腫瘤相關(guān)可變剪接在線分析工具的建立和結(jié)直腸癌肝轉(zhuǎn)移驅(qū)動(dòng)突變的篩選分析研究
發(fā)布時(shí)間：2021-06-26 20:02
隨著二代測序技術(shù)的快速發(fā)展,以及測序成本的不斷下降,二代測序越來越多地在腫瘤研究中被使用。生物信息學(xué)借助數(shù)學(xué)、信息學(xué)和計(jì)算機(jī)科學(xué)來研究生物學(xué)問題。面對(duì)腫瘤研究中海量的二代測序數(shù)據(jù),需要使用生物信息學(xué)對(duì)其進(jìn)行分析與解讀。我們利用生物信息學(xué),分別對(duì)基因組和轉(zhuǎn)錄組二代測序結(jié)果進(jìn)行深入分析。利用創(chuàng)新的生物信息學(xué)工具與分析方法,從基因組和轉(zhuǎn)錄組二代測序結(jié)果中解讀出更深層次的信息。第一部分:腫瘤相關(guān)可變剪接在線分析工具的建立研究背景和目的:異�？勺兗艚邮悄[瘤發(fā)生發(fā)展的重要分子事件。雖然TCGA（The Cancer Genome Atlas）項(xiàng)目產(chǎn)出了大量的二代測序組學(xué)數(shù)據(jù)。但仍缺乏針對(duì)TCGA可變剪接開發(fā)的相關(guān)工具,使研究者能便捷地利用TCGA測序數(shù)據(jù)和臨床信息來研究腫瘤可變剪接。本部分研究通過開發(fā)相關(guān)工具使TCGA中的腫瘤相關(guān)可變剪接信息能夠更加充分地被利用,并且使可變剪接與臨床變量的關(guān)系更直觀地被解讀。結(jié)果:基于云計(jì)算平臺(tái)和網(wǎng)頁數(shù)據(jù)可視化技術(shù),我們開發(fā)了 TSVdb（TCGA Splicing Variant database）在線分析工具,用于在線探索TCGA中33種腫瘤的基因可變剪接與患...
【文章來源】：浙江大學(xué)浙江省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校
【文章頁數(shù)】：164 頁
【學(xué)位級(jí)別】：博士
【部分圖文】：
外顯子讀段和跨外顯子讀段
圖４．１是ＴＳＶｄｂ的主界面，主界面的頂端是６個(gè)按鈕組成的導(dǎo)航欄。導(dǎo)航欄中??的“Ｔｕｔｏｒｉａｌ”和“Ｒｅｎｅｗ”按鈕分別是工具說明頁面和頁面刷新的鏈接。在“Ｔｕｔｏｒｉａｌ”和??“Ｒｅｎｅｗ“之間從左到右４個(gè)按鈕分別顯示當(dāng)前選擇的腫瘤類別、基因名、可變剪接??數(shù)據(jù)類型和臨床參數(shù)，可以通過單擊它們重設(shè)相關(guān)參數(shù)。??導(dǎo)航欄的下方是圖例，圖例分為兩部分，圖例的左半部分是ＲＮＡ測序結(jié)果數(shù)??據(jù)和轉(zhuǎn)錄本結(jié)構(gòu)注釋，圖例右半部分用于注釋圖例下方的臨床數(shù)據(jù)。??在圖例下方是臨床分組信息，用不同的顏色來區(qū)分各組。例圖中臨床參數(shù)為腫??瘤類型，分為正常組織、原發(fā)腫瘤組織、復(fù)發(fā)腫瘤組織和轉(zhuǎn)移組織４組。通過鼠標(biāo)??懸停在特定的臨床分組色塊上方，會(huì)出現(xiàn)輔助線幫助用戶判斷對(duì)應(yīng)下方樣本的臨??床分組。??１１??
■?■■??圖４．２外顯子利用率歸一化和降嗓??使用ＲＡＣ１基因在結(jié)腸腺癌中作為例子（圖４．２）。臨床分組注釋中藍(lán)色和橙色??分別代表正常和腫瘤組織。在圖Ａ中可以看到，在對(duì)基因表達(dá)量進(jìn)行矯正之前，??可變外顯子（倒數(shù)第四行）的表達(dá)量和兄４Ｃ７基因表達(dá)量相關(guān)。通過矯正表達(dá)量的??影響，圖Ｂ中／？＾Ｃ７可變外顯子利用率不受基因表達(dá)量影響。由于顯示外顯子利??用率折線圖的行高一定，極端值會(huì)影響顯示比例，使正常數(shù)值在折線圖中顯示高度??過低從而難以分辨組間差異。最后一步降噪后兄４Ｃ７外顯子利用率變得平滑（圖??Ｃ），更有利于顯示Ｚ＾ＣＶ可變外顯子利用率在胂瘤和正常組織間的差異。??１４??
【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]中國居民2015年惡性腫瘤死亡率流行病學(xué)特征分析[J]. 蘭藍(lán),趙飛,蔡玥,武瑞仙,孟群. 中華流行病學(xué)雜志. 2018 (01)
[2]Current practices and guidelines for clinical next-generation sequencing oncology testing[J]. Samuel P.Strom. Cancer Biology & Medicine. 2016(01)
[3]Early diagnosis for colorectal cancer in China[J]. Ya-Li Zhang Zhen-Su Zhang Ba-Ping Wu Dian-Yuan Zhou PLA Institute for Digestive Diseases,Nanfang Hospital,The First Medical University of PLA,Guangzhou 510515,Guangdong Province,China. World Journal of Gastroenterology. 2002(01)
本文編號(hào)：3251992
【文章來源】：浙江大學(xué)浙江省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校
【文章頁數(shù)】：164 頁
【學(xué)位級(jí)別】：博士
【部分圖文】：
外顯子讀段和跨外顯子讀段
圖４．１是ＴＳＶｄｂ的主界面，主界面的頂端是６個(gè)按鈕組成的導(dǎo)航欄。導(dǎo)航欄中??的“Ｔｕｔｏｒｉａｌ”和“Ｒｅｎｅｗ”按鈕分別是工具說明頁面和頁面刷新的鏈接。在“Ｔｕｔｏｒｉａｌ”和??“Ｒｅｎｅｗ“之間從左到右４個(gè)按鈕分別顯示當(dāng)前選擇的腫瘤類別、基因名、可變剪接??數(shù)據(jù)類型和臨床參數(shù)，可以通過單擊它們重設(shè)相關(guān)參數(shù)。??導(dǎo)航欄的下方是圖例，圖例分為兩部分，圖例的左半部分是ＲＮＡ測序結(jié)果數(shù)??據(jù)和轉(zhuǎn)錄本結(jié)構(gòu)注釋，圖例右半部分用于注釋圖例下方的臨床數(shù)據(jù)。??在圖例下方是臨床分組信息，用不同的顏色來區(qū)分各組。例圖中臨床參數(shù)為腫??瘤類型，分為正常組織、原發(fā)腫瘤組織、復(fù)發(fā)腫瘤組織和轉(zhuǎn)移組織４組。通過鼠標(biāo)??懸停在特定的臨床分組色塊上方，會(huì)出現(xiàn)輔助線幫助用戶判斷對(duì)應(yīng)下方樣本的臨??床分組。??１１??
■?■■??圖４．２外顯子利用率歸一化和降嗓??使用ＲＡＣ１基因在結(jié)腸腺癌中作為例子（圖４．２）。臨床分組注釋中藍(lán)色和橙色??分別代表正常和腫瘤組織。在圖Ａ中可以看到，在對(duì)基因表達(dá)量進(jìn)行矯正之前，??可變外顯子（倒數(shù)第四行）的表達(dá)量和兄４Ｃ７基因表達(dá)量相關(guān)。通過矯正表達(dá)量的??影響，圖Ｂ中／？＾Ｃ７可變外顯子利用率不受基因表達(dá)量影響。由于顯示外顯子利??用率折線圖的行高一定，極端值會(huì)影響顯示比例，使正常數(shù)值在折線圖中顯示高度??過低從而難以分辨組間差異。最后一步降噪后兄４Ｃ７外顯子利用率變得平滑（圖??Ｃ），更有利于顯示Ｚ＾ＣＶ可變外顯子利用率在胂瘤和正常組織間的差異。??１４??
【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]中國居民2015年惡性腫瘤死亡率流行病學(xué)特征分析[J]. 蘭藍(lán),趙飛,蔡玥,武瑞仙,孟群. 中華流行病學(xué)雜志. 2018 (01)
[2]Current practices and guidelines for clinical next-generation sequencing oncology testing[J]. Samuel P.Strom. Cancer Biology & Medicine. 2016(01)
[3]Early diagnosis for colorectal cancer in China[J]. Ya-Li Zhang Zhen-Su Zhang Ba-Ping Wu Dian-Yuan Zhou PLA Institute for Digestive Diseases,Nanfang Hospital,The First Medical University of PLA,Guangzhou 510515,Guangdong Province,China. World Journal of Gastroenterology. 2002(01)
本文編號(hào)：3251992
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