù)主導(dǎo)地位,它們對辣椒性狀的影響達到69.99%;根據(jù)辣椒之間表型性狀上的差異,在遺傳距離為5時,271份辣椒聚類之后被劃分為5大類。2.辣椒遺傳多樣性研究:最終從設(shè)計的152對引物中選取出22對能擴增出兩條以上的、重復(fù)性好的、清晰、明亮的SSR引物作為最終引物,被用來分析辣椒的遺傳多樣性。這22對引物能夠擴增位于不同位置的差異帶共59條,每對引物擴增出來的差異帶范圍是2~4,均值為2.68;多態(tài)信息含量值為0.03-0.63,均值為0.38;有效等位基因數(shù)(Ne)為1.03-3.17,均值為1.88;觀測雜合度(Ho)為0-0.96,均值為0.12;期望雜合度(He)為0.03-0.70,均值為0.42、香農(nóng)指數(shù)(Shannon-Weaver)(I)為0.08-1.24,均值為0.68。將讀膠結(jié)果借助于DPS7.05軟件進行處理得到辣椒種質(zhì)的聚類圖,在遺傳距離為0.57處,271份辣椒種質(zhì)被分為2大類,在遺傳距離為0.46處,271份辣椒種質(zhì)被分為5大類。3.基于SSR標記的朝天椒遺傳多樣性分析:利用篩選出的多態(tài)性引物,對34份朝天椒進行遺傳多樣性研究,計算多態(tài)信息含量(PIC)均值為0.37;香農(nóng)指數(shù)(Shannon-Weaver)(I)的均值為0.72;有效等位基因數(shù)(Ne)的均值為1.90;觀測雜合度(Ho)以及期望雜合度(He)的均值分別為0.20、0.44;將讀膠結(jié)果借助于NTSYS-pc 2.10e軟件進行處理得到朝天椒種質(zhì)的聚類圖,分析結(jié)果得到34份朝天椒在遺傳相似系數(shù)0.69處被分為6類。4.辣椒抗疫霉菌的鑒定和分級研究:辣椒抗疫霉菌的結(jié)果按照病情指數(shù)由低到高排列。最終271份辣椒資源被分為4類,其中高抗(HR)類材料7份,包括202-P296、234-P295-2、164-PSY72、157-P70-4、133-P32-27、28-PJ56和95-P56-1,計算的病情指數(shù)數(shù)值在0.00~10.00范圍內(nèi)變化,平均值為6.27;抗病(R)類材料共有69份,計算的病情指數(shù)數(shù)值在11.43~30.00范圍內(nèi)變化,平均值為23.65;中抗(MR)類材料133份,其病情指數(shù)數(shù)值在30.48~50.00范圍內(nèi)變化,平均值為40.21;感病(S)類材料62份,其病情指數(shù)數(shù)值在50.59~80.00范圍內(nèi)變化,平均值為59.73。
[Abstract]:Pepper plays an important role in vegetable crops all over the world and is widely used. In this study, 26 phenotypic traits of capsicum were investigated, and 22 pairs of polymorphic SSR markers were screened from 152 pairs of SSR primers designed based on the genomic sequence of capsicum (Capsicum capsicum), which were distributed on 12 pairs of different chromosomes in capsicum. It was used to analyze the genetic diversity of 271 pepper samples, and the polymorphic primers were used to study the genetic diversity of 34 pepper samples. Finally, all pepper varieties were identified and classified for the breeding of pepper hybrids. The protection of germplasm resources, the study of phylogenetic relationship and the breeding of resistance to epidemic disease provide theoretical basis. The results are as follows: 1: 1. Diversity of phenotypic traits: the genetic diversity index calculates the maximum value on leaf length, the minimum value on fruit sheen, and the coefficient of variation on single fruit weight. The minimum value was calculated on the branching type; through the correlation analysis of the various characters of pepper, eight components were dominant, and their influence on the characters of capsicum reached 69.99. According to the differences of phenotypic characters between capsicum, The genetic distance of 271 capsicum samples was divided into 5 groups. 2. Studies on genetic Diversity of Capsicum: 22 pairs of primers were selected from 152 pairs of primers designed to amplify more than two SSR primers with good reproducibility, clarity and brightness, which were used to analyze the genetic diversity of capsicum (Capsicum capsicum). The 22 pairs of primers were able to amplify 59 differentially located bands. The range of difference bands amplified by each pair of primers was 2.68; the polymorphic information content was 0.03-0.63, the mean was 0.38; the effective allele number was 1.03-3.17, the mean was 1.88; the observed heterozygosity was 0-0.96 and the mean value was 0.12; the expected heterozygosity Hewas 0.03-0.70, and the mean value was 0.88. The Shannon index (Shannon-Weaver I) was 0.08-1.24 with an average of 0.68. The results of gel reading were processed by DPS7.05 software to obtain the cluster map of pepper germplasm. 271 pepper germplasm with genetic distance of 0.57 were divided into two categories, and 271 pepper germplasm with genetic distance of 0.46 were divided into 5 categories. 3. Genetic Diversity Analysis of Chinese Pepper based on SSR Marker: using polymorphic primers, 34 samples of Zanthoxylum capsicum were studied. The mean value of calculated polymorphic information content (NTSYS-pc) is 0.37; Shannon index Shannon-Weaveri is 0.72; the effective allele number is 1.90; the mean of observed heterozygosity and expected heterozygosity are 0.20 and 0.44; the results of gel reading are introduced by NTSYS-pc 2.10e software, respectively, and the mean value of calculated polymorphic information content is 0.37; the mean value of Shannon-Weaver index is 0.72; the mean of effective allele number is 1.90; the mean of observed heterozygosity is 0.20; and the expected heterozygosity is 0.44. The cluster map of Chao Tian pepper germplasm was obtained by row treatment. The results showed that 34 samples of Zanthoxylum officinalis were classified into 6 classes at 0.69 genetic similarity coefficient. Identification and grading of Phytophthora capsici: the results of Phytophthora capsicum were ranked from low to high according to the disease index. The final 271 capsicum resources were classified into 4 groups, of which 7 were of high resistance to chilli (202-P296234-P295-2164-PSY72157-P70-4133-P32-2728-PJ56 and 95-P56-1). The calculated disease index values varied from 0.0010.00 to an average of 6.27. The calculated disease index values varied in the range of 11.43 ~ 30.00, with an average of 23.65; 133 materials with a mean of 40.21 in the range of 30.48 ~ 50.00; and 62 samples with a disease index of 50.59 ~ 80.00. The average value is 59.73.
【學(xué)位授予單位】:鄭州大學(xué)
【學(xué)位級別】:碩士
【學(xué)位授予年份】:2017
【分類號】:S641.3
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,本文編號:1871279
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