目的:乳腺癌(breast cancer,BC)是全球女性最常見的惡性腫瘤之一,也是導(dǎo)致癌癥死亡的第二大原因。三陰性乳腺癌(triple-negative breast cancer,TNBC)約占所有乳腺癌的15-20%,它是一類快速增殖、高度侵襲的乳腺癌亞型,易早期出現(xiàn)復(fù)發(fā)和轉(zhuǎn)移,預(yù)后較差。由于TNBC在分子水平具有高度異質(zhì)性,不同分子亞型的患者的預(yù)后具有顯著差異。目前,TNBC仍缺乏特異性的生物標(biāo)志物及治療靶點(diǎn),因此個體化治療的選擇及臨床療效有限。深入探討TNBC進(jìn)展的分子基礎(chǔ),尋找有效的預(yù)后標(biāo)志物,對于改善TNBC的治療現(xiàn)狀,降低復(fù)發(fā)轉(zhuǎn)移風(fēng)險,延長生存時間具有重要意義。長鏈非編碼RNA(long non-coding RNAs,lncRNAs)是一類長度超過200個核苷酸,在結(jié)構(gòu)上與mRNA相似,但又缺乏編碼蛋白質(zhì)功能的RNA。LncRNAs參與許多重要的生物學(xué)現(xiàn)象,如基因組印記、染色體構(gòu)象形成以及酶活性的變構(gòu)調(diào)節(jié)等。LncRNAs表達(dá)的特定模式可以協(xié)調(diào)細(xì)胞狀態(tài)、分化和發(fā)育等。不斷積累的證據(jù)顯示lncRNA基因的過度表達(dá)、缺失或者突變與許多人類疾病密切相關(guān)。LncRNAs是一類...

【文章頁數(shù)】：106 頁

【學(xué)位級別】：博士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
英文縮略語
第一部分:YY1誘導(dǎo)的FOXD2-AS1通過miR1505p/ZEB1軸促進(jìn)三陰性乳腺癌細(xì)胞侵襲轉(zhuǎn)移
    1 前言
    2 材料與方法
        2.1 主要試劑和儀器
            2.1.1 主要試劑
            2.1.2 儀器
        2.2 實驗方法
            2.2.1 細(xì)胞培養(yǎng)
            2.2.2 MTT法檢測細(xì)胞的增殖活力
            2.2.3 Transwell法檢測細(xì)胞的遷移和侵襲能力
            2.2.4 Jet PRIME介導(dǎo)si-FOXD2-AS1,miR1505p mimic及inhibitor瞬時轉(zhuǎn)染
            2.2.5 實時定量PCR(q RT-PCR)檢測RNA水平變化
            2.2.6 Western blot檢測蛋白水平變化
            2.2.7 RNA核漿分離實驗檢測FOXD2-AS1在TNBC細(xì)胞中的核漿分布
            2.2.8 RNA結(jié)合蛋白免疫共沉降實驗(RNA Immunoprecipitation)驗證FOXD2-AS1與miR1505p的結(jié)合作用
            2.2.9 構(gòu)建FOXD2-AS1的野生型和突變型質(zhì)粒
            2.2.10 雙熒光素酶報告基因?qū)嶒烌炞CFOXD2-AS1和miR1505p的直接結(jié)合
            2.2.11 染色質(zhì)免疫共沉淀(Ch IP)實驗驗證轉(zhuǎn)錄因子YY1與FOXD2-AS1基因啟動子區(qū)的直接結(jié)合
            2.2.12 統(tǒng)計學(xué)分析
            2.2.13 利用乳腺癌GEO數(shù)據(jù)集篩選三陰性乳腺癌預(yù)后相關(guān)的目標(biāo)lncRNA
            2.2.14 針對FOXD2-AS1在不同實體腫瘤中作用的薈萃分析及系統(tǒng)評價
            2.2.15 乳腺癌臨床組織標(biāo)本的收集處理及臨床病理學(xué)信息的提取
    3 實驗結(jié)果
        3.1 利用生物信息學(xué)方法篩選與乳腺癌預(yù)后相關(guān)的lncRNAs
        3.2 FOXD2-AS1高表達(dá)與惡性腫瘤的不良預(yù)后顯著相關(guān)
        3.3 FOXD2-AS1的表達(dá)與惡性腫瘤臨床病理學(xué)特征的關(guān)系
        3.4 FOXD2-AS1與乳腺癌的不良預(yù)后顯著相關(guān)
        3.5 FOXD2-AS1的表達(dá)與乳腺癌臨床病理學(xué)特征的關(guān)系
        3.6 FOXD2-AS1在乳腺癌組織和細(xì)胞中表達(dá)升高
        3.7 FOXD2-AS1促進(jìn)TNBC細(xì)胞的侵襲轉(zhuǎn)移
            3.7.1 敲減FOXD2-AS1顯著抑制TNBC細(xì)胞的遷移和侵襲
            3.7.2 FOXD2-AS1促進(jìn)TNBC細(xì)胞的上皮-間質(zhì)轉(zhuǎn)化(EMT)
        3.8 FOXD2-AS1在TNBC細(xì)胞中能夠吸附結(jié)合miR1505p
            3.8.1 FOXD2-AS1在TNBC細(xì)胞中主要分布于細(xì)胞質(zhì)
            3.8.2 明確與FOXD2-AS1存在相互作用的miRNA
            3.8.3 miR1505p在乳腺癌組織和細(xì)胞中的表達(dá)
            3.8.4 TNBC細(xì)胞中FOXD2-AS1能夠吸附結(jié)合miR1505p
        3.9 miR1505p靶向TNBC細(xì)胞中的ZEB1
            3.9.1 篩選miR1505p下游的靶基因
            3.9.2 miR1505p靶向調(diào)控TNBC細(xì)胞中ZEB1及FOXD2-AS1的表達(dá)
        3.10 miR1505p/ZEB1軸抑制TNBC細(xì)胞的遷移和侵襲
            3.10.1 miR1505p通過靶向ZEB1抑制TNBC細(xì)胞的遷移和侵襲
            3.10.2 在TNBC細(xì)胞中FOXD2-AS1促進(jìn)ZEB1的表達(dá)
        3.11 FOXD2-AS1通過miR1505p/ZEB1軸調(diào)控TNBC細(xì)胞遷移和侵襲
        3.12 在TNBC細(xì)胞中YY1激活FOXD2-AS1的轉(zhuǎn)錄
            3.12.1 篩選調(diào)控FOXD2-AS1轉(zhuǎn)錄的轉(zhuǎn)錄因子
            3.12.2 YY1在TNBC細(xì)胞中促進(jìn)FOXD2-AS1的轉(zhuǎn)錄
    4 討論
    5 結(jié)論
第二部分:基于芯片重注釋篩選并構(gòu)建影響三陰性乳腺癌復(fù)發(fā)轉(zhuǎn)移風(fēng)險的 5-lncRNA預(yù)后模型
    1 前言
    2 材料與方法
        2.1 三陰性乳腺癌數(shù)據(jù)集的篩選及預(yù)處理
            2.1.1 GEO數(shù)據(jù)集的篩選與標(biāo)準(zhǔn)化
            2.1.2 基于探針比對重注釋基因表達(dá)譜數(shù)據(jù)
        2.2 構(gòu)建多個lncRNA分子特征的預(yù)后模型
            2.2.1 COX比例風(fēng)險回歸分析篩選TNBC預(yù)后相關(guān)的lncRNAs
            2.2.2 一千次rbsurv降維分析篩選TNBC預(yù)后相關(guān)的lncRNAs
            2.2.3 多因素COX回歸構(gòu)建多個lncRNA分子特征的預(yù)后模型
        2.3 KEGG通路富集分析
    3 研究結(jié)果
        3.1 利用COX比例風(fēng)險回歸分析篩選TNBC預(yù)后相關(guān)的lncRNAs
            3.1.1 利用單因素COX分析篩選與TNBC患者RFS顯著相關(guān)的lncRNAs
            3.1.2 評估乳腺癌傳統(tǒng)預(yù)后因素對TNBC患者RFS的影響
            3.1.3 利用多因素COX分析進(jìn)一步篩選與TNBC患者RFS顯著相關(guān)的lncRNAs
            3.1.4 一千次rbsurv降維分析篩選TNBC預(yù)后相關(guān)lncRNAs
        3.2 利用多因素COX回歸構(gòu)建 5-lncRNA分子特征的TNBC預(yù)后模型
        3.3 5-lncRNA分子特征在訓(xùn)練集中的ROC分析
        3.4 基于 5-lncRNA分子特征的風(fēng)險得分與臨床病理特征的相關(guān)性
        3.5 樣本風(fēng)險得分與功能通路的關(guān)系
        3.6 TNBC驗證集外部驗證 5-lncRNA分子特征的預(yù)測作用
    4 討論
    5 結(jié)論
本研究創(chuàng)新性的自我評價
參考文獻(xiàn)
綜述
    參考文獻(xiàn)
攻讀學(xué)位期間取得的研究成果
致謝
個人簡介



本文編號：3919825