本文關(guān)鍵詞：東海帶魚不同群體遺傳多樣性研究　出處：《浙江海洋大學(xué)》2017年碩士論文　論文類型：學(xué)位論文

  更多相關(guān)文章： 帶魚 線粒體基因 SNP 遺傳多樣性

【摘要】：帶魚(Trichiurus lepturus)隸屬鱸形目(Perciformes),帶魚科(Trichiuridae),帶魚屬(Trichiurus),是東海區(qū)最重要的經(jīng)濟魚類,捕撈產(chǎn)量常年居于各種經(jīng)濟魚類首位。本研究通過PCR技術(shù)擴增東海帶魚三個群體(群體A(122°32′E 29°55′N)、群體B(123°30′E 26°75′N)、群體C(124°24′E 27°26′N))線粒體COI和16S rRNA基因序列,對三個群體東海帶魚遺傳多樣性進(jìn)行分析。在此基礎(chǔ)上,利用直接測序法對舟山漁場-ZS(122°32′E 29°55′N)、溫臺漁場-WT(124°24′E 27°26′N)、魚外漁場-YW(125°47′E 29°44′N)、閩東漁場-MD(122°54′E 26°41′N)帶魚群體的線粒體控制區(qū)及COI基因區(qū)域進(jìn)行SNP位點挖掘與位點多態(tài)性進(jìn)行研究。主要研究結(jié)果如下:1.對東海三個群體72尾帶魚線粒體COI和16S rRNA基因擴增,得到1130 bp的COI基因序列片段和554 bp的16S rRNA序列片段,其中COI基因片段的T、C、A、G和A+T含量分別為29.0%、28.9%、24.4%、17.7%和53.4%;16S rRNA基因片段的T、C、A、G和A+T含量分別為22.7%、27.6%、28.0%、21.7%和50.7%,A+T含量均略高于C+G,與其他硬骨魚類線粒體DNA COI和16S rRNA基因片段的堿基組成特征相符。COI基因片段檢測出43個單倍型、49個多態(tài)位點、轉(zhuǎn)換/顛換率為6;16S rRNA基因片段檢測出8個單倍型、8個多態(tài)位點、轉(zhuǎn)換/顛換率為7,兩種基因序列變異均未達(dá)到飽和狀態(tài),COI基因片段比16S rRNA基因片段變異豐富。使用鄰接法構(gòu)建的分子進(jìn)化樹揭示同一群體內(nèi)大部分個體首先聚在一起,存在不同群體間帶魚個體聚合。分析結(jié)果表明,群體A遺傳背景較群體B、群體C豐富,群體內(nèi)部個體差異大于群體間差異,群體間基因交流頻率較高,遺傳分化不明顯,基于線粒體COI和16S rRNA基因序列東海帶魚三個群體的遺傳多樣性偏低。2.通過帶魚線粒體控制區(qū)以及COI基因序列的比對篩選,獲得10個候選SNP位點,設(shè)計10組引物擴增相應(yīng)的基因區(qū)域,結(jié)果發(fā)現(xiàn),觀測雜合度(Ho)分布范圍為0.0625~0.2812,期望雜合度(He)分布區(qū)間在0.1190~0.3989,Tl-10位點極顯著偏離哈代-溫伯格平衡(P0.01),其他9個SNP位點均符合連鎖平衡,處于平衡狀態(tài)(P0.05)。Tl-08、Tl-09位點的多態(tài)信息含量(PIC)分別為0.2713、0.3140,屬于中度多態(tài)水平(PIC0.5),Tl-01、Tl-02、Tl-03、Tl-04、Tl-05、Tl-06、Tl-07位點的多態(tài)信息含量(PIC)處于0.1103~0.2125之間。
[Abstract]:Hairtail (Trichiurus lepturus) belong to Perciformes (Perciformes), Trichiuridae (Trichiuridae), Trichiurus (Trichiurus), is the most important economic fishes in the East China Sea, fishing production in all kinds of economic fish in the first year. In this study, we amplified three mitochondrial populations (group A (122 degree 32 'E 29 degree 55' N), group B (123 degree 30 'E 26 degree 75' N), and C C (124 124 24 'E N degree N' N) by PCR technology. On this basis, the Zhoushan fishing ground using -ZS direct sequencing (122 degrees 29 degrees 32 'E 55' N), Wenzhou fisheries -WT (124 degrees 27 degrees 24 'E 26' N), fish fishing -YW (125 degrees 29 degrees 47 'E 44' N, -MD (122) Mindong Fishing Ground 26 degrees 41 degrees 54 'E' N) mitochondrial control region and COI gene region of SNP loci of Trichiurus haumela mining research and polymorphism. The main results are as follows: 1. in the East China Sea three groups 72 tail hairtail mitochondrial COI and rRNA gene was amplified by 16S, 16S rRNA fragment of COI gene fragment of 1130 BP and 554 BP, the COI gene fragment, C, A, T, G and A+T contents were 29%, 28.9%, 24.4%, and 17.7% 53.4%; 16S rRNA gene fragment T, C, A, G and A+T were respectively 22.7%, 27.6%, 28%, 21.7% and 50.7%, the content of A+T was slightly higher than the C+G, features consistent with other teleost mitochondrial DNA COI and 16S rRNA gene fragments in base composition. The COI gene fragment detected 43 haplotypes, 49 polymorphic loci, the transition / transversion rate was 6; 16S rRNA gene fragment detected 8 haplotypes, 8 polymorphic loci, the transition / transversion rate was 7, two gene sequences were not saturated, COI gene fragment 16S rRNA gene fragment abundant variation. The molecular evolution tree constructed by the adjacency method reveals that most of the individuals in the same group are first gathered together, and there are different groups of fish individual aggregation. The analysis results show that the genetic background of A group in group B, group C is rich, individual differences within groups is greater than the difference between groups, the higher frequency of gene flow between populations, the genetic differentiation was not obvious, mitochondrial COI and 16S rRNA gene sequence of hairtail in three populations of low genetic diversity based on. The screening of 2. control region and COI gene sequence by hairtail mitochondrial alignment, obtained 10 candidate SNP loci, 10 groups of primers to amplify the gene region, the corresponding results, the observed heterozygosity (Ho) was in the range of 0.0625~0.2812, the expected heterozygosity (He) distribution in the range of 0.1190~0.3989, Tl-10 loci significantly deviated from Hardy - Weinberg the balance (P0.01), the other 9 SNP sites were consistent with linkage equilibrium in equilibrium (P0.05). The polymorphic information content (PIC) of Tl-08 and Tl-09 loci was 0.2713 and 0.3140, respectively, belonging to the moderate polymorphism level (PIC0.5), and the polymorphic information content (Tl-01) of Tl-01, Tl-02, Tl-03, Tl-04, Tl-05, Tl-06 and Tl-07 were between.
【學(xué)位授予單位】：浙江海洋大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2017
【分類號】：S917.4

【相似文獻(xiàn)】

相關(guān)期刊論文 前10條

1 田鵬;牛文濤;林榮澄;陳彬;Suharsono;;2種分子標(biāo)記應(yīng)用于澄黃濱珊瑚群體遺傳多樣性研究中的可行性[J];應(yīng)用海洋學(xué)學(xué)報;2014年01期

2 包文斌;束婧婷;許盛海;李慧芳;陳國宏;;樣本量和性比對微衛(wèi)星分析中群體遺傳多樣性指標(biāo)的影響[J];中國畜牧雜志;2007年01期

3 胡鵬飛;李曉東;戴偉;王茜;王曉梅;;不同水系絨螯蟹線粒體DNA的遺傳差異和群體遺傳多樣性研究[J];華北農(nóng)學(xué)報;2008年03期

4 王蘭萍;常洪;耿榮慶;楊章平;孫偉;;長江三角洲白山羊群體遺傳多樣性分析[J];江蘇農(nóng)業(yè)學(xué)報;2006年03期

5 張桂玲;黎中寶;謝德華;;羊鮑野生群體遺傳多樣性與分化的研究[J];海洋科學(xué);2011年03期

6 徐建榮;韓曉磊;郁建鋒;黃佳;;福壽螺3個地理群體遺傳多樣性的ISSR分析[J];安徽農(nóng)業(yè)科學(xué);2008年31期

7 許利強;李濤;王克榮;;利用ISSR分析栗疫病菌群體遺傳多樣性[J];農(nóng)業(yè)生物技術(shù)學(xué)報;2008年04期

8 徐建榮;韓曉磊;李寧;郁建鋒;錢春花;包振民;;福壽螺3個地理群體遺傳多樣性的AFLP分析[J];生態(tài)學(xué)報;2009年08期

9 湯青萍;章雙杰;郭軍;陳寬維;陸火林;蘇建東;;太湖鵝群體遺傳多樣性研究[J];家畜生態(tài)學(xué)報;2010年01期

10 馬曉冰;王桂興;劉海金;姜秀鳳;;秦皇島海域野生牙鲆群體遺傳多樣性分析[J];中國水產(chǎn)科學(xué);2012年06期

相關(guān)會議論文 前10條

1 張林;胡英考;譚睦凝;李雅軒;;小麥群體遺傳多樣性的同工酶分析[A];中國遺傳學(xué)會功能基因組學(xué)研討會論文集[C];2006年

2 黎中寶;陳錦;趙斌麗;雷光高;張桂玲;王展林;;廈門文昌魚群體遺傳多樣性和保育對策的研究[A];中國魚類學(xué)會2008學(xué)術(shù)研討會論文摘要匯編[C];2008年

3 劉麗;曾思銘;唐書懌;陳偉軍;李炎明;汪元梅;傅偉龍;;鳙廣東珠江水系不同地理群體遺傳多樣性研究[A];全國動物生理生化第十一次學(xué)術(shù)交流會論文摘要匯編[C];2010年

4 湯青萍;章雙杰;郭軍;陳寬維;陸火林;蘇建東;;太湖鵝群體遺傳多樣性研究[A];中國家禽科學(xué)研究進(jìn)展——第十四次全國家禽科學(xué)學(xué)術(shù)討論會論文集[C];2009年

5 明軍;顧萬春;;紫丁香天然群體遺傳多樣性的AFLP分析[A];中國園藝學(xué)會第十屆會員代表大會暨學(xué)術(shù)討論會論文集[C];2005年

6 黎中寶;陳錦;趙斌麗;雷光高;張桂玲;王展林;;大黃魚野生與養(yǎng)殖群體遺傳多樣性的AFLP研究[A];2008年中國水產(chǎn)學(xué)會學(xué)術(shù)年會論文摘要集[C];2008年

7 王志楊;劉名;官曙光;劉洪軍;高天翔;;基于線粒體控制區(qū)比較分析養(yǎng)殖與野生綠鰭馬面純?nèi)后w遺傳多樣性[A];中國海洋湖沼學(xué)會魚類學(xué)分會、中國動物學(xué)會魚類學(xué)分會2012年學(xué)術(shù)研討會論文摘要匯編[C];2012年

8 劉萍;李健;何玉英;王清印;;適合中國對蝦群體遺傳多樣性和系統(tǒng)進(jìn)化分析的DNA分子標(biāo)記技術(shù)[A];中國動物學(xué)會甲殼動物學(xué)分會、中國海洋與湖沼學(xué)會甲殼動物學(xué)分會2004年甲殼動物學(xué)分會會員代表大會暨學(xué)術(shù)年會論文摘要集[C];2004年

9 張建秋;畢慶玲;楊愛國;;向海1號桑所在野生群體遺傳多樣性的ISSR分析[A];科技創(chuàng)新與節(jié)能減排——吉林省第五屆科學(xué)技術(shù)學(xué)術(shù)年會論文集（下冊）[C];2008年

10 馬洪雨;馬春艷;馬凌波;蔣科技;;利用線粒體標(biāo)記分析我國海南島擬穴青蟹群體遺傳多樣性[A];漁業(yè)科技創(chuàng)新與發(fā)展方式轉(zhuǎn)變——2011年中國水產(chǎn)學(xué)會學(xué)術(shù)年會論文摘要集[C];2011年

相關(guān)博士學(xué)位論文 前4條

1 劉瑋;鼠尾藻群體資源調(diào)查及人工繁育的研究[D];中國科學(xué)院研究生院(海洋研究所);2015年

2 凌英會;中國主要地方馬群體遺傳多樣性及系統(tǒng)進(jìn)化研究[D];中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院;2010年

3 徐曉斐;牙鲆群體遺傳多樣性及鰈形目魚類系統(tǒng)關(guān)系分析研究[D];中國海洋大學(xué);2005年

4 林琪;中國青蟹屬種類組成和擬穴青蟹群體遺傳多樣性的研究[D];廈門大學(xué);2008年

相關(guān)碩士學(xué)位論文 前10條

1 向玲;金錢魚性別特異分子標(biāo)記的篩選及雌雄群體遺傳多樣性分析[D];廣東海洋大學(xué);2015年

2 卞光明;東海帶魚不同群體遺傳多樣性研究[D];浙江海洋大學(xué);2017年

3 李國慶;廣東與湖南養(yǎng)殖鱖群體遺傳多樣性研究[D];華南師范大學(xué);2005年

4 陳術(shù)強;我國山女鱒引進(jìn)群體遺傳多樣性評估及其改良[D];上海海洋大學(xué);2011年

5 趙景奎;黃河三角洲檉柳群體遺傳多樣性的研究[D];南京林業(yè)大學(xué);2006年

6 王長忠;長江中下游地區(qū)克氏原螯蝦群體遺傳多樣性分析[D];華中農(nóng)業(yè)大學(xué);2009年

7 葛學(xué)亮;唇（魚骨）（Hemibarbus labeo）種群生化遺傳學(xué)研究[D];東北林業(yè)大學(xué);2007年

8 魏美清;埃及和烏干達(dá)地方雞群體遺傳多樣性研究[D];甘肅農(nóng)業(yè)大學(xué);2011年

9 梅秋蘭;鱖原種群體和養(yǎng)殖群體遺傳多樣性的TRAP及SSR標(biāo)記分析[D];湖南農(nóng)業(yè)大學(xué);2010年

10 李維維;北京地區(qū)黃櫨枯萎病菌群體遺傳多樣性分析[D];北京林業(yè)大學(xué);2012年

，

本文編號：1345880