本文關(guān)鍵詞：不同STR復(fù)合擴(kuò)增試劑盒檢驗(yàn)結(jié)果一致性的研究以及對(duì)中國(guó)法庭科學(xué)DNA數(shù)據(jù)庫的影響

  更多相關(guān)文章： 復(fù)合擴(kuò)增試劑盒 一致性 DNA數(shù)據(jù)庫 基因座 突變

【摘要】：近幾年,中國(guó)法庭科學(xué)DNA數(shù)據(jù)庫發(fā)展迅速,至2014年12月30日止,數(shù)據(jù)庫總量達(dá)到3400萬,成為世界第一大DNA數(shù)據(jù)庫。建立法庭科學(xué)DNA數(shù)據(jù)庫所用的主要試劑為STR復(fù)合擴(kuò)增試劑盒,初期中國(guó)法庭科學(xué)DNA數(shù)據(jù)庫常用的STR試劑盒為美國(guó)AB公司和Promega公司生產(chǎn)的進(jìn)口試劑盒,但隨著數(shù)據(jù)庫的發(fā)展建設(shè),國(guó)內(nèi)市場(chǎng)上出現(xiàn)了一些商業(yè)化的國(guó)產(chǎn)STR復(fù)合擴(kuò)增試劑盒供選擇使用,如DNA Typer#174;15 Plus、AGCU 17+1和Goldeneye TM 20A。由于不同公司的試劑盒對(duì)同一基因座可能采用的引物不同,或者引物結(jié)合區(qū)域發(fā)生突變,就會(huì)發(fā)現(xiàn)分型結(jié)果不一致的現(xiàn)象。本文旨在對(duì)2203名無關(guān)中國(guó)漢族個(gè)體血樣用國(guó)內(nèi)法庭科學(xué)DNA數(shù)據(jù)庫建庫中常用的商品化試劑盒,包括5種進(jìn)口試劑盒(AB公司的Identifiler TM、Identifiler#174;Direct、Identifiler#174;Plus、Sinofiler和Promega公司的Powerplex#174;16HS)與3種國(guó)產(chǎn)試劑盒(DNA Typer#174;15 Plus、AGCU 17+1和Goldeneye TM 20A)共20個(gè)STR基因座進(jìn)行DNA檢驗(yàn),觀察其分型結(jié)果的一致性。對(duì)統(tǒng)計(jì)到的19個(gè)STR基因座進(jìn)行群體遺傳學(xué)多態(tài)性調(diào)查,為利用中國(guó)DNA數(shù)據(jù)庫進(jìn)行法醫(yī)學(xué)個(gè)體識(shí)別和親權(quán)鑒定計(jì)算提供群體遺傳學(xué)參數(shù);對(duì)其中分型結(jié)果不一致,出現(xiàn)STR分型不同或擴(kuò)增嚴(yán)重不平衡現(xiàn)象的樣本進(jìn)行測(cè)序分析,找出突變點(diǎn),分析不一致的原因。通過一致性檢驗(yàn)來評(píng)估不同STR試劑盒之間由于同一樣本分型結(jié)果不同對(duì)中國(guó)法庭科學(xué)DNA數(shù)據(jù)庫建設(shè)的影響,為規(guī)范DNA數(shù)據(jù)庫的建設(shè)提供思路。結(jié)果:1.2203名中國(guó)漢族無關(guān)個(gè)體的19個(gè)STR基因座分布均符合Hardy-Weinberg平衡(P0.05),具有高度多態(tài)性,其中Penta E基因座多態(tài)性程度最高,19個(gè)基因座遺傳標(biāo)記的雜合度(H)0.570~0.921,個(gè)體識(shí)別率(DP)0.770~0.987,多態(tài)性信息含量(PIC)0.52~0.91,非父排除率(PE)0.257~0.838。累計(jì)個(gè)人識(shí)別率(TDP)達(dá)到1-9.57×10-24;累計(jì)非父排除率(CPE)達(dá)到1-1.20×10-8。2.對(duì)2203個(gè)樣本使用8種不同的試劑盒擴(kuò)增的結(jié)果進(jìn)行比較,發(fā)現(xiàn)每種試劑盒都有不一致性現(xiàn)象,35例樣本檢測(cè)結(jié)果有差異,差異率為1.589%。3.試劑盒兩兩比較中,AGCU 17+1試劑盒和Goldeneye TM 20A試劑盒檢測(cè)結(jié)果差異率最高,為0.999%;Amp Fl STR#174;系列試劑盒相互之間比較、Powerplex#174;16HS和Goldeneye TM 20A試劑盒之間的比較結(jié)果一致性達(dá)100%。4.35例結(jié)果不一致的樣本中有23個(gè)樣本出現(xiàn)等位基因丟失,5個(gè)樣本出現(xiàn)分型結(jié)果不同,7個(gè)樣本出現(xiàn)擴(kuò)增嚴(yán)重不平衡,1個(gè)樣本同時(shí)出現(xiàn)等位基因丟失和擴(kuò)增嚴(yán)重不平衡。進(jìn)行測(cè)序發(fā)現(xiàn),其中5個(gè)分型結(jié)果不相同的樣本在D19S433基因座上出現(xiàn)4個(gè)堿基丟失,3個(gè)擴(kuò)增嚴(yán)重不平衡的樣本未發(fā)現(xiàn)突變點(diǎn),5個(gè)等位基因丟失樣本在CSF1PO基因座上可能存在未測(cè)到的突變點(diǎn),其余22個(gè)樣本均檢測(cè)到有突變點(diǎn)。5.8種不同試劑盒檢測(cè)結(jié)果差異率的置信區(qū)間是[1.11%,2.2%],數(shù)據(jù)庫量達(dá)3400萬條的中國(guó)法庭科學(xué)DNA數(shù)據(jù)庫中最多可能有74.8萬個(gè)樣本出現(xiàn)不一致的情況。6.不同試劑盒兩兩比較時(shí)加權(quán)期望平均差異率是0.5%,僅2014年中國(guó)法庭科學(xué)DNA數(shù)據(jù)庫的誤排除率為0.104%,可能有8120條數(shù)據(jù)遺漏未比中。結(jié)論:1.中國(guó)法庭科學(xué)DNA數(shù)據(jù)庫建庫常用的8種試劑盒中的19個(gè)STR基因座在中國(guó)漢族人群中具有良好的個(gè)體識(shí)別能力,適用于中國(guó)漢族人群法醫(yī)學(xué)個(gè)體識(shí)別和親權(quán)鑒定。2.在數(shù)據(jù)庫建庫中使用國(guó)內(nèi)外5家公司生產(chǎn)的8種試劑盒,出現(xiàn)檢驗(yàn)結(jié)果不一致主要是因?yàn)椴煌镜脑噭┖惺褂貌煌囊�。AB公司使用相同的引物以確保試劑盒之間結(jié)果的一致性;基點(diǎn)認(rèn)知公司Goldeneye TM 20A試劑盒引物可能與Promega公司的Powerplex#174;16HS試劑盒引物相同。引物結(jié)合處的3’端附近存在核苷酸多態(tài)性突變是導(dǎo)致等位基因丟失的主要原因;核心重復(fù)區(qū)外側(cè)翼序列發(fā)生堿基丟失是導(dǎo)致分型結(jié)果不相同的原因;引物結(jié)合部位非3’端發(fā)生序列變異或樣本制備時(shí)模板DNA量低導(dǎo)致擴(kuò)增嚴(yán)重不平衡。3.不同STR復(fù)合擴(kuò)增試劑盒檢驗(yàn)結(jié)果不一致導(dǎo)致錯(cuò)誤排除的概率為0.104%,對(duì)DNA數(shù)據(jù)庫的影響應(yīng)引起大家足夠的重視。建議在實(shí)際建庫中,盡量使用相同引物的STR擴(kuò)增試劑盒建庫,以避免分型結(jié)果不一致;同型比對(duì)采用寬松的比對(duì)原則,盡量避免因等位基因檢驗(yàn)丟失或擴(kuò)增不平衡而導(dǎo)致判型錯(cuò)誤的機(jī)會(huì)。
【學(xué)位授予單位】：福建醫(yī)科大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：博士
【學(xué)位授予年份】：2015
【分類號(hào)】：D919

【參考文獻(xiàn)】

中國(guó)期刊全文數(shù)據(jù)庫 前3條

1 葉健;姜成濤;趙興春;季安全;裴黎;劉開會(huì);;DNATyper~(TM) 15檢驗(yàn)試劑的比較與應(yīng)用[J];警察技術(shù);2012年02期

2 管峰,艾君濤,楊利國(guó);一種SNP檢測(cè)新方法:四引物擴(kuò)增受阻突變體系PCR技術(shù)[J];生命的化學(xué);2004年06期

3 葉健;姜成濤;裴黎;季安全;趙興春;劉冰;;DNATyper~(TM)15基因座的研究與選擇[J];刑事技術(shù);2007年03期

，

本文編號(hào)：1297813