基于DNA甲基化的結(jié)直腸癌分子標(biāo)志物的篩
發(fā)布時(shí)間:2023-05-13 08:56
研究背景和目的結(jié)直腸癌(colorectal cancer,CRC)是常見(jiàn)的消化道惡性腫瘤之一。世界范圍內(nèi),結(jié)直腸癌的發(fā)病率和死亡率居常見(jiàn)惡性腫瘤的第三位和第四位。在我國(guó),結(jié)直腸癌的發(fā)病率和死亡率正不斷地增加,已然成為重大公共衛(wèi)生問(wèn)題。由于早期診斷對(duì)結(jié)直腸癌患者預(yù)后的判定、治療方案的選擇有著重要的意義。因此,尋找出能夠早期發(fā)現(xiàn)結(jié)直腸癌的腫瘤標(biāo)志物顯得尤為重要。結(jié)直腸癌的發(fā)生發(fā)展是一個(gè)涉及多因素、多步驟的復(fù)雜過(guò)程,除與生活方式、飲食習(xí)慣等環(huán)境因素相關(guān)外,其主要發(fā)病機(jī)制涉及到一系列遺傳學(xué)和表觀遺傳學(xué)的積累改變。DNA甲基化是重要的表觀遺傳調(diào)節(jié)機(jī)制之一,并與結(jié)直腸癌的發(fā)生發(fā)展密切相關(guān);騿(dòng)子區(qū)域的異常甲基化導(dǎo)致腫瘤抑癌基因的轉(zhuǎn)錄沉默和原癌基因的轉(zhuǎn)錄激活,可促進(jìn)結(jié)直腸癌的發(fā)生發(fā)展。研究DNA甲基化的異常改變可以為發(fā)現(xiàn)結(jié)直腸癌相關(guān)原癌基因或抑癌基因提供新線索,對(duì)于闡明結(jié)直腸癌發(fā)生的分子機(jī)制有著重要的意義。同時(shí),亦可為結(jié)直腸癌的診斷、治療和預(yù)后等方面提供新思路。因此,為了系統(tǒng)地探索結(jié)直腸癌的甲基化分子標(biāo)志物,本研究首先基于全基因組DNA甲基化和表達(dá)譜篩選結(jié)直腸癌相關(guān)分子標(biāo)志物,隨后對(duì)篩選的標(biāo)志...
【文章頁(yè)數(shù)】:142 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:博士
【文章目錄】:
致謝
摘要
ABSTRACT
縮略語(yǔ)
1. 引言
2. 材料與方法
2.1 研究對(duì)象
2.2 臨床資料收集和標(biāo)本采集
2.3 實(shí)驗(yàn)室檢測(cè)
2.4 公共數(shù)據(jù)庫(kù)
2.5 儀器設(shè)備
2.6 主要生物化學(xué)制劑
2.7 所用溶劑配方
2.8 細(xì)胞生物學(xué)實(shí)驗(yàn)
2.9 統(tǒng)計(jì)分析方法
2.10 研究策略和技術(shù)路線
第一部分 基于全基因組DNA甲基化和表達(dá)譜篩選結(jié)直腸癌相關(guān)分子標(biāo)志物
3.1 結(jié)果
3.1.1 研究對(duì)象的基本描述
3.1.2 結(jié)直腸癌組織和正常組織中差異DNA甲基化和表達(dá)的基因的篩選
3.1.3 篩選基因在TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)中的驗(yàn)證
3.1.4 篩選基因的甲基化水平在122例結(jié)直腸癌患者的驗(yàn)證
3.1.5 甲基化抑制劑對(duì)結(jié)直腸癌細(xì)胞中候選基因表達(dá)和甲基化的影響
3.1.6 基因表達(dá)改變對(duì)結(jié)直腸癌細(xì)胞生物學(xué)行為影響
3.2 討論
第二部分 基于差異DNA甲基化位點(diǎn)的結(jié)直腸癌鑒別診斷模型的構(gòu)建和評(píng)估
4.1 結(jié)果
4.1.1 鑒別診斷模型的特征CpG位點(diǎn)篩選
4.1.2 結(jié)直腸癌患者的甲基化風(fēng)險(xiǎn)指數(shù)的計(jì)算
4.1.3 甲基化評(píng)分與結(jié)直腸癌患者的臨床病理參數(shù)的關(guān)系
4.1.4 鑒別診斷模型的驗(yàn)證和評(píng)估
4.2 討論
第三部分 基于差異DNA甲基化位點(diǎn)的結(jié)直腸癌預(yù)后指數(shù)模型的構(gòu)建和評(píng)估
5.1 結(jié)果
5.1.1 預(yù)后相關(guān)的CpG位點(diǎn)的篩選
5.1.2 預(yù)后指數(shù)的計(jì)算
5.1.3 預(yù)后指數(shù)的評(píng)價(jià)
5.1.4 預(yù)后相關(guān)CpG位點(diǎn)及預(yù)后指數(shù)的驗(yàn)證
5.1.5 聯(lián)合預(yù)測(cè)指數(shù)的構(gòu)建及驗(yàn)證
5.2 討論
6. 總結(jié)與展望
參考文獻(xiàn)
附錄
文獻(xiàn)綜述
參考文獻(xiàn)
作者簡(jiǎn)歷及在讀期間所取得科研成果
本文編號(hào):3815621
【文章頁(yè)數(shù)】:142 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:博士
【文章目錄】:
致謝
摘要
ABSTRACT
縮略語(yǔ)
1. 引言
2. 材料與方法
2.1 研究對(duì)象
2.2 臨床資料收集和標(biāo)本采集
2.3 實(shí)驗(yàn)室檢測(cè)
2.4 公共數(shù)據(jù)庫(kù)
2.5 儀器設(shè)備
2.6 主要生物化學(xué)制劑
2.7 所用溶劑配方
2.8 細(xì)胞生物學(xué)實(shí)驗(yàn)
2.9 統(tǒng)計(jì)分析方法
2.10 研究策略和技術(shù)路線
第一部分 基于全基因組DNA甲基化和表達(dá)譜篩選結(jié)直腸癌相關(guān)分子標(biāo)志物
3.1 結(jié)果
3.1.1 研究對(duì)象的基本描述
3.1.2 結(jié)直腸癌組織和正常組織中差異DNA甲基化和表達(dá)的基因的篩選
3.1.3 篩選基因在TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)中的驗(yàn)證
3.1.4 篩選基因的甲基化水平在122例結(jié)直腸癌患者的驗(yàn)證
3.1.5 甲基化抑制劑對(duì)結(jié)直腸癌細(xì)胞中候選基因表達(dá)和甲基化的影響
3.1.6 基因表達(dá)改變對(duì)結(jié)直腸癌細(xì)胞生物學(xué)行為影響
3.2 討論
第二部分 基于差異DNA甲基化位點(diǎn)的結(jié)直腸癌鑒別診斷模型的構(gòu)建和評(píng)估
4.1 結(jié)果
4.1.1 鑒別診斷模型的特征CpG位點(diǎn)篩選
4.1.2 結(jié)直腸癌患者的甲基化風(fēng)險(xiǎn)指數(shù)的計(jì)算
4.1.3 甲基化評(píng)分與結(jié)直腸癌患者的臨床病理參數(shù)的關(guān)系
4.1.4 鑒別診斷模型的驗(yàn)證和評(píng)估
4.2 討論
第三部分 基于差異DNA甲基化位點(diǎn)的結(jié)直腸癌預(yù)后指數(shù)模型的構(gòu)建和評(píng)估
5.1 結(jié)果
5.1.1 預(yù)后相關(guān)的CpG位點(diǎn)的篩選
5.1.2 預(yù)后指數(shù)的計(jì)算
5.1.3 預(yù)后指數(shù)的評(píng)價(jià)
5.1.4 預(yù)后相關(guān)CpG位點(diǎn)及預(yù)后指數(shù)的驗(yàn)證
5.1.5 聯(lián)合預(yù)測(cè)指數(shù)的構(gòu)建及驗(yàn)證
5.2 討論
6. 總結(jié)與展望
參考文獻(xiàn)
附錄
文獻(xiàn)綜述
參考文獻(xiàn)
作者簡(jiǎn)歷及在讀期間所取得科研成果
本文編號(hào):3815621
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