胃癌是世界范圍內(nèi)發(fā)病率和致死率最高的癌癥之一,近半數(shù)的胃癌發(fā)生于東亞地區(qū),尤其是中國、韓國、日本及蒙古國。根據(jù)全國腫瘤登記中心（National Central Cancer Registry,NCCR）2018年的最新統(tǒng)計數(shù)據(jù)顯示,胃癌已高居我國所有癌癥中發(fā)病和死亡率第三位。尤其在中國的西北地區(qū),胃癌的發(fā)病率已超過肺癌高居第一,死亡率也與肺癌基本持平。國內(nèi)外已投入大量的人力、物力和財力進行研究,雖然在臨床診斷、治療及預(yù)防等方面已經(jīng)有所進展,但現(xiàn)階段胃癌早期干預(yù)的高質(zhì)量方法不多,并且晚期診療的成本效益比不高。胃癌不僅給患者帶來了巨大的傷痛,也給醫(yī)療系統(tǒng)帶來了沉重的負擔。因此,全面掌握胃癌的調(diào)控機制,對胃癌診治有著極為重要的意義。長鏈非編碼RNA（long non-coding RNA,lncRNA）是一類長度大于200個核苷酸（nt）,并且缺少蛋白質(zhì)編碼能力的RNA序列。lncRNA的調(diào)控功能極其復(fù)雜,可以通過與多種生物分子相互作用,參與表觀遺傳修飾、轉(zhuǎn)錄調(diào)控、RNA編輯以及蛋白翻譯調(diào)控等。lncRNA在腫瘤的增殖、轉(zhuǎn)移等生命活動中發(fā)揮著關(guān)鍵的調(diào)控作用,能夠敏感地參與腫瘤發(fā)生發(fā)展的各個... 

【文章來源】：吉林大學(xué)吉林省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：104 頁

【學(xué)位級別】：博士

【文章目錄】：
摘要
abstract
第一章 緒論
    1.1 研究的目的及意義
    1.2 本文研究內(nèi)容
        1.2.1 胃癌ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建及功能挖掘
        1.2.2 LINC00941 在胃癌中的功能預(yù)測及實驗驗證
    1.3 本文的結(jié)構(gòu)
第二章 生物數(shù)據(jù)來源及相關(guān)方法介紹
    2.1 本文相關(guān)生物數(shù)據(jù)庫
        2.1.1 TCGA數(shù)據(jù)庫
        2.1.2 GENCODE數(shù)據(jù)庫
        2.1.3 miRBase數(shù)據(jù)庫
        2.1.4 GO數(shù)據(jù)庫
        2.1.5 KEGG數(shù)據(jù)庫
        2.1.6 miRNA靶基因預(yù)測數(shù)據(jù)庫
    2.2 本文主要使用的計算方法介紹
        2.2.1 差異表達基因統(tǒng)計檢驗方法
        2.2.2 相關(guān)性系數(shù)計算方法
        2.2.3 生存分析
        2.2.4 基因功能富集分析算法
        2.2.5 介數(shù)中心性計算
    2.3 本文主要使用的生物實驗方法介紹
        2.3.1 qRT-PCR和 Western blot實驗
        2.3.2 CCK-8 和平板克隆實驗
        2.3.3 細胞遷移和侵襲實驗
        2.3.4 裸鼠成瘤實驗
第三章 胃癌ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建及功能挖掘
    3.1 研究背景
    3.2 研究方法
        3.2.1 胃癌數(shù)據(jù)的來源及處理流程
        3.2.2 識別胃癌中差異表達的lncRNA、mi RNA和 m RNA
        3.2.3 miRNA靶基因的預(yù)測
        3.2.4 識別潛在的ceRNA triple
        3.2.5 胃癌ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的建立及網(wǎng)絡(luò)拓撲分析
        3.2.6 胃癌ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的基因功能富集分析
        3.2.7 胃癌組織樣本及胃癌細胞的獲取
        3.2.8 RNA提取及qRT-PCR檢測基因表達水平
        3.2.9 設(shè)計siRNA對基因進行干擾
        3.2.10 CCK-8 和平板克隆實驗
    3.3 研究結(jié)果
        3.3.1 挖掘胃癌中顯著差異表達的lncRNA、mi RNA和 m RNA
        3.3.2 胃癌ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建及功能分析
        3.3.3 胃癌ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的拓撲分析
        3.3.4 基于核心lncRNA的 ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建及功能富集分析
        3.3.5 生物實驗驗證DLEU2和DDX11-AS1 在胃癌中的調(diào)控功能
    3.4 本章小結(jié)
第四章 LINC00941 在胃癌中的功能預(yù)測及實驗驗證
    4.1 研究背景
    4.2 研究方法
        4.2.1 胃癌數(shù)據(jù)的來源及處理流程
        4.2.2 挖掘癌癥、轉(zhuǎn)移、生存顯著相關(guān)的lncRNA
        4.2.3 基于lncRNA基因共表達網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建及功能富集分析
        4.2.4 細胞的培養(yǎng)、提取及qRT-PCR
        4.2.5 細胞轉(zhuǎn)染
        4.2.6 CCK-8、平板克隆、細胞遷移和侵襲實驗
        4.2.7 蛋白質(zhì)提取和蛋白質(zhì)印跡法實驗
        4.2.8 裸鼠成瘤實驗
    4.3 研究結(jié)果
        4.3.1 LINC00941 是潛在的胃癌診斷和預(yù)后標志物
        4.3.2 基于LINC00941 表達的胃癌患者臨床病理特征分析
        4.3.3 LINC00941 共表達網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建和功能分析
        4.3.4 生物實驗驗證LINC00941 在胃癌中的調(diào)控功能
    4.4 本章小結(jié)
第五章 總結(jié)與展望
    5.1 全文工作總結(jié)
    5.2 本文的創(chuàng)新點
    5.3 未來工作展望
參考文獻
作者簡介及在學(xué)期間所取得的科研成果
    1.作者簡介
    2.攻讀博士學(xué)位期間發(fā)表的學(xué)術(shù)論文
        2.1 本文相關(guān)學(xué)術(shù)論文
        2.2 其他學(xué)術(shù)論文
    3.攻讀博士學(xué)位期間參與的科研項目
致謝



本文編號：3169169