發(fā)布時間：2017-07-29 18:06

  本文關(guān)鍵詞：食管鱗癌相關(guān)蛋白相互作用網(wǎng)絡(luò)拓撲分析暨實驗研究

  更多相關(guān)文章： 蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò) 復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)分析 食管鱗癌 5-aza-DC TSA

【摘要】：目的:食管鱗癌與其它腫瘤一樣,是一種復(fù)雜疾病。復(fù)雜性系統(tǒng)理論逐漸應(yīng)用于生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域研究,特別是復(fù)雜疾病諸如腫瘤的探究。蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)是最常研究的生物分子網(wǎng)絡(luò),近年來模式生物研究表明,網(wǎng)絡(luò)中Hub蛋白(高度連接的節(jié)點)具有重要生物學(xué)功能,在人類疾病網(wǎng)絡(luò)中,腫瘤蛋白傾向成為Hub節(jié)點。本研究的目的:1)構(gòu)建食管鱗癌相關(guān)蛋白相互作用網(wǎng)絡(luò)并分析其拓撲學(xué)特征。2)探討Hub基因在食管鱗癌組織和遠端正常組織中mRNA和蛋白質(zhì)的表達狀況。3)探討兩個表觀遺傳抑制劑5-aza-DC、TSA以及Lrig1過表達對食管癌細胞ECA109細胞株Hub基因mRNA表達的影響。方法:1)首先,從PubMed數(shù)據(jù)庫和中文數(shù)據(jù)庫,應(yīng)用PolySearch文獻挖掘軟件,確認食管鱗癌相關(guān)基因/蛋白,并將這些基因分成兩組,一組來自Pubmed數(shù)據(jù)庫,不受民族地域限制,另一組來自中文數(shù)據(jù)庫,僅限與新疆哈薩克族食管鱗癌相關(guān)。然后,應(yīng)用復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)分析軟件Pajek和Cytoscape軟件,以“度”和“介數(shù)”這兩個指標,構(gòu)建五個級別的食管鱗癌相關(guān)蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)。最后,分析這些網(wǎng)絡(luò)的拓撲學(xué)特征和生物學(xué)特征之間的關(guān)系。2)分別從48例漢族和40例哈薩克族食管鱗癌組織及配對的正常組織提取mRNA,應(yīng)用半定量RT-PCR,對Hub基因進行mRNA水平的檢測,并分析這些基因在癌組織和無癌組織中的陽性表達率、表達量的差異以及與患者的臨床病例關(guān)系。最后,運用免疫組化技術(shù),在33例哈薩克族食管鱗癌組織及配對的正常組織切片確認幾個基因蛋白表達狀況。3)采用DNA甲基化轉(zhuǎn)移酶抑制劑5-aza-DC及組蛋白去乙�；敢种苿┲泼咕谹(TSA)作用于食管癌ECA109細胞,并檢測目的基因表達狀況。過表達食管癌ECA109細胞Lrig1,然后檢測目的基因在過表達組和對照組表達差異。結(jié)果:1)在核心網(wǎng)絡(luò)CNCA中,最大子網(wǎng)絡(luò)的節(jié)點數(shù)為214個,子網(wǎng)個數(shù)為83個,與100個隨機網(wǎng)絡(luò)相比均具差異。擴展網(wǎng)絡(luò)中蛋白與KEGG數(shù)據(jù)庫27條生物學(xué)途徑相關(guān),最相關(guān)的路徑為“Paths_in_cancer”。根據(jù)兩組五個級別的骨干網(wǎng)絡(luò)分析,節(jié)點介數(shù)越高成為“Paths_in_cancer”成員的概率越高、互為對方相關(guān)基因的概率越高。兩組初始基因衍生出來的類似網(wǎng)絡(luò)相應(yīng)重疊率比兩組初始基因的重疊率更高。2)在漢族組和哈族組大部分基因mRNA表達率均高于50%,漢族組,癌組織與正常組織中表達率有統(tǒng)計學(xué)差異的基因有3個,分別是AR、EGFR、SPP1;哈族組具有差異兩個:AR和EGFR。漢族組表達上調(diào)的基因11個:EP300、、VIM、KDM5B、MDM2、SFN、AR、CUL1、EGFR、PTEN、SHC、SPP1;漢族組表達下調(diào)的基因2個:TP53和Sumo2。哈族組上調(diào)的基因7個:EGFR、NEDD8、VCP、UBD、AR、MMP2、UBE2I;哈族組表達下調(diào)的基因2個:BCL2和CUL3。應(yīng)用Wilcoxon秩和檢驗比較5個基因:AR、EGFR、MMP2、UBD以及VIM在癌組織與遠端正常組織中蛋白表達均具差異。3)在5-aza-dc組表達下調(diào)的基因有5個:AR、ARRB2、CAND1、MAPK14、MYC。表達增強的基因有3個:UBD、UBE2I以及PTEN。TSA組下調(diào)的基因有6個:ARRB2、CAND1、HSP90AA1、MAPK14、UBD以及MYC;表達上調(diào)的基因有2個:AR和UBE2I。5-aza-d C+TSA聯(lián)合組,兩因素對基因表達表現(xiàn)拮抗作用1個:AR,協(xié)同作用下調(diào)的基因有3個:MAPK14、UBD及UBE2I。Lrig1過表達導(dǎo)致ECA109細胞下調(diào)的基因有5個:AR、MMP2、HSP90AA1、MGMT、SUMO2。結(jié)論:1)網(wǎng)絡(luò)分析提示Hub基因蛋白與食管鱗癌發(fā)生、發(fā)展具有相關(guān)性。2)大部分Hub基因在腫瘤和正常組織都呈陽性表達,提示這些基因具有重要的生物學(xué)功能,它們的異常表達可能會出現(xiàn)在腫瘤的發(fā)生發(fā)展過程中,譬如在漢族異常表達的13個基因以及哈族標本異常表達的9個基因,分布在眾多與腫瘤相關(guān)的生物學(xué)調(diào)控途徑。3)5-aza-DC作用ECA109細胞后,AR、ARRB2、CAND1、MAPK14、MYC表達降低,可能系與其表達相關(guān)的抑癌基因的轉(zhuǎn)錄活性恢復(fù)有關(guān);UBD、UBE2I、PTEN表達增強,機制可能由于其啟動子區(qū)的甲基化狀態(tài)的改變有關(guān)。TSA藥物調(diào)控后,AR和UBE2I基因表達上調(diào),說明其基因啟動子區(qū)乙�；降淖兓梢灾苯訁⑴c其基因的轉(zhuǎn)錄表達。Lrig1組AR、MMP2、HSP90AA1、MGMT以及SUMO2表達下調(diào),其調(diào)控機制可能為Lrig1作為EGFR的抑制因子導(dǎo)致EGFR活性降低,進而影響了這些基因的表達強度。
【關(guān)鍵詞】：蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò) 復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)分析 食管鱗癌 5-aza-DC TSA
【學(xué)位授予單位】：新疆醫(yī)科大學(xué)
【學(xué)位級別】：博士
【學(xué)位授予年份】：2015
【分類號】：R735.1
【目錄】：

• 中英文縮略詞對照表6-13
• 摘要13-15
• Abstract15-18
• 前言18-23
• 第一部分 食管鱗癌癌相關(guān)蛋白相互作用網(wǎng)絡(luò)拓撲分析23-38
• 1 研究內(nèi)容與方法23-27
• 1.1 從文獻搜索ESCC相關(guān)基因23-24
• 1.2 構(gòu)建蛋白質(zhì)相互作用數(shù)據(jù)集24-25
• 1.3 構(gòu)建和分析蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)25
• 1.4 ESCC相關(guān)網(wǎng)絡(luò)25
• 1.5 度與介數(shù)在網(wǎng)絡(luò)ECNCA中的關(guān)系25
• 1.6 構(gòu)建骨干網(wǎng)絡(luò)25-26
• 1.7 查找ESCC相關(guān)生物學(xué)途徑26
• 1.8 統(tǒng)計分析26-27
• 2 結(jié)果27-35
• 3 討論35-37
• 4 小結(jié)37-38
• 第二部分 HUB基因在食管癌組織和遠端正常組織的表達分析38-70
• 1 研究內(nèi)容和方法38-43
• 1.1 研究對象38-39
• 1.2 內(nèi)容與方法39-43
• 1.3 統(tǒng)計方法43
• 2 結(jié)果43-58
• 3 討論58-68
• 4 小結(jié)68-70
• 第三部分Lrig1過表達及 5-aza-DC/TSA聯(lián)合調(diào)控食管癌ECA109細胞Hub基因表達研究70-89
• 1 研究內(nèi)容和方法71-77
• 1.1 TSA和 5-aza對ECA109中等基因表達的影響71-75
• 1.2 LRIG1過表達對基因表達的影響75-77
• 1.3 統(tǒng)計分析77
• 2 結(jié)果77-85
• 3 討論85-88
• 4 小結(jié)88-89
• 結(jié)論89
• 創(chuàng)新點與研究展望89-90
• 致謝90-91
• 參考文獻91-112
• 附錄112-166
• 綜述 應(yīng)用生物網(wǎng)絡(luò)方法系統(tǒng)分析KDM6A基因功能166-177
• 參考文獻173-177
• 攻讀博士學(xué)位期間獲得的學(xué)術(shù)成果177-178
• 個人簡歷178

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4 楊春旭，周元方，靳萍，楊云虹，王俊萍;微量垂直板狀聚丙烯酰胺凝膠電泳在癌相關(guān)蛋白檢測中的價值[J];右江民族醫(yī)學(xué)院學(xué)報;1994年02期

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3 林清海;張葵東;魏萬里;段何仙;曹毅;;抗肺癌相關(guān)蛋白ERGIC3單克隆抗體的制備和應(yīng)用[A];第十六屆中國科協(xié)年會——分3環(huán)境污染及職業(yè)暴露與人類癌癥學(xué)術(shù)研討會論文集[C];2014年

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6 高飛;;泛素樣蛋白NEDD8對乳腺癌相關(guān)蛋白3(BCA3)的修飾及BCA3對NFκB活性的抑制[A];中國細胞生物學(xué)學(xué)會2005年學(xué)術(shù)大會、青年學(xué)術(shù)研討會論文摘要集[C];2005年

7 李敏;肖汀;林冬梅;付國斌;韓忷s，

本文編號：590398