MicroRNA（簡稱miRNA）是近年來新發(fā)現(xiàn)的一類非編碼RNA（大約22個核苷酸）,它在許多重要生命過程中起著關(guān)鍵的調(diào)控作用,人們對其在疾病診斷和治療等方面的前景寄予厚望,關(guān)于miRNA的研究是當前生命科學(xué)領(lǐng)域最前沿的方向之一。HIV-1病毒是最常見的HIV病毒致病株,致死率極高;能在短時間內(nèi)進化成許多不同的但又密切相關(guān)的變體,顯示出不同的傳染性和進化動力學(xué),因此,HIV-1亞型的準確定位是開發(fā)有效疫苗的保證。本文主要研究了pre-microRNA（簡稱pre-miRNA）的計算識別問題,疾病關(guān)聯(lián)的miRNA預(yù)測問題,及HIV的亞型分類問題,并取得了一些研究成果。主要包括以下三個內(nèi)容:（1）研究了pre-miRNA識別的高精度的計算方法。區(qū)分pre-miRNA和長度相似的偽pre-miRNA是生命科學(xué)領(lǐng)域中的一個重要問題,它能幫助我們理解RNA的調(diào)控機制。目前,機器學(xué)習(xí)是最流行的識別pre-miRNA的方法。然而,大多數(shù)方法主要關(guān)注于pre-miRNA的二級結(jié)構(gòu)信息,而忽略了序列的順序信息和序列的進化信息。在這項研究中,開發(fā)了一種新的pre-miRNA識別方法,它從PSI-BLAS... 

【文章來源】：湘潭大學(xué)湖南省

【文章頁數(shù)】：105 頁

【學(xué)位級別】：博士

【部分圖文】：

圖１．１?ＨＩＶ－ｌ基因結(jié)構(gòu)示意圖（圖片來自于維基百科）??ＨＩＶ－１感染的顯著特征是其在單個個體感染過程中的異常多樣性

．２??１?１???０－２?｜?—?＿＿—?＜?＞???妄?〇??????—??????－－０．２??１?１???①?０．１??二■■■－．－－—■：?■?■—－ｉ?１???ｉ?＾???；????－－０．１??１?１???ａ，?－１．５２??１?１???５－１．５４－—?＿????０１?－１．５６??１??１????０?５０?１００?１５０??圖２．１?ｈｓａ－ｍｉｒ－６８４３基于理化性質(zhì)Ｓｌｉｄｅ的時間序列的ＥＭＤ過程．??§２．１．２?Ｈｉｌｂｅｒｔ?－?Ｈｕａｎｇ譜分析??經(jīng)驗?zāi)Ｊ椒纸夂�，�?yīng)用Ｈｉｌｂｅｒｔ變換到每一個ＩＭＦ中，獲得分析信號：??Ｈ＾ｔ））?＝?－Ｐ?［°°?＾－ｄｒ，?＇??７Ｔ?Ｊ—ｍｔ?—?Ｔ??Ａ（ｃｉ（ｔ））?＝?Ｃｉ（ｔ）?＋?ｊＨ（ｄ（ｔ））?＝?ａｉ｛ｔ）ｅＰ６ｉ｛ｔ）．??１０??

對樹做ｂｏｏｔｓｔｒａｐ??方法檢驗的具體流程可參考第五章。??驗?Ｄ：＼ＲＦ＼ｔｒｅｅｄｉｓｔｅｘｅ?—?□?Ｘ??＾ｔｔ：ｎ８Ｓｆ〇ｒｔｈ；ＳｒａＩ：?ＤＷ?＿?３ｌ—?Ｋｓｔ＿??？?�。浚校�??１?Ｐｒｉｎｔ?ｉｎｄｉｃａｎｏｎｓ?ｏｆ?ｐｒｏｇｒｅｓｓ?ｏｆ?ｒｍｒ．?Ｙｅｓ??２?Ｔｒｅｅ?ｄｉｓｔａｎｃｅ?ｓａｂａｅｎｕ：?Ｄｉｓｔａｎｃｅ?ｂｅｔｗｅｅｎ?ａｄｊａｃｅｎｔ?ｐａｉｒｓ??細：丨咖如叫？Ｍ?ｋ加ｉ似《?ｆＯＴ?０？ｔＣ咖職）??－??圖２．２?ｔｒｅｅｄｉｓｔ．ｅｘｅ運行后所出現(xiàn)的界面??第一步，下載ＮＣＢＩ的ｃｏｍｍｏｎ－ｔｒｅｅ；將待研究所有物種的名稱都獨立成行寫??入到一個文檔里（這里物種的名稱必須是物種的全稱），點擊“Ｎａｍｅ／ＩＤ?Ｓｔａｔｕｓ”??超鏈接，打開分類ＩＤ網(wǎng)站，導(dǎo)入物種名文檔，就可以得到分類ＩＤ文件，再點擊??“Ｔａｘｏｎｏｍｙ?Ｔｏｏｌｓ”中的“ｃｏｍｍｏｎ?ｔｒｅｅ”，導(dǎo)入剛才的分類ＩＤ文件，就可以生成一？??個樹的文件，也就是我們所需要的ＮＣＢＩ的ｃｏｍｍｏｎ?ｔｒｅｅ，作為參考樹。??第二步，計算Ｒｏｂｉｎｓｏｎ－Ｆｏｕｌｄｓ距離；計算ＲＦ距離使用Ｐｈｙｌｉｐ包中的ｔｒｅｅｄｉｓｔ．ｅｘｅ，??首先以參考樹作為最開始的樹文件放在ｔｒｅｅｄｉｓｔ．ｅｘｅ的同一目錄下；然后將所構(gòu)建??的樹文件放在同一目錄下，并命名為ｉｎｔｒｅｅ２；若構(gòu)建了多棵樹，就將多棵樹都放??在ｉｎｔｒｅｅ２中，每一行放一個完整的樹文件，中間以分號間隔。??第三步，雙擊運行ｔｒｅｅｄｉｓｔ．ｅｘｅ，出現(xiàn)如圖２．２所示界面，輸入“２”，然后出現(xiàn)??如圖２．３所示界面，依次輸入

【參考文獻】：
期刊論文
[1]CVTree3 Web Server for Whole-genome-based and Alignment-free Prokaryotic Phylogeny and Taxonomy[J]. Guanghong Zuo,Bailin Hao.  Genomics,Proteomics & Bioinformatics. 2015(05)

博士論文
[1]三種遺傳性癌癥MicroRNA異常表達網(wǎng)絡(luò)的研究[D]. 張波.吉林大學(xué) 2018
[2]人非小細胞肺癌與艾滋病（HIV-1感染）的靶向治療手段的篩選、優(yōu)化及其應(yīng)用[D]. 王含璐.北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院 2018
[3]蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)類與功能預(yù)測及物種親緣分析問題的非線性方法研究[D]. 韓國勝.湘潭大學(xué) 2013
[4]MicroRNA識別及其與疾病關(guān)聯(lián)的預(yù)測算法研究[D]. 玄萍.哈爾濱工業(yè)大學(xué) 2012



本文編號：3285592