小麥?zhǔn)侨蚣s35%-40%人口的主食,有較高的營(yíng)養(yǎng)價(jià)值,具備獨(dú)特的面筋特性,可制作成多種食品,同時(shí)還是重要的貿(mào)易和國(guó)際援助糧食。隨著耕地面積的逐年減少以及世界人口的快速增長(zhǎng),小麥高產(chǎn)、穩(wěn)產(chǎn)、優(yōu)質(zhì)一直是小麥育種的重要目標(biāo)。本研究更新了小麥90K與660K SNP芯片標(biāo)記的物理位置,并將準(zhǔn)確、可比較的分子標(biāo)記信息應(yīng)用于小麥產(chǎn)量和面團(tuán)流變學(xué)相關(guān)性狀的全基因組關(guān)聯(lián)與連鎖分析,主要結(jié)果如下:1.將小麥90K與660K SNP芯片標(biāo)記的側(cè)翼序列與矮抗58參考基因組進(jìn)行比對(duì),根據(jù)比對(duì)結(jié)果將芯片標(biāo)記分為五類:其中Type_I和Type_II標(biāo)記在矮抗58基因組中有唯一匹配的物理位置,前者比對(duì)后的染色體與原始芯片相同,后者與原始芯片不同,并進(jìn)行了更正;Type_III標(biāo)記在同一染色體上有多個(gè)物理位置;Type_IV標(biāo)記在多條染色體上都有物理位置;Type_V標(biāo)記在矮抗58基因組無(wú)比對(duì)結(jié)果。在小麥660K SNP芯片中,五類標(biāo)記的個(gè)數(shù)及所占的比例分別為65583(92.28%)、10993(1.79%)、1...

【文章頁(yè)數(shù)】：107 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：博士

【文章目錄】：
致謝
摘要
第一章 文獻(xiàn)綜述
    1 分子標(biāo)記
    2 關(guān)聯(lián)分析
        2.1 連鎖不平衡
        2.2 關(guān)聯(lián)分析的研究方法
        2.3 關(guān)聯(lián)分析相關(guān)的軟件包
    3 水稻全基因組關(guān)聯(lián)分析研究進(jìn)展
    4 玉米全基因組關(guān)聯(lián)分析研究進(jìn)展
    5 小麥全基因組關(guān)聯(lián)分析研究進(jìn)展
        5.1 小麥農(nóng)藝性狀全基因組關(guān)聯(lián)分析研究進(jìn)展
        5.2 小麥農(nóng)藝性狀全基因組連鎖分析研究進(jìn)展
        5.3 小麥品質(zhì)性狀研究進(jìn)展
    6 關(guān)聯(lián)分析與連鎖分析的特點(diǎn)
    7 本研究的目的和意義
第二章 基于矮抗58 基因組序列的小麥90K與660K SNP芯片標(biāo)記重定位
    1 材料與方法
        1.1 材料
        1.2 BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)
    2 結(jié)果與分析
        2.1 芯片分類
        2.2 小麥90K與660K SNP芯片在矮抗58 基因組序列的重新融合
        2.3 小麥90K SNP芯片和中國(guó)春1.0 版本參考基因組比對(duì)
        2.4 小麥90K SNP芯片在矮抗58 和中國(guó)春1.0 版本參考基因組位置的比較
    3 討論
第三章 全基因組關(guān)聯(lián)分析揭示黃淮麥區(qū)產(chǎn)量相關(guān)性狀遺傳位點(diǎn)的優(yōu)異等位基因分布
    1 材料與方法
        1.1 材料
        1.2 表型鑒定
        1.3 基因分型與過(guò)濾
        1.4 連鎖不平衡和群體結(jié)構(gòu)分析
        1.5 全基因組關(guān)聯(lián)分析
        1.6 候選SNP位點(diǎn)測(cè)序與分析
        1.7 QTL定位
    2 結(jié)果與分析
        2.1 群體結(jié)構(gòu)與連鎖不平衡分析
        2.2 關(guān)聯(lián)分析顯著性與重復(fù)性SNP
            2.2.1 粒部性狀
            2.2.2 穗部性狀
            2.2.3 株型性狀
        2.3 候選SNP在自然群體的驗(yàn)證
        2.4 黃淮麥區(qū)品種優(yōu)異等位基因的利用
        2.5 優(yōu)異等位基因在不同育種時(shí)期的分布
    3 討論
        3.1 群體結(jié)構(gòu)與連鎖不平衡分析
        3.2 全基因組關(guān)聯(lián)分析與QTL定位
            3.2.1 粒部性狀
            3.2.2 株型性狀
        3.3 優(yōu)異等位基因的聚合育種
第四章 小麥面團(tuán)流變學(xué)特征的全基因組關(guān)聯(lián)與連鎖分析
    1 材料與方法
        1.1 材料
        1.2 表型鑒定
        1.3 基因分型與質(zhì)控
        1.4 群體結(jié)構(gòu)及系統(tǒng)發(fā)育分析
        1.5 全基因組關(guān)聯(lián)分析
        1.6 Glu-D1 等位基因的鑒定
        1.7 QTL定位
        1.8 單倍型及共線性分析
    2 結(jié)果與分析
        2.1 表型鑒定
        2.2 全基因組關(guān)聯(lián)分析
            2.2.1 群體結(jié)構(gòu)
            2.2.2 關(guān)聯(lián)分析結(jié)果概覽
            2.2.3 穩(wěn)定時(shí)間的關(guān)聯(lián)分析
            2.2.4 剩余8 個(gè)品質(zhì)性狀關(guān)聯(lián)分析及一因多效
        2.3 穩(wěn)定時(shí)間的QTL定位
        2.4 單倍型分析
        2.5 共線性分析
    3 討論
第五章 結(jié)論
參考文獻(xiàn)
附錄
ABSTRACT
作者簡(jiǎn)介



本文編號(hào)：3750630