目的通過(guò)生物信息學(xué)挖掘胃癌TCGA轉(zhuǎn)錄組及miRNA表達(dá)數(shù)據(jù),利用公共在線數(shù)據(jù)庫(kù)構(gòu)建lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò),篩選ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)中的關(guān)鍵基因;LncRNA PVT1在胃癌細(xì)胞系及胃癌組織中表達(dá)上調(diào),但在胃癌中的分子機(jī)制尚不清楚,本研究以lncRNA PVT1為中心,探究lncRNA PVT1在胃癌發(fā)生、發(fā)展中的分子機(jī)制。方法1.下載胃癌TCGA轉(zhuǎn)錄組RNA-seq、miRNA-seq數(shù)據(jù),進(jìn)行差異基因分析,聯(lián)合在線數(shù)據(jù)庫(kù)構(gòu)建lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò),并找到關(guān)鍵基因及子網(wǎng)絡(luò)。2.實(shí)時(shí)熒光定量PCR法檢測(cè)lncRNA PVT1在3種胃癌細(xì)胞系和組織樣本中的表達(dá),統(tǒng)計(jì)分析PVT1表達(dá)與胃癌臨床病理的相關(guān)性。3.采用慢病毒、質(zhì)粒轉(zhuǎn)染技術(shù)構(gòu)建PVT1功能敲減、過(guò)表達(dá)胃癌細(xì)胞模型。通過(guò)CCK-8、Edu細(xì)胞增殖實(shí)驗(yàn)、劃痕、Transwell侵襲實(shí)驗(yàn)分析敲減和過(guò)表達(dá)PVT1后對(duì)胃癌細(xì)胞增殖、遷移、侵襲細(xì)胞表型的影響。4.基于ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)和單因素生存分析篩選PVT1的下游miRNA及其靶基因。采用實(shí)時(shí)熒光定量PCR技術(shù)檢測(cè)胃癌細(xì)胞下... 

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內(nèi)源性競(jìng)爭(zhēng)RNA機(jī)制假說(shuō)圖

蘭州大學(xué)博士學(xué)位論文PVT1/miR-145-5p/STAT1軸在胃癌增殖、侵襲中的作用及其機(jī)制研究61材料1.1TCGA胃癌基因表達(dá)數(shù)據(jù)下載和整理從TCGA官方網(wǎng)站（https://cancergenome.nih.gov/）下載轉(zhuǎn)錄組RNASeq數(shù)據(jù)和miRNA數(shù)據(jù)，以及樣本臨床信息。其中，轉(zhuǎn)錄組RNA-Seq數(shù)據(jù)（mRNA和lncRNA基因表達(dá)數(shù)據(jù)）包含343例胃癌組織樣本和30例癌旁正常組織樣本。miRNA-Seq表達(dá)數(shù)據(jù)包括410例胃癌組織標(biāo)本和42例癌旁正常組織標(biāo)本。同時(shí)下載胃癌患者的生存數(shù)據(jù)并整理數(shù)據(jù)。數(shù)據(jù)處理流程圖見(jiàn)圖2。圖2胃癌TCGA數(shù)據(jù)分析流程圖1.2TCGA胃癌臨床數(shù)據(jù)下載和整理從TCGA官方網(wǎng)站下載胃癌患者的臨床數(shù)據(jù)并整理，其中包括年齡、性別、病理診斷、組織學(xué)分級(jí)（定義為高分化[G1]，中分化[G2]，低分化[G3]），手術(shù)部位邊緣狀態(tài)（陰性[R0]，顯微鏡下陽(yáng)性[R1]，肉眼觀察有腫瘤殘留[R2]），淋巴陽(yáng)性率（定義為HE染色陽(yáng)性淋巴結(jié)數(shù)/手術(shù)切除淋巴結(jié)數(shù)），腫瘤狀態(tài)（有腫

蘭州大學(xué)博士學(xué)位論文PVT1/miR-145-5p/STAT1軸在胃癌增殖、侵襲中的作用及其機(jī)制研究16圖3TCGA胃癌組織和癌旁正常組織差異表達(dá)的lncRNA，miRNA和mRNA熱圖、火山圖。lncRNA火山圖（A）、熱圖（B）；miRNA火山圖（C）、熱圖（D）；mRNA火山圖（E）、熱圖（F）；紅色表示基因表達(dá)上調(diào)，綠色表示基因表達(dá)下調(diào)。3.2胃癌LncRNA-miRNA-mRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建miRcode數(shù)據(jù)庫(kù)匹配245個(gè)差異LncRNA與32個(gè)差異miRNA相互作用，總計(jì)1355對(duì)LncRNA-miRNA相互作用關(guān)系。miRDB，miRTarBase，TargetScan三個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)匹配1349對(duì)miRNA-mRNA相互作用關(guān)系（三個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)至少匹配2個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)），包括29個(gè)差異表達(dá)的miRNA（數(shù)據(jù)庫(kù)注釋的差異表達(dá)的miRNA成熟miRNA）和1349個(gè)差異表達(dá)的mRNA。將所有的LncRNA-miRNA關(guān)系對(duì)、miRNA-mRNA關(guān)系整合，構(gòu)建LncRNA-miRNA-mRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。胃癌的LncRNA-miRNA-mRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)包括245個(gè)LncRNA、32個(gè)miRNA、1349個(gè)mRNA和總共2704個(gè)相互作用關(guān)系（表3，圖4）。表3胃癌LncRNA-miRNA-mRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)基因列表（LncRNA、mRNATOP50）基因類(lèi)別基因名稱(chēng)logFCP-valueFDRLncRNALINC003927.108.74E-078.03E-06ERVMER61-16.161.64E-071.87E-06HOTAIR5.511.32E-191.62E-17AL139002.15.503.60E-073.71E-06LINC003555.162.18E-094.13E-08AL513123.14.871.26E-124.85E-11DSCR4-IT14.771.12E-057.48E-05HULC4.691.47E-071.70E-06

【參考文獻(xiàn)】：
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