目的:篩選鑒定結(jié)直腸癌（Colorectal cancer,CRC）干細(xì)胞特性相關(guān)基因,并探討篩選出的干性相關(guān)基因lncRNA-cCSC1對結(jié)直腸癌干細(xì)胞特性的生物學(xué)行為影響及其作用機制。方法:1)在TCGA（https://cancergenome.nih.gov/）下載結(jié)直腸癌stem-like和non stem-like組織亞型的RNA-Seq預(yù)處理數(shù)據(jù)并通過TCGA標(biāo)識碼相互匹配。采用Limma算法對數(shù)據(jù)進行差異表達(dá)分析,挑選出其中差異表達(dá)的lncRNA并進行聚類分析。選取其中表達(dá)量最高的10個lncRNA與22個經(jīng)典干性標(biāo)志物進行相關(guān)性矩陣分析篩選出相關(guān)性最高的關(guān)鍵lncRNA并根據(jù)lncRNA相關(guān)命名規(guī)則將其命名為lncRNA-cCSC1。通過相關(guān)數(shù)據(jù)庫明確lncRNA-cCSC1的染色體位置,并驗證其序列全長及細(xì)胞定位。相關(guān)軟件預(yù)測分析其蛋白編碼能力,判定是否具備lncRNA的特征。2)QRT-PCR檢測lncRNA-cCSC1在結(jié)直腸癌組織及癌旁正常組織中的表達(dá)情況,并結(jié)合臨床病理資料分析lncRNA-cCSC1的表達(dá)與臨床病理特征和總體預(yù)后的關(guān)系。用QRT-PCR繼續(xù)... 

【文章來源】：重慶醫(yī)科大學(xué)重慶市

【文章頁數(shù)】：137 頁

【學(xué)位級別】：博士

【部分圖文】：

差異表達(dá)基因的篩選Figure1.1Screeningofdifferentlyexpressedgenes通過Limma篩選差異表達(dá)基因結(jié)果的火山圖

重慶醫(yī)科大學(xué)博士研究生學(xué)位論文37圖1.2差異表達(dá)基因的聚類分析Figure1.2TheclusteranalysisofDEGs熱圖展示差異表達(dá)基因。橫軸色條顯示樣本的聚類信息。左側(cè)縱軸樹狀條顯示差異基因的聚類情況，紅色為高表達(dá)基因，綠色為低表達(dá)基因。Heatmapshowdifferentiallyexpressedgenes.Thehorizontalcolorbardisplaystheclusteringinformationofsamples.Theleftverticalaxistreeshowstheclusteringofdifferentiallyexpressedgenes,withhighexpressiongenesinredandlowexpressiongenesingreen.3.3差異表達(dá)基因的相關(guān)性矩陣分析通過聚類分析挑選出的10個差異表達(dá)最高的lncRNA，結(jié)合相關(guān)文獻查閱總結(jié)出22個干性相關(guān)標(biāo)志物，在R軟件中將兩者相結(jié)合并進行相關(guān)性計算后，從中挑選出和干性標(biāo)志物關(guān)聯(lián)性最大的lncRNA。并且根據(jù)圖中所示，此lncRNA與其

重慶醫(yī)科大學(xué)博士研究生學(xué)位論文38中幾種干性標(biāo)志物關(guān)聯(lián)性最大，分別為：PROM1(CD133)、CD44、NANOG、SOX2、CXCR4（圖1.3）。按照HUGOGeneNomenclatureCommittee（HGNC）的命名規(guī)則，我們將挑選出的這個lncRNA命名為lncRNA-cCSC1。圖1.3差異表達(dá)基因的相關(guān)性矩陣Figure1.3ThecorrelationmatrixofDEGs篩選出10個差異表達(dá)最高的lncRNA和22個干性標(biāo)志物進行相關(guān)性計算，橫軸刻度顏色藍(lán)色表示正相關(guān)，紅色表示負(fù)相關(guān)。10lncrnaswiththehighestdifferentialexpressionand22stemnessmarkerswerescreenedforcorrelationcalculation.Thehorizontalaxisscalecolorblueindicatedpositivecorrelationandredindicatednegativecorrelation.3.4差異表達(dá)基因在數(shù)據(jù)庫中的注釋將篩選出的差異基因lncRNA-cCSC1序列輸入到ensmble數(shù)據(jù)庫中進行比對，明確其基因的基因注釋、全長序列、位于染色體的位置、內(nèi)含子和外顯子數(shù)量以及轉(zhuǎn)錄本信息（圖1.4）。

【參考文獻】：
期刊論文
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本文編號：3093667