目的:痤瘡丙酸桿菌（C.acnes）是人體皮膚表面的主要共生菌,具有維持皮膚穩(wěn)態(tài)和調(diào)節(jié)皮膚免疫系統(tǒng)的作用,同時(shí),該菌被認(rèn)為是尋常痤瘡的主要致病菌,且該菌的異位定植可引發(fā)嚴(yán)重疾病。C.acnes存在多亞型菌株共生的問題,對(duì)于研究不同亞型致病性造成困難。目前,C.acnes基因組水平的研究在國內(nèi)仍屬空白。本研究采取從單個(gè)樣本中分離多株C.acnes菌株的方法,用于解決多亞型共生的問題,并首次對(duì)中國人群來源的多株C.acnes菌株進(jìn)行全基因組測序、組裝和注釋,獲得了中國人群來源C.acnes的全基因組信息。通過泛基因組學(xué)等生物信息學(xué)分析方法,解析我國人群來源的C.acnes菌株的進(jìn)化關(guān)系和基因組特點(diǎn),并探討中國人群來源的C.acnes的致病性、耐藥性和基因型之間的關(guān)系,旨在為維護(hù)我國人群的皮膚健康以及C.acnes引發(fā)疾病的防治提供理論依據(jù)。方法:從每個(gè)痤瘡病人和健康志愿者面部擦拭樣本的厭氧培養(yǎng)物中,分離2-6株C.acnes菌株;對(duì)分離得到的菌株進(jìn)行全基因組測序;使用FastQC和NGS QC Toolkit對(duì)測序數(shù)據(jù)進(jìn)行質(zhì)量控制;使用SOAPdenovo、velvet和spades完成C... 

【文章來源】：中國醫(yī)科大學(xué)遼寧省

【文章頁數(shù)】：92 頁

【學(xué)位級(jí)別】：博士

【部分圖文】：

棉拭子細(xì)菌培養(yǎng)圖

圖 2 單菌落劃線分離圖 A-F 為本研究中的部分 C. acnes 菌株的單菌落劃線培養(yǎng)圖，分離 C. acnes 采用血瓊脂平板劃線法，每個(gè)平板均劃線三個(gè)區(qū)域。3.2 測序數(shù)據(jù)的質(zhì)控、拼接、注釋、評(píng)價(jià)3.2.1 測序數(shù)據(jù)質(zhì)量評(píng)估通過 fastQC 對(duì)測序結(jié)果進(jìn)行可視化作圖，評(píng)估測序質(zhì)量。測序數(shù)據(jù)經(jīng)過解壓后總數(shù)據(jù)量 11.5G，平均質(zhì)量 30，測序質(zhì)量良好（圖 3，圖 4）。單堿基質(zhì)量圖中紅線表示該位置堿基測序質(zhì)量的平均值，通常認(rèn)為該值大于 2即可用于后續(xù)的基因組拼接。

測序原始數(shù)據(jù)單堿基質(zhì)量分布

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]伍德燈在皮膚科的應(yīng)用[J]. 鄒覺,顧恒,邵長庚.  國外醫(yī)學(xué).皮膚性病學(xué)分冊(cè). 2001(01)



本文編號(hào)：3510365