目的通過生物信息學挖掘胃癌TCGA轉(zhuǎn)錄組及miRNA表達數(shù)據(jù),利用公共在線數(shù)據(jù)庫構(gòu)建lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò),篩選ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)中的關(guān)鍵基因;LncRNA PVT1在胃癌細胞系及胃癌組織中表達上調(diào),但在胃癌中的分子機制尚不清楚,本研究以lncRNA PVT1為中心,探究lncRNA PVT1在胃癌發(fā)生、發(fā)展中的分子機制。方法1.下載胃癌TCGA轉(zhuǎn)錄組RNA-seq、miRNA-seq數(shù)據(jù),進行差異基因分析,聯(lián)合在線數(shù)據(jù)庫構(gòu)建lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò),并找到關(guān)鍵基因及子網(wǎng)絡(luò)。2.實時熒光定量PCR法檢測lncRNA PVT1在3種胃癌細胞系和組織樣本中的表達,統(tǒng)計分析PVT1表達與胃癌臨床病理的相關(guān)性。3.采用慢病毒、質(zhì)粒轉(zhuǎn)染技術(shù)構(gòu)建PVT1功能敲減、過表達胃癌細胞模型。通過CCK-8、Edu細胞增殖實驗、劃痕、Transwell侵襲實驗分析敲減和過表達PVT1后對胃癌細胞增殖、遷移、侵襲細胞表型的影響。4.基于ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)和單因素生存分析篩選PVT1的下游miRNA及其靶基因。采用實時熒光定量PCR技術(shù)檢測胃癌細胞下... 

【文章來源】：蘭州大學甘肅省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

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【學位級別】：博士

【部分圖文】：

內(nèi)源性競爭RNA機制假說圖

蘭州大學博士學位論文PVT1/miR-145-5p/STAT1軸在胃癌增殖、侵襲中的作用及其機制研究61材料1.1TCGA胃癌基因表達數(shù)據(jù)下載和整理從TCGA官方網(wǎng)站（https://cancergenome.nih.gov/）下載轉(zhuǎn)錄組RNASeq數(shù)據(jù)和miRNA數(shù)據(jù)，以及樣本臨床信息。其中，轉(zhuǎn)錄組RNA-Seq數(shù)據(jù)（mRNA和lncRNA基因表達數(shù)據(jù)）包含343例胃癌組織樣本和30例癌旁正常組織樣本。miRNA-Seq表達數(shù)據(jù)包括410例胃癌組織標本和42例癌旁正常組織標本。同時下載胃癌患者的生存數(shù)據(jù)并整理數(shù)據(jù)。數(shù)據(jù)處理流程圖見圖2。圖2胃癌TCGA數(shù)據(jù)分析流程圖1.2TCGA胃癌臨床數(shù)據(jù)下載和整理從TCGA官方網(wǎng)站下載胃癌患者的臨床數(shù)據(jù)并整理，其中包括年齡、性別、病理診斷、組織學分級（定義為高分化[G1]，中分化[G2]，低分化[G3]），手術(shù)部位邊緣狀態(tài)（陰性[R0]，顯微鏡下陽性[R1]，肉眼觀察有腫瘤殘留[R2]），淋巴陽性率（定義為HE染色陽性淋巴結(jié)數(shù)/手術(shù)切除淋巴結(jié)數(shù)），腫瘤狀態(tài)（有腫

蘭州大學博士學位論文PVT1/miR-145-5p/STAT1軸在胃癌增殖、侵襲中的作用及其機制研究16圖3TCGA胃癌組織和癌旁正常組織差異表達的lncRNA，miRNA和mRNA熱圖、火山圖。lncRNA火山圖（A）、熱圖（B）；miRNA火山圖（C）、熱圖（D）；mRNA火山圖（E）、熱圖（F）；紅色表示基因表達上調(diào)，綠色表示基因表達下調(diào)。3.2胃癌LncRNA-miRNA-mRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建miRcode數(shù)據(jù)庫匹配245個差異LncRNA與32個差異miRNA相互作用，總計1355對LncRNA-miRNA相互作用關(guān)系。miRDB，miRTarBase，TargetScan三個數(shù)據(jù)庫匹配1349對miRNA-mRNA相互作用關(guān)系（三個數(shù)據(jù)庫至少匹配2個數(shù)據(jù)庫），包括29個差異表達的miRNA（數(shù)據(jù)庫注釋的差異表達的miRNA成熟miRNA）和1349個差異表達的mRNA。將所有的LncRNA-miRNA關(guān)系對、miRNA-mRNA關(guān)系整合，構(gòu)建LncRNA-miRNA-mRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。胃癌的LncRNA-miRNA-mRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)包括245個LncRNA、32個miRNA、1349個mRNA和總共2704個相互作用關(guān)系（表3，圖4）。表3胃癌LncRNA-miRNA-mRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)基因列表（LncRNA、mRNATOP50）基因類別基因名稱logFCP-valueFDRLncRNALINC003927.108.74E-078.03E-06ERVMER61-16.161.64E-071.87E-06HOTAIR5.511.32E-191.62E-17AL139002.15.503.60E-073.71E-06LINC003555.162.18E-094.13E-08AL513123.14.871.26E-124.85E-11DSCR4-IT14.771.12E-057.48E-05HULC4.691.47E-071.70E-06

【參考文獻】：
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