代謝組學與DNA甲基化用于結直腸腫瘤預警與早期診斷的研究
發(fā)布時間:2021-03-28 14:28
研究背景與研究目的:1.家族性腺瘤性息肉。╢amilial adenomatous polyposis,FAP)是一種由 APC 基因突變引起的常染色體顯性遺傳性腸道息肉綜合征,約占結直腸癌(Colorectal Cancer,CRC)的1%。近年來對CRC發(fā)病分子機制的研究越來越多,然而CRC的發(fā)展可能涉及的代謝途徑和改變尚不清楚。通過色譜質譜聯(lián)用技術進行家族性腺瘤性息肉病的血清代謝組學研究,尋找家族性腺瘤性息肉病與正常對照組血清代謝譜的差異,進而明確APC基因突變可能導致的代謝組學的改變,探究遺傳性結直腸癌發(fā)生的預警指標。2.“息肉-腺瘤-癌”的發(fā)展途徑是目前國際上公認的結直腸癌的發(fā)展模式。提高腺瘤檢出率可以顯著減少結腸鏡檢查后CRC(post-colonoscopy CRC)的發(fā)生,并進行有效干預,可顯著降低結直腸癌的患病率和死亡率,提高患者生存率。因此結直腸腫瘤的預防策略應從癌癥轉移到癌前病變,進展期腺瘤在未來的結直腸癌篩查方案中將發(fā)揮更重要的作用。然而早期檢出癌前病變、早期CRC是迄今為止仍然面臨的一個重要挑戰(zhàn)。大量細胞可以從惡性結直腸腫瘤中的結腸上皮脫落,因此通過分析糞便...
【文章來源】:中國人民解放軍醫(yī)學院北京市
【文章頁數(shù)】:91 頁
【學位級別】:博士
【部分圖文】:
圖2代謝物定量分析積分校正圖??
以用作工件識別的工藝空白。另外通過對不同質控樣本的總離子流圖(TIC)進行重??疊顯示分析,可以進行技術的可重復性的判斷。此過程中只有保證儀器的高穩(wěn)定性,??才會為數(shù)據(jù)的可重復性和可靠性提供重要保證。圖3結果顯示曲線重疊性高,即不同??時間對同一樣品進行檢測時,信號穩(wěn)定性較好。??I?丨|?’?a?I?!?!?It);.??:?^?I?ii?[?J??e?t?'?,!?|1?:||?I?,?t?,?|.u??I?j?][??丨?JkJujJdtJ,?1一—dk?—??圖3?QC樣本質譜檢測TIC重疊圖??2.6統(tǒng)計數(shù)據(jù)分析??代謝組學數(shù)據(jù)結果分析結合了單變量統(tǒng)計分析和多元統(tǒng)計分析方法進行多角度??分析來挖掘差異代謝物。其中單變量統(tǒng)計分析方法包括了參數(shù)檢驗和非參數(shù)檢驗,如??ANOVA?(Analysis?of?Variance,方差分析)和?T-test?(Student’s?t?test,學生?t?檢驗);??多元統(tǒng)計分析方法包括主成分分析、偏最小二乘法判別分析等。通過R統(tǒng)計函數(shù)??prcomp進行非監(jiān)督聚類分析。樣品和代謝物的層次聚類分析(HCA)結果為帶樹狀??圖的熱圖,而樣品之間的?Pearson?相關系數(shù)(Pearson-Correlation?Coefficients,PCC)??僅作為熱圖呈現(xiàn)。HCA和PCC均由R包熱圖執(zhí)行。根據(jù)OPLS-DA分析的結果,基??16??
圖5樣品總體聚類圖??2.10重復相關性評估??
【參考文獻】:
期刊論文
[1]Gut microbiota imbalance and colorectal cancer[J]. Johan Gagnière,Jennifer Raisch,Julie Veziant,Nicolas Barnich,Richard Bonnet,Emmanuel Buc,Marie-Agnès Bringer,Denis Pezet,Mathilde Bonnet. World Journal of Gastroenterology. 2016(02)
[2]Accuracy of early detection of colorectal tumours by stool methylation markers:A meta-analysis[J]. Hu Zhang,Jian Qi,Ya-Qiong Wu,Ping Zhang,Jun Jiang,Qi-Xian Wang,You-Qing Zhu. World Journal of Gastroenterology. 2014(38)
[3]NOK/STYK1單克隆抗體的制備及應用[J]. 張國芳,王銀銀,常智杰. 陜西師范大學學報(自然科學版). 2014(03)
[4]糞便脫落細胞及其標志物檢測篩查大腸癌的研究現(xiàn)狀[J]. 孟明明,李世榮. 胃腸病學和肝病學雜志. 2010(07)
[5]Hypermethylated SFRP2 gene in fecal DNA is a high potential biomarker for colorectal cancer noninvasive screening[J]. Dao-Rong Wang,Dong Tang,Department of General Surgery,The First Affi liated Hospital of Yangzhou University,Yangzhou 225001,Jiangsu Province,China. World Journal of Gastroenterology. 2008(04)
本文編號:3105719
【文章來源】:中國人民解放軍醫(yī)學院北京市
【文章頁數(shù)】:91 頁
【學位級別】:博士
【部分圖文】:
圖2代謝物定量分析積分校正圖??
以用作工件識別的工藝空白。另外通過對不同質控樣本的總離子流圖(TIC)進行重??疊顯示分析,可以進行技術的可重復性的判斷。此過程中只有保證儀器的高穩(wěn)定性,??才會為數(shù)據(jù)的可重復性和可靠性提供重要保證。圖3結果顯示曲線重疊性高,即不同??時間對同一樣品進行檢測時,信號穩(wěn)定性較好。??I?丨|?’?a?I?!?!?It);.??:?^?I?ii?[?J??e?t?'?,!?|1?:||?I?,?t?,?|.u??I?j?][??丨?JkJujJdtJ,?1一—dk?—??圖3?QC樣本質譜檢測TIC重疊圖??2.6統(tǒng)計數(shù)據(jù)分析??代謝組學數(shù)據(jù)結果分析結合了單變量統(tǒng)計分析和多元統(tǒng)計分析方法進行多角度??分析來挖掘差異代謝物。其中單變量統(tǒng)計分析方法包括了參數(shù)檢驗和非參數(shù)檢驗,如??ANOVA?(Analysis?of?Variance,方差分析)和?T-test?(Student’s?t?test,學生?t?檢驗);??多元統(tǒng)計分析方法包括主成分分析、偏最小二乘法判別分析等。通過R統(tǒng)計函數(shù)??prcomp進行非監(jiān)督聚類分析。樣品和代謝物的層次聚類分析(HCA)結果為帶樹狀??圖的熱圖,而樣品之間的?Pearson?相關系數(shù)(Pearson-Correlation?Coefficients,PCC)??僅作為熱圖呈現(xiàn)。HCA和PCC均由R包熱圖執(zhí)行。根據(jù)OPLS-DA分析的結果,基??16??
圖5樣品總體聚類圖??2.10重復相關性評估??
【參考文獻】:
期刊論文
[1]Gut microbiota imbalance and colorectal cancer[J]. Johan Gagnière,Jennifer Raisch,Julie Veziant,Nicolas Barnich,Richard Bonnet,Emmanuel Buc,Marie-Agnès Bringer,Denis Pezet,Mathilde Bonnet. World Journal of Gastroenterology. 2016(02)
[2]Accuracy of early detection of colorectal tumours by stool methylation markers:A meta-analysis[J]. Hu Zhang,Jian Qi,Ya-Qiong Wu,Ping Zhang,Jun Jiang,Qi-Xian Wang,You-Qing Zhu. World Journal of Gastroenterology. 2014(38)
[3]NOK/STYK1單克隆抗體的制備及應用[J]. 張國芳,王銀銀,常智杰. 陜西師范大學學報(自然科學版). 2014(03)
[4]糞便脫落細胞及其標志物檢測篩查大腸癌的研究現(xiàn)狀[J]. 孟明明,李世榮. 胃腸病學和肝病學雜志. 2010(07)
[5]Hypermethylated SFRP2 gene in fecal DNA is a high potential biomarker for colorectal cancer noninvasive screening[J]. Dao-Rong Wang,Dong Tang,Department of General Surgery,The First Affi liated Hospital of Yangzhou University,Yangzhou 225001,Jiangsu Province,China. World Journal of Gastroenterology. 2008(04)
本文編號:3105719
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