本文選題：泥鰍 + 轉(zhuǎn)錄組�。� 參考：《河南師范大學(xué)》2017年碩士論文

【摘要】：泥鰍屬于鯉形目,鰍科,花鰍亞科,泥鰍屬,廣泛分布于中國,日本,韓國,俄羅斯和印度等地。它被稱為“水中人參”,是一種高營養(yǎng)價值的魚。此外,泥鰍是中國經(jīng)濟重要的養(yǎng)殖魚類�？刂坪凸芾砟圉q的繁殖是在水產(chǎn)養(yǎng)殖生產(chǎn)系統(tǒng)中獲得這種魚的可持續(xù)供應(yīng)的必要步驟。因此,對該物種性腺發(fā)育和配子形成的分子調(diào)節(jié)機制的研究在水產(chǎn)養(yǎng)殖和農(nóng)業(yè)生產(chǎn)中具有重要意義。1、利用石蠟切片對泥鰍性腺發(fā)育時期進行組織形態(tài)學(xué)觀察,從而確定泥鰍性腺的幾個關(guān)鍵發(fā)育時期分別是原始生殖細胞(PGC),Ⅱ期精巢(T2),Ⅱ期卵巢(02),成熟精巢(TA)和成熟卵巢(OA)。2、使用Illumina測序技術(shù)對以上性腺發(fā)育關(guān)鍵時期進行從頭轉(zhuǎn)錄組裝配和基因表達分析。Illumina測序共產(chǎn)生321050936個raw reads。在去除銜接子序列,不明確的核苷酸和低質(zhì)量序列后,仍有315776696個clean reads。與Nr,Nt, Swiss-Prot,KEGG, GO, KOG和Pfam七個數(shù)據(jù)庫進行比對,至少與一個數(shù)據(jù)庫比對成功注釋的有68718個unigenes (48.15%),與所有七個數(shù)據(jù)庫比對成功的有10813個unigenes (7.57%)。此外,為原始生殖細胞(PGC),Ⅱ期精巢(T2),Ⅱ期卵巢(02),成熟精巢(TA)和成熟卵巢(OA)構(gòu)建了5個數(shù)字基因表達庫(DGE),還鑒定了五個樣品中許多基因的特異性表達。在5個文庫中選擇具有高差異表達的一些基因作為與性腺發(fā)育相關(guān)的候選物。3、通過qRT-PCR與Illumina測序數(shù)據(jù)文庫中的FPKM值相互驗證得到,qPCR表達結(jié)果與從Illumina測序數(shù)據(jù)文庫獲得的結(jié)果大部分的表達趨勢都是一樣的。這也證明測得的五個轉(zhuǎn)錄組文庫數(shù)據(jù)是可靠及準確的,可以為以后的實驗提供依據(jù)。4、根據(jù)已經(jīng)得到的文庫數(shù)據(jù)進行搜索,并且參考其它硬骨魚類的Wnt4基因序列保守區(qū)設(shè)計引物,結(jié)合PCR克隆技術(shù),得到了泥鰍該基因的全長序列。結(jié)果表明,其中5'非翻譯區(qū)(5'-UTR) 429bp,3'非翻譯區(qū)(3'-UTR)包含polyA尾共1092bp,開放閱讀框1056bp,編碼351個氨基酸。用ProtParam分析分子量為39181道爾頓,理論等電點為8.68,共20種氨基酸,有22個氨基酸的信號肽序列,有跨膜區(qū)。對泥鰍WNT4蛋白的二級結(jié)構(gòu)進行預(yù)測,發(fā)現(xiàn)α螺旋占比32.39%,β轉(zhuǎn)角占比8.24%,無規(guī)卷曲占比39.77%,延伸鏈占比19.6%。氨基酸序列與硬骨魚類中保守性較高,而與兩棲類、鳥類、哺乳類動物間保守性較低。泥鰍與同為鯉形目的模式生物斑馬魚的該基因間的相似性達到96.3%,在進化上最接近。綜上所述,我們得到了泥鰍性腺發(fā)育關(guān)鍵時期的五個轉(zhuǎn)錄組文庫,并且對明星基因Wnt4進行了信息學(xué)分析,為泥鰍性腺分化及決定機制的研究提供了依據(jù)。而具體的作用機制及與性腺發(fā)育相關(guān)的基因的研究還需要進行深入的研究。
[Abstract]:Loach belongs to Cyprinidae, Loach, Loach, Loach, Loach, widely distributed in China, Japan, Korea, Russia and India. It is called "water ginseng", is a high nutritional value of fish. In addition, Loach is an important cultured fish in Chinese economy. Control and management of Misgurnus anguillicaudatus reproduction is a necessary step to obtain a sustainable supply of this fish in aquaculture production systems. Therefore, the study on the molecular regulation mechanism of gonad development and gamete formation in this species is of great significance in aquaculture and agricultural production. Therefore, the key stages of gonadal development of Loach, I. e., primordial germ cell (PGCU), stage 鈪，

本文編號：1842964