本文關(guān)鍵詞：大瀧六線魚(yú)分子標(biāo)記的開(kāi)發(fā)、生長(zhǎng)性狀的關(guān)聯(lián)性分析及遺傳多樣性研究　出處：《山東大學(xué)》2017年碩士論文　論文類(lèi)型：學(xué)位論文

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【摘要】：大瀧六線魚(yú)(Hexagramms otakii,Fat greenling),別稱(chēng)歐式六線魚(yú),是近海冷溫性底層魚(yú)類(lèi),分布范圍主要集中于太平洋西北部的近海巖礁底層,是一種十分具有發(fā)展?jié)摿Φ慕?jīng)濟(jì)魚(yú)種。本研究針對(duì)大瀧六線魚(yú),首先利用線粒體標(biāo)記,分析了不同地理群體間、野生和養(yǎng)殖群體間的多態(tài)性差別及親緣關(guān)系,并進(jìn)一步利用2b-RAD技術(shù)結(jié)合高通量測(cè)序,開(kāi)發(fā)了大瀧六線魚(yú)與生長(zhǎng)發(fā)育相關(guān)的SSR標(biāo)記20個(gè)和SNP標(biāo)記21個(gè),并進(jìn)行了 SNP標(biāo)記與生長(zhǎng)發(fā)育性狀的相關(guān)性分析。利用線粒體DNA的細(xì)胞色素b(cytb)和控制區(qū)(D-loop)的部分序列研究大瀧六線魚(yú)4個(gè)群體(包括野生和養(yǎng)殖群體)的遺傳多樣性。PCR擴(kuò)增后分別得到365 bp(cytb)和387 bp(D-loop)的堿基序列。Mega計(jì)算結(jié)果顯示cytb中A+T的含量(52.6%)高于G+C的含量(47.3%);D-loop中A+T的含量(69.3%)同樣高于G+C的含量(30.7%)。4個(gè)群體平均的變異位點(diǎn)、單倍型數(shù)、單倍型多樣性、核苷酸多樣性及平均核苷酸差異數(shù),cytb基因分別為10,7.75,0.739,0.007 3 和 2.656;D-loop 區(qū)分別為為 18.25,12.75,0.846,0.012 1 和 4.673。4個(gè)群體的遺傳多樣性由高到低分別為舟山、大連、瑯琊臺(tái)、即墨養(yǎng)殖群體,養(yǎng)殖群體的多樣性低于野生群體。基于野生群體cytb和D-loop的分子變異分析(AMOVA)得出的Fst分別為0.3186和0.2714,顯示了變異主要發(fā)生在群體內(nèi)部�；贙imura 2-parameter模型構(gòu)建的NJ樹(shù)結(jié)果表明3個(gè)野生群體間沒(méi)有顯著的分化。線粒體cytb基因和D-loop區(qū)均可作為檢測(cè)大瀧六線魚(yú)遺傳多樣性的有效標(biāo)記。2b-RAD技術(shù)與高通量測(cè)序結(jié)合,對(duì)大瀧六線魚(yú)進(jìn)行簡(jiǎn)化基因組測(cè)序,共產(chǎn)生4,366,696個(gè)reads,測(cè)序堿基數(shù)2,183,348,000bq,測(cè)序質(zhì)量Q20為87.6%,Q30為83.11%。共測(cè)得847,818條序列標(biāo)簽,序列標(biāo)簽總長(zhǎng)度26,948,6497bp的。共發(fā)現(xiàn)了 130494個(gè)SSR位點(diǎn)。經(jīng)blast比對(duì),篩選其中穩(wěn)定擴(kuò)增并與生長(zhǎng)發(fā)育相關(guān)的位點(diǎn),在大瀧六線魚(yú)中篩選得到20個(gè)微衛(wèi)星位點(diǎn),并分別在來(lái)自四個(gè)群體的105尾大瀧六線魚(yú)中進(jìn)行擴(kuò)增,毛細(xì)管電泳檢測(cè)其多態(tài)性。20個(gè)位點(diǎn)的等位基因數(shù)從8個(gè)到26個(gè)不等,平均19.95個(gè)。PIC平均值為0.7555,從0.1659到0.9227。觀測(cè)雜合度和期望雜合度分別為觀測(cè)雜合度0.0667～0.8571和0.1710～0.9314。除H06位點(diǎn)外其余19個(gè)位點(diǎn)均具有較高的多態(tài)性。將開(kāi)發(fā)的20個(gè)微衛(wèi)星位點(diǎn)在相近物種,30尾斑頭六線魚(yú)中進(jìn)行微衛(wèi)星位點(diǎn)擴(kuò)增,其中10個(gè)微衛(wèi)星位點(diǎn)(HO1,H03,H04,H05,H09,H014,H017,H018,H019,HO20)可以在斑頭六線魚(yú)中進(jìn)行擴(kuò)增。實(shí)驗(yàn)共發(fā)現(xiàn)158,733個(gè)SNP,通過(guò)blast比對(duì)篩選其中與生長(zhǎng)發(fā)育相關(guān)且位于編碼區(qū)域的SNP位點(diǎn),共得到21個(gè)SNP位點(diǎn),并在138尾大瀧六線魚(yú)個(gè)體中進(jìn)行了驗(yàn)證。結(jié)果顯示,其中17個(gè)位點(diǎn)具有多態(tài)性,觀測(cè)雜合度平均值0.2666,分布大小從0.0687到0.5115,期望雜合度從0.0666到0.6815,平均值0.3005。HOS2、HOS6、HOS14三個(gè)位點(diǎn)偏離HW平衡,HOS19最小等位基因頻率小于0.05,得到的17個(gè)多態(tài)性位點(diǎn)中13個(gè)具有深入研究的價(jià)值,可以用于大瀧六線魚(yú)多態(tài)性檢測(cè)以及其他遺傳學(xué)數(shù)據(jù)的分析。關(guān)聯(lián)性分析得出HOS17的GG基因型對(duì)于體重增長(zhǎng)有著顯著性影響,HOS13的TT基因型與HOS21的GA基因型與該位點(diǎn)的其它基因型相比,對(duì)體長(zhǎng)增長(zhǎng)有著顯著性影響,HOS18的TT基因型則對(duì)體重體長(zhǎng)增長(zhǎng)都有影響,對(duì)體長(zhǎng)增長(zhǎng)有及其顯著的影響。
【學(xué)位授予單位】：山東大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2017
【分類(lèi)號(hào)】：S917.4

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本文編號(hào)：1327315