基于生物信息學(xué)和分子對(duì)接技術(shù)所篩選出的ENMD-2076藥物對(duì)膠質(zhì)母細(xì)胞瘤的治療效果及其機(jī)制的研究
發(fā)布時(shí)間：2020-12-13 17:44
腦膠質(zhì)瘤（glioma）是成人中樞神經(jīng)系統(tǒng)最常見(jiàn)的原發(fā)惡性顱內(nèi)腫瘤之一,占到了腦部腫瘤的30%40%,具有極高的侵襲浸潤(rùn)性,因此世界衛(wèi)生組織將大部分膠質(zhì)瘤級(jí)別定位為IIIIV級(jí)惡性腫瘤,其兇險(xiǎn)程度極高。盡管其治療已經(jīng)從單一的手術(shù)治療發(fā)展為手術(shù)、放療及化療的綜合治療,但是其患者的預(yù)后依然不令人滿意。近年來(lái)生物信息學(xué)技術(shù)的發(fā)展使我們能夠在分子以及基因水平上認(rèn)識(shí)膠質(zhì)母細(xì)胞瘤的發(fā)生、發(fā)展及轉(zhuǎn)移,生物信息學(xué)研究幫助研究者以系統(tǒng)、準(zhǔn)確、有效的方式揭示了膠質(zhì)母細(xì)胞瘤的治療性分子靶點(diǎn),闡明了腫瘤發(fā)生發(fā)展及轉(zhuǎn)移的理論基礎(chǔ),這使得研究膠質(zhì)母細(xì)胞瘤的遺傳改變和分子機(jī)制成為了可能。在生物信息學(xué)分析的輔助下,研究人員可以探索核心驅(qū)動(dòng)基因誘發(fā)膠質(zhì)母細(xì)胞瘤的分子機(jī)制,并從疾病相關(guān)基因簇中發(fā)掘新型的診斷性生物標(biāo)記或治療靶點(diǎn)。基因本體論（GO）分析是一種研究基因的生物過(guò)程、分子功能和細(xì)胞成分的方法,通過(guò)GO富集分析可以明確膠質(zhì)母細(xì)胞瘤中異常表達(dá)和調(diào)節(jié)的生物學(xué)功能、細(xì)胞信號(hào)通路以及細(xì)胞定位。另外,京都基因與基因組百科全書(shū)（KEGG）為生物學(xué)細(xì)胞信號(hào)通路提供分析,能夠幫助我們找到...
【文章來(lái)源】：吉林大學(xué)吉林省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校
【文章頁(yè)數(shù)】：107 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】：博士
【部分圖文】：
PI3K、AURKA信號(hào)通路圖解
GSE42656數(shù)據(jù)集檢測(cè)出總共1744個(gè)差異表達(dá)基因,其中699個(gè)基因上調(diào),1045個(gè)基因下調(diào);GSE50161數(shù)據(jù)集中共檢測(cè)418個(gè)差異表達(dá)基因,其中103個(gè)基因上調(diào),315個(gè)基因下調(diào);GSE86574數(shù)據(jù)集共檢測(cè)出1088個(gè)差異表達(dá)基因,其中307個(gè)基因上調(diào),781個(gè)基因下調(diào)。我們通過(guò)韋恩圖分析,共鑒別出162個(gè)相互作用的差異表達(dá)基因,由48個(gè)上調(diào)基因和115個(gè)下調(diào)基因組成。韋恩圖分析見(jiàn)(圖2.1)。2.3.2 差異表達(dá)基因的功能和通路富集分析
分別將三個(gè)微陣列芯片數(shù)據(jù)中相互作用的共同上調(diào)或下調(diào)的基因?qū)隓AVID數(shù)據(jù)庫(kù)以獲得GO,KEGG和GSEA分析的結(jié)果。在膠質(zhì)瘤中有多種細(xì)胞功能和信號(hào)通路受到了影響,GO分析結(jié)果(表2.1、圖2.2)表明,共同上調(diào)的差異表達(dá)基因主要富集于神經(jīng)元細(xì)胞有絲分裂的核分裂、細(xì)胞分裂以及有絲分裂細(xì)胞周期的過(guò)渡等生物過(guò)程;參與蛋白質(zhì)結(jié)合、三磷酸腺苷結(jié)合和微管運(yùn)動(dòng)等分子功能;在主軸、微管和染色體著絲粒區(qū)域發(fā)揮作用。對(duì)共同下調(diào)的差異表達(dá)基因,GO分析結(jié)果主要富集在細(xì)胞功能的改變上,比如化學(xué)突觸傳遞、神經(jīng)遞質(zhì)分泌以及神經(jīng)遞質(zhì)傳遞的改變等。此外,根據(jù)KEGG分析結(jié)果,上調(diào)基因主要促進(jìn)卵母細(xì)胞減數(shù)分裂、細(xì)胞周期、p53信號(hào)通路、黃體酮介導(dǎo)卵母細(xì)胞成熟、病毒致癌作用等信號(hào)通路的功能。同時(shí),GSEA的分析結(jié)果(圖2.3)表明,細(xì)胞周期和卵母細(xì)胞減數(shù)分裂兩個(gè)信號(hào)通路發(fā)生了顯著上調(diào),這兩個(gè)顯著改變的細(xì)胞信號(hào)通路對(duì)膠質(zhì)瘤的發(fā)生發(fā)展產(chǎn)生重要影響。
【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]Effect of NDC80 in human hepatocellular carcinoma[J]. Lin-Ling Ju,Lin Chen,Jun-Hong Li,Yi-Fan Wang,Ru-Jian Lu,Zhao-Lian Bian,Jian-Guo Shao. World Journal of Gastroenterology. 2017(20)
本文編號(hào)：2914926
【文章來(lái)源】：吉林大學(xué)吉林省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校
【文章頁(yè)數(shù)】：107 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】：博士
【部分圖文】：
PI3K、AURKA信號(hào)通路圖解
GSE42656數(shù)據(jù)集檢測(cè)出總共1744個(gè)差異表達(dá)基因,其中699個(gè)基因上調(diào),1045個(gè)基因下調(diào);GSE50161數(shù)據(jù)集中共檢測(cè)418個(gè)差異表達(dá)基因,其中103個(gè)基因上調(diào),315個(gè)基因下調(diào);GSE86574數(shù)據(jù)集共檢測(cè)出1088個(gè)差異表達(dá)基因,其中307個(gè)基因上調(diào),781個(gè)基因下調(diào)。我們通過(guò)韋恩圖分析,共鑒別出162個(gè)相互作用的差異表達(dá)基因,由48個(gè)上調(diào)基因和115個(gè)下調(diào)基因組成。韋恩圖分析見(jiàn)(圖2.1)。2.3.2 差異表達(dá)基因的功能和通路富集分析
分別將三個(gè)微陣列芯片數(shù)據(jù)中相互作用的共同上調(diào)或下調(diào)的基因?qū)隓AVID數(shù)據(jù)庫(kù)以獲得GO,KEGG和GSEA分析的結(jié)果。在膠質(zhì)瘤中有多種細(xì)胞功能和信號(hào)通路受到了影響,GO分析結(jié)果(表2.1、圖2.2)表明,共同上調(diào)的差異表達(dá)基因主要富集于神經(jīng)元細(xì)胞有絲分裂的核分裂、細(xì)胞分裂以及有絲分裂細(xì)胞周期的過(guò)渡等生物過(guò)程;參與蛋白質(zhì)結(jié)合、三磷酸腺苷結(jié)合和微管運(yùn)動(dòng)等分子功能;在主軸、微管和染色體著絲粒區(qū)域發(fā)揮作用。對(duì)共同下調(diào)的差異表達(dá)基因,GO分析結(jié)果主要富集在細(xì)胞功能的改變上,比如化學(xué)突觸傳遞、神經(jīng)遞質(zhì)分泌以及神經(jīng)遞質(zhì)傳遞的改變等。此外,根據(jù)KEGG分析結(jié)果,上調(diào)基因主要促進(jìn)卵母細(xì)胞減數(shù)分裂、細(xì)胞周期、p53信號(hào)通路、黃體酮介導(dǎo)卵母細(xì)胞成熟、病毒致癌作用等信號(hào)通路的功能。同時(shí),GSEA的分析結(jié)果(圖2.3)表明,細(xì)胞周期和卵母細(xì)胞減數(shù)分裂兩個(gè)信號(hào)通路發(fā)生了顯著上調(diào),這兩個(gè)顯著改變的細(xì)胞信號(hào)通路對(duì)膠質(zhì)瘤的發(fā)生發(fā)展產(chǎn)生重要影響。
【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]Effect of NDC80 in human hepatocellular carcinoma[J]. Lin-Ling Ju,Lin Chen,Jun-Hong Li,Yi-Fan Wang,Ru-Jian Lu,Zhao-Lian Bian,Jian-Guo Shao. World Journal of Gastroenterology. 2017(20)
本文編號(hào)：2914926
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