本文關(guān)鍵詞：漢族人銀屑病HLA區(qū)域精細(xì)定位研究，，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：研究背景:銀屑病(psoriasis)是一種慢性炎癥性皮膚常見疾病,該病易復(fù)發(fā)而難以根治。銀屑病病因尚不明確,根據(jù)目前的研究推測(cè)該病為多基因遺傳性疾病,在多個(gè)基因的共同作用下通過環(huán)境因素影響而產(chǎn)生的疾病。銀屑病依靠家系連鎖分析迄今發(fā)現(xiàn)了12個(gè)易感區(qū)域,分別命名為PSORS1-12。其中PSORS1位于6號(hào)染色體6p21.3區(qū)域,隨著全基因組關(guān)聯(lián)分析技術(shù)(genome wide association study,GWAS)的興起,自2008年以來,國(guó)內(nèi)外已經(jīng)開展了多項(xiàng)外銀屑病GWAS研究及后續(xù)驗(yàn)證實(shí)驗(yàn),不僅發(fā)現(xiàn)了多個(gè)新的非人類白細(xì)胞抗原(human leucocyte antigen,HLA)區(qū)域銀屑病易感基因/位點(diǎn),而且證實(shí)HLA區(qū)域在銀屑病發(fā)病過程中的重要作用。HLA區(qū)域位于6號(hào)染色體6p21.3,全長(zhǎng)約3600kb,發(fā)揮重要的免疫學(xué)作用,目前根據(jù)基因分布及編碼分子功能不同將HLA區(qū)域基因分為三大類,其中HLA-I類基因如HLA-A、-B、-C等,表達(dá)于所有有核細(xì)胞表面,生理功能主要為提呈內(nèi)源性抗原;HLA-II類基因主要包括-DP、-DQ、-DR等基因,主要表達(dá)于B淋巴細(xì)胞、單核巨噬細(xì)胞、樹突狀細(xì)胞及其他抗原遞呈細(xì)胞表面,遞呈外源性抗原。HLA區(qū)域最初發(fā)現(xiàn)在移植排斥反應(yīng)中起到重要作用,隨后的研究發(fā)現(xiàn)多種疾病與HLA區(qū)域均相關(guān),包括銀屑病、多發(fā)性硬化、白塞氏病、麻風(fēng)等。HLA區(qū)域的遺傳學(xué)特征復(fù)雜,表現(xiàn)為連鎖不平衡和單倍型遺傳,具有高度的多態(tài)性。鑒于其高度復(fù)雜性,闡釋疾病與HLA區(qū)域的關(guān)聯(lián)一直是遺傳學(xué)研究的一個(gè)難點(diǎn)�；蛐吞畛�(Imputation)是根據(jù)已經(jīng)獲得的基因分型數(shù)據(jù)對(duì)沒有進(jìn)行分型以及分型數(shù)據(jù)缺失的位點(diǎn)進(jìn)行預(yù)測(cè)的技術(shù),可以在有效降低成本的同時(shí)增加全基因組或某個(gè)特定區(qū)域的遺傳標(biāo)記的覆蓋率,從而提高研究的效率,同時(shí)可以對(duì)不同平臺(tái)產(chǎn)生的基因分型數(shù)據(jù)進(jìn)行整合,從而不需要進(jìn)行直接測(cè)序,實(shí)現(xiàn)不同平臺(tái)的數(shù)據(jù)合并分析。Imputation是目前應(yīng)用非常廣泛的一種精細(xì)定位方法。目前HLA區(qū)域的SNP2HLA imputation方法可以同時(shí)獲得單核苷酸多態(tài)性(SNP)、經(jīng)典HLA等位基因以及氨基酸多態(tài)性的信息,并已經(jīng)成功運(yùn)用于賁門失弛緩癥、系統(tǒng)性紅斑狼瘡、藥物誘發(fā)胰腺炎、潰瘍性結(jié)腸炎和克隆恩病等多種復(fù)雜疾病HLA區(qū)域的變異搜索,并取得多個(gè)有意義的結(jié)果。目的:(1)對(duì)課題組銀屑病大樣本量全基因組外顯子芯片研究所獲得的數(shù)據(jù)中HLA區(qū)域進(jìn)行Imputation;(2)發(fā)現(xiàn)HLA區(qū)域內(nèi)的銀屑病獨(dú)立信號(hào);(3)整理樣本臨床信息,對(duì)所發(fā)現(xiàn)的獨(dú)立信號(hào)進(jìn)行基因型表型分析。方法:(1)利用全基因組外顯子芯片對(duì)11,245例患者及11,177例對(duì)照進(jìn)行全外顯子組范圍基因分型,整理HLA區(qū)域的基因分型位點(diǎn)。(2)運(yùn)用SNP2HLA Imputataion策略,對(duì)外顯子芯片HLA區(qū)域中數(shù)據(jù)的SNP、經(jīng)典等位基因和氨基酸多態(tài)性進(jìn)行填充。(3)對(duì)于Imputation所得結(jié)果運(yùn)用逐步回歸邏輯分析方法,發(fā)現(xiàn)HLA區(qū)域內(nèi)的銀屑病獨(dú)立信號(hào)、經(jīng)典等位基因或氨基酸多態(tài)性。(4)對(duì)HLA區(qū)域內(nèi)的獨(dú)立信號(hào)進(jìn)行總結(jié),運(yùn)用e QTL對(duì)找到的獨(dú)立信號(hào)進(jìn)行分析,尋找變異所影響的基因表達(dá)情況;(5)總結(jié)參與外顯子芯片研究樣本發(fā)病年齡、家族史、嚴(yán)重程度、皮損類型等臨床表型,運(yùn)用Plink 1.07軟件進(jìn)行基因型表型分析。結(jié)果:通過SNP2HLA進(jìn)行Imputation,共獲得3,756個(gè)SNP,58個(gè)2位經(jīng)典HLA等位基因,83個(gè)4位經(jīng)典HLA等位基因及其編碼的共計(jì)636個(gè)氨基酸多態(tài)性。其中P值最顯著的SNP為rs1265181(χ2=4,404,OR=4.77,95%CI=4.54-5.00),最顯著的氨基酸多態(tài)性為HLA-C氨基酸位置156的色氨酸殘基(χ2=3,654,OR=3.68,95%CI=3.53-3.84),最顯著的HLA經(jīng)典等位基因?yàn)镠LA-C*06:02(χ2=3,448,OR=4.19,95%CI=3.98-4.40),均為之前多個(gè)研究報(bào)道的位點(diǎn)。通過逐步回歸分析,我們分別發(fā)現(xiàn)了HLA-B*15:18(P=7.66×10-67,OR=3.25,95%CI=2.84 3.72)、rs6457710(P=6.45×10-43,OR=0.77,95%CI=0.74 0.79)、rs9267487(P=4.44×10-27,OR=1.72,95%CI=1.56 1.90)、rs2523619(P=6.33×10-17,OR=1.34,95%CI=1.25 1.43)、rs3807031(P=3.17×10-14,OR=1.24,95%CI=1.17 1.31)、rs887468(P=9.89×10-12,OR=1.32,95%CI=1.22 1.42)及rs2523535(P=2.20×10-9,OR=0.82,95%CI=0.77 0.88)共7個(gè)獨(dú)立信號(hào)。將SNP置入e QTL數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行查詢,發(fā)現(xiàn)其與HLA-DPB1、MICB及HLA-G等基因的表達(dá)有關(guān)。通過基因型表型分析發(fā)現(xiàn)rs1265181(P=5.36×10-14,OR=1.36,95%CI=1.26-1.47),rs2523619(P=2.29×10-12,OR=0.76,95%CI=0.70-0.82)和rs887468(P=1.67×10-8,OR=1.28,95%CI=1.17-1.39)與發(fā)病年齡相關(guān);rs6457710(P=4.07×10-2,OR=1.14,95%CI=1.01 1.30)與疾病嚴(yán)重程度提示性相關(guān);rs6457710(P=3.69×10-30,OR=1.65,95%CI=1.51 1.80)和rs887468(P=1.48×10-5,OR=0.83,95%CI=0.76 0.90)與皮損類型相關(guān),而rs887468(P=1.91×10-3,OR=1.12,95%CI=1.04 1.21)和rs1265181(P=3.25×10-3,OR=1.11,95%CI=1.04 1.19)與家族史相關(guān)。結(jié)論:本研究通過對(duì)HLA區(qū)域進(jìn)行Imputation精細(xì)定位,發(fā)現(xiàn)了8個(gè)漢族人群的HLA區(qū)域的獨(dú)立信號(hào),并發(fā)現(xiàn)其與發(fā)病年齡、嚴(yán)重程度、家族史和(或)皮損類型等表型相關(guān),證明了HLA區(qū)域在銀屑病發(fā)病中的重要作用,闡釋了銀屑病的部分發(fā)病機(jī)制,為銀屑病的臨床預(yù)測(cè)、診斷與治療提供促進(jìn)作用。
【關(guān)鍵詞】：銀屑病 基因型填充 逐步回歸分析 單核苷酸多態(tài)性
【學(xué)位授予單位】：安徽醫(yī)科大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：博士
【學(xué)位授予年份】：2015
【分類號(hào)】：R758.63
【目錄】：

• 英文縮略表7-8
• 中文摘要8-11
• 英文摘要11-15
• 1. 引言15-23
• 1.1 研究背景15-22
• 1.2 本課題的研究設(shè)計(jì)方案22-23
• 2. 實(shí)驗(yàn)材料與方法23-44
• 2.1 研究對(duì)象23
• 2.2 實(shí)驗(yàn)試劑23-25
• 2.2.1 DNA提取試劑23
• 2.2.2 電泳試劑23-24
• 2.2.3 標(biāo)準(zhǔn)化DNA試劑24-25
• 2.3 研究器材25-26
• 2.3.1 DNA提取器材25-26
• 2.3.2 電泳儀器26
• 2.3.3 外周血DNA濃度測(cè)定儀器26
• 2.4 公共數(shù)據(jù)庫(kù)，分析軟件及相關(guān)鏈接26-31
• 2.4.1 公共數(shù)據(jù)庫(kù)26-29
• 2.4.2 分析軟件29-31
• 2.5 外周血基因組DNA提取、濃度測(cè)定及標(biāo)準(zhǔn)化31-44
• 2.5.1 樣本資料的收集31
• 2.5.2 外周血標(biāo)本采集31
• 2.5.3 外周血DNA提取31-33
• 2.5.4 基因組 DNA 電泳33-34
• 2.5.5 DNA濃度檢測(cè)和標(biāo)準(zhǔn)化34-35
• 2.5.6 全基因組外顯子芯片平臺(tái)操作35-38
• 2.5.7 質(zhì)量控制38-39
• 2.5.8 數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)學(xué)分析39
• 2.5.9 Imputation分析39-41
• 2.5.10 條件回歸分析41
• 2.5.11 eQTL 數(shù)據(jù)庫(kù)分析41-42
• 2.5.12 基因型-表型分析42-44
• 3. 結(jié)果44-62
• 3.1 樣本基本信息44-45
• 3.2 HLA區(qū)域外顯子芯片研究結(jié)果45-46
• 3.3 Imputataion結(jié)果46
• 3.4 Imputation數(shù)據(jù)分析46
• 3.5 逐步回歸分析結(jié)果46-54
• 3.6 eQTL分析54-56
• 3.7 基因型表型分析56-62
• 3.7.1 發(fā)病年齡比較56-57
• 3.7.2 嚴(yán)重程度比較57
• 3.7.3 皮損類型比較57
• 3.7.4 家族史比較57-62
• 4. 討論62-70
• 4.1 銀屑病HLA區(qū)域研究現(xiàn)狀62-66
• 4.2 本研究結(jié)果分析66-70
• 5. 結(jié)論70-71
• 參考文獻(xiàn)71-82
• 附錄82-84
• 致謝84-85
• 綜述85-96
• 參考文獻(xiàn)93-96

【共引文獻(xiàn)】

中國(guó)期刊全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前1條

1 沈長(zhǎng)兵;盛宇俊;楊森;張學(xué)軍;;銀屑病全基因組關(guān)聯(lián)研究進(jìn)展[J];中國(guó)皮膚性病學(xué)雜志;2013年11期

中國(guó)博士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前1條

1 盛宇俊;中國(guó)漢族人銀屑病外顯子測(cè)序發(fā)現(xiàn)3個(gè)新的易感位點(diǎn)[D];安徽醫(yī)科大學(xué);2013年

  本文關(guān)鍵詞：漢族人銀屑病HLA區(qū)域精細(xì)定位研究，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

本文編號(hào)：493164