不同樣本中諾如病毒核酸檢測方法的研究
發(fā)布時間:2022-10-20 10:52
諾如病毒(Norovirus,NoV)是引起全球急性胃腸炎的主要致病原,全年均可感染,主要感染兒童、老人和免疫力低下人群。諾如病毒可以食物和水源為載體導致人類患病,又被稱作食源性病毒(Foodborne Virus)和水源性病毒(Waterborne Virus)。食源性病毒和水源性病毒主要通過糞-口途徑傳播,因其傳染性強和傳播速度快等特征,成為嚴重威脅人民群眾的健康和生命安全,甚至影響社會穩(wěn)定的重大因素。在食源性病毒和水源性病毒引起的食品安全事故或突發(fā)公共衛(wèi)生事件中,諾如病毒占據(jù)了重要地位。由于食品種和水源的種類繁多,成分復雜,污染的病毒含量低,病毒分布不均一,且含有各種抑制病毒檢測的因子等因素,使得食源性病毒和水源性病毒檢測成為全球公共衛(wèi)生面臨的重點和難點。我國已建立了全國病毒性腹瀉監(jiān)測網(wǎng)絡(luò),具備了完整的引起腹瀉病毒病相關(guān)病毒的檢測技術(shù)體系。但我國建立食源性病毒和水源性病毒檢測體系起步晚,體系還不完善。目前我國僅發(fā)布了食品(硬質(zhì)表面食品、軟質(zhì)水果、生食蔬菜和貝類消化腺)中諾如病毒檢測的食品安全國家標準(GB 4789.42-2016),該標準是在歐盟的ISO/TS 15216-2的...
【文章頁數(shù)】:156 頁
【學位級別】:博士
【文章目錄】:
摘要
Abstract
前言
1. 諾如病毒
1.1.介紹
1.2. 基因和病毒結(jié)構(gòu)
1.3. GII4基因型諾如病毒
2. 食源性病毒和水源性病毒
2.1. 介紹
2.2. 根據(jù)臨床特點分類
2.3. 食源性和水源性諾如病毒
2.4. 諾如病毒的傳播途徑
3. 不同樣本中諾如病毒檢測
3.1. 臨床樣本、食品樣本和水樣本
3.2. 諾如病毒檢測策略
3.3. 病毒分離
3. 本文關(guān)注的科學問題
第一部分 腹瀉樣本中諾如病毒檢測方法實驗室評價與應(yīng)用
1. 實驗材料
1.1. 實驗儀器
1.2. 常用試劑
1.3. 常用耗材
1.4. 實驗病毒株
2. 實驗方法
2.1. 核酸提取
2.2. 病毒檢測方法實驗室評價
2.3. 諾如病毒檢測方法在臨床樣本中的應(yīng)用
3. 實驗結(jié)果
3.1. 病毒Realtime RT-PCR檢測方法評估
3.2. 呼和浩特市諾如病毒分子流行情況
4. 討論
第二部分 水中諾如病毒檢測方法建立與應(yīng)用
1. 實驗材料
1.1. 實驗儀器
1.2. 常用試劑
1.3. 常用耗材
1.4. 實驗病毒株
1.5. 常用溶劑的配置方法
2. 實驗方法
2.1. 細胞復蘇、傳代培養(yǎng)和凍存
2.2. MNV-1病毒培養(yǎng)和病毒滴定測定
2.3. 核酸提取
2.4. 病毒檢測方法研究
2.5. 瓶裝或桶裝水中病毒濃縮
2.6. 大量水中病毒濃縮
2.7. 高通量測序
3. 結(jié)果
3.1. MNV-1 Realtime RT-PCR標準曲線建立
3.2. 瓶裝和桶裝水中病毒回收效果
3.3. Biotroy半自動微生物采集系統(tǒng)回收MNV-1效果評價
3.4. 飲用水中病毒回收
4. 討論
第三部分 食品中諾如病毒檢測方法優(yōu)化與評估
1. 實驗材料
1.1. 實驗儀器
1.2. 常用試劑
1.3. 常用耗材
1.4. 病毒毒株
2. 實驗方法
2.1. 模擬樣本制備
2.2. 病毒洗脫
2.3. 二次濃縮
2.4. 直接RNA提取
2.5. 病毒檢測
2.6. ISC-RT-qPCR檢測NoVs
3. 實驗結(jié)果
3.1. 碳水化合物類食品中MNV-1回收效果
3.2. 脂肪、蛋白類食品中MNV-1回收效果
3.3. 食品中諾如病毒的回收效果
3.4. 基于受體捕獲諾如病毒檢測草莓中諾如病毒
4. 實驗討論
第四部分 貝類中病毒檢測
1. 實驗材料
1.1. 實驗儀器
1.2. 常用試劑
1.3. 常用耗材
1.4. 過程對照病毒MNV-1毒株制備
2. 實驗方法
2.1. 貝類樣本收集
2.2. 貝類樣本處理
2.3. 貝類病毒的分離
2.4. 高通量測序
3. 實驗結(jié)果
3.1. 比較不同貝類中諾如病毒檢測方法
3.2. 貝類中病毒宏基因組分析結(jié)果
3.3. 貝類中動物病毒基因組的分析結(jié)果
3.4. 貝類中胃腸炎疾病相關(guān)的病毒基因組分析
4. 討論
全文結(jié)論
參考文獻
個人簡歷
致謝
【參考文獻】:
期刊論文
[1]Genetic Analysis of an Emerging GII.P2–GII.2 Norovirus Associated with a 2016 Outbreak of Acute Gastroenteritis in China[J]. Yuanyun Ao,Xiaolu Xie,Xiaogen Dong,Miao Jin,Zhaojun Duan. Virologica Sinica. 2019(01)
[2]2011-2017年北京市朝陽區(qū)5歲以下兒童病毒性腹瀉病原學研究[J]. 焦洋,齊嘯,高艷,張士堯,張玉松,顧琳,郝民,張越,梁妍,吳鈳,趙劍虹,馬建新,孫靈利. 中國病毒病雜志. 2018(04)
[3]2011—2015年安徽省哨點監(jiān)測醫(yī)院5歲以下兒童病毒性腹瀉的病原學分析[J]. 陳國平,史永林,查震球,張進,宋律,馬婉婉,蘇斌. 公共衛(wèi)生與預防醫(yī)學. 2018(01)
[4]基于受體捕獲的人源諾如病毒檢測方法的優(yōu)化及應(yīng)用[J]. 周震寰,劉丹蕾,張麟,崔妍,史賢明,王大鵬. 上海交通大學學報(農(nóng)業(yè)科學版). 2017(05)
[5]一起疑似食源性諾如病毒胃腸炎事件病原分子生物學特征分析[J]. 王坤明,柯明月,施紅,林英華. 中國食品衛(wèi)生雜志. 2017(01)
[6]一起急性胃腸炎暴發(fā)疫情中諾如病毒的分子流行病學分析[J]. 張爽,荊紅波,馬紅梅,李穎,靳淼. 實用預防醫(yī)學. 2017(01)
[7]Clinical and epidemiological characteristics of norovirus gastroenteritis among hospitalized children in Lebanon[J]. Nada M Melhem,Hassan Zaraket,Khalil Kreidieh,Zeinab Ali,Moza Hammadi,Soha Ghanem,Farah Hajar,Amjad Haidar,Adlette Inati,Mariam Rajab,Hassan Fakhouri,Bassam Ghanem,Ghassan Baasiri,Ghassan Dbaibo. World Journal of Gastroenterology. 2016(48)
[8]一起水源性諾如病毒引起的急性胃腸炎疫情的調(diào)查分析[J]. 汪金生,孫琴,曹孟嬋,李賢相,史永林,金愛武. 安徽預防醫(yī)學雜志. 2016(02)
[9]一起水源性諾如病毒感染性腹瀉暴發(fā)疫情流行病學分析[J]. 韓會強,黃志剛,李國維,麻春雷,陳衛(wèi)東,徐曉清. 醫(yī)學動物防制. 2013(02)
[10]水源性諾如病毒[J]. 寇曉霞,吳清平,薛亮. 微生物學通報. 2012(04)
博士論文
[1]水體和貝類中食源性病毒分子檢測研究及污染調(diào)查[D]. 寇曉霞.中國科學院研究生院(武漢病毒研究所) 2007
本文編號:3694353
【文章頁數(shù)】:156 頁
【學位級別】:博士
【文章目錄】:
摘要
Abstract
前言
1. 諾如病毒
1.1.介紹
1.2. 基因和病毒結(jié)構(gòu)
1.3. GII4基因型諾如病毒
2. 食源性病毒和水源性病毒
2.1. 介紹
2.2. 根據(jù)臨床特點分類
2.3. 食源性和水源性諾如病毒
2.4. 諾如病毒的傳播途徑
3. 不同樣本中諾如病毒檢測
3.1. 臨床樣本、食品樣本和水樣本
3.2. 諾如病毒檢測策略
3.3. 病毒分離
3. 本文關(guān)注的科學問題
第一部分 腹瀉樣本中諾如病毒檢測方法實驗室評價與應(yīng)用
1. 實驗材料
1.1. 實驗儀器
1.2. 常用試劑
1.3. 常用耗材
1.4. 實驗病毒株
2. 實驗方法
2.1. 核酸提取
2.2. 病毒檢測方法實驗室評價
2.3. 諾如病毒檢測方法在臨床樣本中的應(yīng)用
3. 實驗結(jié)果
3.1. 病毒Realtime RT-PCR檢測方法評估
3.2. 呼和浩特市諾如病毒分子流行情況
4. 討論
第二部分 水中諾如病毒檢測方法建立與應(yīng)用
1. 實驗材料
1.1. 實驗儀器
1.2. 常用試劑
1.3. 常用耗材
1.4. 實驗病毒株
1.5. 常用溶劑的配置方法
2. 實驗方法
2.1. 細胞復蘇、傳代培養(yǎng)和凍存
2.2. MNV-1病毒培養(yǎng)和病毒滴定測定
2.3. 核酸提取
2.4. 病毒檢測方法研究
2.5. 瓶裝或桶裝水中病毒濃縮
2.6. 大量水中病毒濃縮
2.7. 高通量測序
3. 結(jié)果
3.1. MNV-1 Realtime RT-PCR標準曲線建立
3.2. 瓶裝和桶裝水中病毒回收效果
3.3. Biotroy半自動微生物采集系統(tǒng)回收MNV-1效果評價
3.4. 飲用水中病毒回收
4. 討論
第三部分 食品中諾如病毒檢測方法優(yōu)化與評估
1. 實驗材料
1.1. 實驗儀器
1.2. 常用試劑
1.3. 常用耗材
1.4. 病毒毒株
2. 實驗方法
2.1. 模擬樣本制備
2.2. 病毒洗脫
2.3. 二次濃縮
2.4. 直接RNA提取
2.5. 病毒檢測
2.6. ISC-RT-qPCR檢測NoVs
3. 實驗結(jié)果
3.1. 碳水化合物類食品中MNV-1回收效果
3.2. 脂肪、蛋白類食品中MNV-1回收效果
3.3. 食品中諾如病毒的回收效果
3.4. 基于受體捕獲諾如病毒檢測草莓中諾如病毒
4. 實驗討論
第四部分 貝類中病毒檢測
1. 實驗材料
1.1. 實驗儀器
1.2. 常用試劑
1.3. 常用耗材
1.4. 過程對照病毒MNV-1毒株制備
2. 實驗方法
2.1. 貝類樣本收集
2.2. 貝類樣本處理
2.3. 貝類病毒的分離
2.4. 高通量測序
3. 實驗結(jié)果
3.1. 比較不同貝類中諾如病毒檢測方法
3.2. 貝類中病毒宏基因組分析結(jié)果
3.3. 貝類中動物病毒基因組的分析結(jié)果
3.4. 貝類中胃腸炎疾病相關(guān)的病毒基因組分析
4. 討論
全文結(jié)論
參考文獻
個人簡歷
致謝
【參考文獻】:
期刊論文
[1]Genetic Analysis of an Emerging GII.P2–GII.2 Norovirus Associated with a 2016 Outbreak of Acute Gastroenteritis in China[J]. Yuanyun Ao,Xiaolu Xie,Xiaogen Dong,Miao Jin,Zhaojun Duan. Virologica Sinica. 2019(01)
[2]2011-2017年北京市朝陽區(qū)5歲以下兒童病毒性腹瀉病原學研究[J]. 焦洋,齊嘯,高艷,張士堯,張玉松,顧琳,郝民,張越,梁妍,吳鈳,趙劍虹,馬建新,孫靈利. 中國病毒病雜志. 2018(04)
[3]2011—2015年安徽省哨點監(jiān)測醫(yī)院5歲以下兒童病毒性腹瀉的病原學分析[J]. 陳國平,史永林,查震球,張進,宋律,馬婉婉,蘇斌. 公共衛(wèi)生與預防醫(yī)學. 2018(01)
[4]基于受體捕獲的人源諾如病毒檢測方法的優(yōu)化及應(yīng)用[J]. 周震寰,劉丹蕾,張麟,崔妍,史賢明,王大鵬. 上海交通大學學報(農(nóng)業(yè)科學版). 2017(05)
[5]一起疑似食源性諾如病毒胃腸炎事件病原分子生物學特征分析[J]. 王坤明,柯明月,施紅,林英華. 中國食品衛(wèi)生雜志. 2017(01)
[6]一起急性胃腸炎暴發(fā)疫情中諾如病毒的分子流行病學分析[J]. 張爽,荊紅波,馬紅梅,李穎,靳淼. 實用預防醫(yī)學. 2017(01)
[7]Clinical and epidemiological characteristics of norovirus gastroenteritis among hospitalized children in Lebanon[J]. Nada M Melhem,Hassan Zaraket,Khalil Kreidieh,Zeinab Ali,Moza Hammadi,Soha Ghanem,Farah Hajar,Amjad Haidar,Adlette Inati,Mariam Rajab,Hassan Fakhouri,Bassam Ghanem,Ghassan Baasiri,Ghassan Dbaibo. World Journal of Gastroenterology. 2016(48)
[8]一起水源性諾如病毒引起的急性胃腸炎疫情的調(diào)查分析[J]. 汪金生,孫琴,曹孟嬋,李賢相,史永林,金愛武. 安徽預防醫(yī)學雜志. 2016(02)
[9]一起水源性諾如病毒感染性腹瀉暴發(fā)疫情流行病學分析[J]. 韓會強,黃志剛,李國維,麻春雷,陳衛(wèi)東,徐曉清. 醫(yī)學動物防制. 2013(02)
[10]水源性諾如病毒[J]. 寇曉霞,吳清平,薛亮. 微生物學通報. 2012(04)
博士論文
[1]水體和貝類中食源性病毒分子檢測研究及污染調(diào)查[D]. 寇曉霞.中國科學院研究生院(武漢病毒研究所) 2007
本文編號:3694353
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