背景:肺癌在全球是一種高發(fā)病率、高病死率及高負(fù)擔(dān)的腫瘤性疾病,到目前肺癌的總體生存率仍然很低,由于確診較晚和對(duì)治療反應(yīng)差,在過去的50年里肺癌的生存率幾乎沒有改善。隨著人們在靶向和免疫治療方面取得了重大進(jìn)展,需要我們對(duì)肺癌的局部環(huán)境有更深入的了解以改善肺癌個(gè)體化的診斷和治療。人體共生的微生物組通過多種途徑使人體獲得營養(yǎng)或產(chǎn)生疾病易感性,目前我們已經(jīng)發(fā)現(xiàn)在許多系統(tǒng)性疾病中如:糖尿病、肥胖、慢性胃炎和結(jié)直腸癌,人體與微生物之間的共生平衡是被打破的。新的研究證據(jù)表明,微生物群的生態(tài)失衡可能通過多個(gè)通路（如通過影響代謝,炎癥或免疫途徑等）影響癌的發(fā)生、發(fā)展。流行病學(xué)證據(jù)表明,反復(fù)接觸抗生素與肺癌風(fēng)險(xiǎn)增加之間存在關(guān)系,但是肺部微生物菌群對(duì)肺癌的作用尚不清楚。既往認(rèn)為健康的肺基本上是無菌的,但現(xiàn)在的研究表明肺部存在微生物群落,并且肺部菌群在呼吸系統(tǒng)疾病包括哮喘、慢性阻塞性肺�。–OPD）和囊性纖維化中發(fā)生了改變。肺部菌群是否會(huì)影響肺癌的發(fā)生發(fā)展,目前已有一些相關(guān)研究進(jìn)行了初步探索。有流行病學(xué)研究提示結(jié)核分支桿菌是肺癌重要的風(fēng)險(xiǎn)因素,也有研究顯示肺癌患者肺部菌群結(jié)構(gòu)發(fā)生了重要改變,如某些菌屬或菌門豐... 

【文章來源】：中國人民解放軍海軍軍醫(yī)大學(xué)上海市 211工程院校

【文章頁數(shù)】：175 頁

【學(xué)位級(jí)別】：博士

【部分圖文】：

-1采樣部位：咽拭子為，灌洗液為（四）實(shí)驗(yàn)室檢測方法

圖 1-1-2 測序原理五）生物信息學(xué)分析與統(tǒng)計(jì)分析、原始測序數(shù)據(jù)的篩查、處理和質(zhì)量控制1）Illumina MiSeq 平臺(tái)原始雙端測序數(shù)據(jù)的處理用 FLASH 軟件（v1.2.7），對(duì)通過質(zhì)量初篩的雙端序列根據(jù)重疊堿，根據(jù)每個(gè)樣本所對(duì)應(yīng)的 Index 信息，將連接后的序列識(shí)別分配入對(duì)得每個(gè)樣本的有效序列。2）剔除疑問序列及高質(zhì)量序列統(tǒng)計(jì)先運(yùn)用 QIIME 軟件（v1.8.0）識(shí)別疑問序列。隨后，通過 Qiime 軟件SEARCH(v5.2.236)檢查并剔除嵌合體序列。、OTU 劃分和分類地位鑒定1）OTU 劃分

肺癌患者呼吸道菌群結(jié)構(gòu)及代謝組特）咽部菌群結(jié)構(gòu)特征分析數(shù)據(jù)優(yōu)化統(tǒng)計(jì) 35 例咽拭子樣本通過 Illumina 平臺(tái)進(jìn)行 Paired-End 測序lap 關(guān)系拼接成長 Reads，之后進(jìn)行質(zhì)控，得到 Clean Read序列進(jìn)行測序，測序?yàn)?V3-V4 區(qū)；通過 Pandaseq 軟件利到的成對(duì) Reads 拼接成一條序列，得到高變區(qū)的長 Reads本得到 Clean Reads 為 2087041 條，平均 59630 條/例bP,平均 25120606bP/例（表 1-2-1）。平均讀長為 421,約 40bP 之間（圖 1-2-1）。

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]流感病毒感染對(duì)小鼠腸道菌群的影響及桑葉的調(diào)節(jié)作用[J]. 劉駿,王輝,孫經(jīng)夢,鄒宇曉.  中國微生態(tài)學(xué)雜志. 2013(09)
[2]革蘭陽性菌肽聚糖對(duì)人嗜堿性粒細(xì)胞中TLR3、TLR9 mRNA的上調(diào)作用[J]. 侯一峰,何韶衡.  汕頭大學(xué)醫(yī)學(xué)院學(xué)報(bào). 2005(02)



本文編號(hào)：3324336