第一部分 基于早期肝癌組織樣品高通量測序篩選MVI相關(guān)基因研究目的:微血管侵犯（MVI）是導(dǎo)致肝細(xì)胞癌（HCC）肝切除術(shù)后腫瘤早期復(fù)發(fā)的重要危險(xiǎn)因素,與病人預(yù)后密切相關(guān)。既往的研究結(jié)果表明多種信號通路可能參與了肝細(xì)胞癌的MVI進(jìn)程,但關(guān)注點(diǎn)大多是在基因的表達(dá)水平,且難以在術(shù)前獲得。本研究中我們通過高通量測序技術(shù),檢測基因組DNA中MVI相關(guān)的突變特征,評估基因組DNA變異對MVI的影響。研究方法:研究共收集東方肝膽外科醫(yī)院2013年6月至2014年12月間行肝切除治療的180例早期肝癌病人的組織樣品,通過高通量測序及分析,結(jié)合MutSigCV（Mutation Significance Covariates）方法篩選 MVI 相關(guān)的驅(qū)動基因。采用 GO（Gene Ontology）、KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）和 Reactome 數(shù)據(jù)庫對驅(qū)動基因進(jìn)行通路富集分析。結(jié)果:通過對16例早期肝癌病人的全外顯子測序（WES）數(shù)據(jù)的分析,得到133個(gè)MVI組相關(guān)的驅(qū)動基因,34個(gè)非MVI組相關(guān)的驅(qū)動基因,通路富集分析表明,細(xì)胞外基質(zhì)... 

【文章來源】：中國人民解放軍海軍軍醫(yī)大學(xué)上海市 211工程院校

【文章頁數(shù)】：101 頁

【學(xué)位級別】：博士

【部分圖文】：

圖２．測序數(shù)據(jù)生物信息學(xué)基本分析流程??３、體細(xì)胞變異的檢測??利用ＶａｒＳｃａｎ?ｖ２軟件［４Ｇ］對比分析腫瘤組織與腫瘤旁組織ＤＮＡ的測序數(shù)據(jù)進(jìn)行??

所有樣品經(jīng)過與人類參考基因組的比對，識別得到３７５２８和４４１０個(gè)ＲｅｃｏｄｅＳＮＰ??和ＩｎＤｅｈ經(jīng)過腫瘤與腫瘤旁數(shù)據(jù)的比對，每個(gè)病人平均識別得到１４８和７５個(gè)Ｓｏｍａｔｉｃ??ＳＮＰ和ＩｎＤｅｌ。圖３所示分別是ＭＶＩ組（圖３Ａ）和非ＭＶＩ組（圖３Ｂ）在夕卜顯子區(qū)??體細(xì)胞突變的分布情況。??圖３．肝癌病人全外顯子測序突變分布圖譜??Ａ．ＭＶＩ組的肝癌病人全外顯子測序突變圖譜；Ｂ．非ＭＶＩ組的肝癌病人全外顯子測序突變圖譜。??外圈為檢測到的體細(xì)胞單核苷酸變異（ＳＮＶ），內(nèi)圈為插入／缺失變異（ＩｎＤｅｌ）。??為了找出在肝細(xì)胞癌ＭＶＩ發(fā)生發(fā)展中起到關(guān)鍵作用的基因，我們運(yùn)用ＭｕｔＳｉｇＣＶ??方法，對ＭＶＩ組和非ＭＶＩ組的Ｒｅｃｏｄｅ突變位點(diǎn)分別進(jìn)行驅(qū)動基因分析。以ＦＤＲ值??＜０．０１為閾值篩選標(biāo)準(zhǔn)，ＭＶＩ組得到１３３個(gè)驅(qū)動基因，非ＭＶＩ組得到３４個(gè)驅(qū)動基因??（表４）。利用ＧＯ和ＫＥＧＧ數(shù)據(jù)庫，我們對得到的兩組驅(qū)動基因進(jìn)行通路富集分析，??結(jié)果表明，無論ＧＯ或ＫＥＧＧ分析，ＭＶＩ組皆富集到細(xì)胞外基質(zhì)（Ｅｘｔｒａｃｅｌｌｕｌａｒ?ｍａｔｒｉｘ，??ＥＣＭ）信號通路（圖４）。圖５展示了富集在ＥＣＭ通路中的主要驅(qū)動基因。??－２１?－??

圖４．基于全外顯子測序驅(qū)動基因的通路富集分析??Ａ．ＭＶＩ組驅(qū)動基因的通路富集分析；Ｂ．非ＭＶＩ組驅(qū)動基因的通路富集分析??ＥＣＭ?Ｉｎｔｅｒｇｉｎ?ＥＣＭ?Ｉｎｔｅｒｇｉｎ?ＥＣＭ?Ｉｎｔｅｒｇｉｎ?ＣＣＭ?Ｐｒｏｔｅｏｇｌｙｃａｎ??ＶＬＡ－ｐｃｏａｅｍｓ?ＶＩ＿Ａ－ｐｃｏ？ｕｔｓ?Ｃｙｔｏａｄｈｅａｎ??，．］、?《＊？＞＇、??ｍｍｍ?—?Ｌ?術(shù)?，一Ｌｉ?ｍｉ?－?％??一一＿?ＩＴＵＡＶ??？２?ｍｍ??－?Ｉ??ｔＨＡ？ＦＮ１?ｊ＊－??…，?￣■—＊—?ｒｏｗ?ｒ?？；ｎｎ??一?＾！?－ｋＬＬ?，??ｒ＾Ｔ￣?ｃｏｍ?Ｇｌｙｃｏｐｒｏｔｅｉｎ??■■ｉ?■■■－??ＰＮｌ?＼??ｃｏｎａｈｎｕｔａｏｄ??ｖｎ，?Ｉ?Ｉ?〒??ｗｐｊ?＿＿??


本文編號：3112275