為了了解在三江源區(qū)生態(tài)恢復(fù)過程中的生物的變化,采集用于恢復(fù)三江源地區(qū)黑土灘化草地的牧草培育試驗田土壤與中華皮蠅第三期幼蟲,采用高通量和SMAT測序,結(jié)合生物信息學(xué)分析,觀察了土壤微生物群落結(jié)構(gòu)和幼蟲的基因表達(dá)譜。結(jié)果顯示:1.兩個年度樣本的優(yōu)化序列百分比均值間差異不顯著(P>0.05);2012年的A和B兩個樣本中的細(xì)菌含量比顯著少于其他樣本(P<0.03);兩個年度的試驗田土壤樣本中細(xì)菌含量百分比均值差異不顯著(P>0.05)。2.2013D土壤樣本中有ORF 62724條,占優(yōu)化序列的比例是0.11%。NR庫中可注釋30715條ORF序列;COG/KOG僅注釋684個基因;KEGG則有18164個ORF成功獲得注釋,分布于69個不同生物學(xué)通路中�；蚬δ茏⑨屌cSSUrRNA同源分別鑒定物種,變形菌門、放線菌門、酸桿菌門為最優(yōu)勢菌門。3.中華皮蠅第三期幼蟲基因表達(dá)譜中,NR注釋近緣物種有12種蠅類(家蠅、地中海實蠅、麗蠅和未知種各1個,果蠅種8個)。其中與家蠅共注釋基因量最多(5375)。GO數(shù)據(jù)庫共有4898條ORF獲得注釋。COG/KOG/NOG注釋功能基因是3...

【文章頁數(shù)】：140 頁

【學(xué)位級別】：博士

【文章目錄】：
摘要
abstract
主要英文縮略詞對照表
第1章 前言
    1.1 選題背景及意義
    1.2 文獻(xiàn)綜述
        1.2.1 三江源生態(tài)狀況
        1.2.2 三江源自然保護(hù)區(qū)生態(tài)保護(hù)和建設(shè)
        1.2.3 三江源國家公園
        1.2.4 三江源區(qū)域的生物多樣性
        1.2.5 生物多樣性的研究方法之測序技術(shù)
        1.2.6 宏基因組學(xué)
        1.2.7 中華皮蠅
        1.2.8 全長轉(zhuǎn)錄組
        1.2.9 轉(zhuǎn)錄因子
    1.3 論文工作設(shè)計
        1.3.1 論文內(nèi)容
        1.3.2 研究路線
第2章 實驗材料與方法
    2.1 實驗材料
        2.1.1 試驗樣本
        2.1.2 試驗主要試劑
        2.1.3 試驗主要設(shè)備
    2.2 方法
        2.2.1 土壤細(xì)菌群落多樣性分析方法
        2.2.2 土壤宏基因組文庫測序分析方法
        2.2.3 中華皮蠅三期幼蟲全長轉(zhuǎn)錄組生物信息學(xué)分析方法
第3章 三江源早熟禾試驗田土壤細(xì)菌群落多樣性分析
    3.1 結(jié)果與分析
        3.1.1 DNA電泳質(zhì)檢與PCR擴(kuò)增結(jié)果
        3.1.2 測序數(shù)據(jù)統(tǒng)計
        3.1.3 多樣性指數(shù)
        3.1.4 OTU分布VENN圖
        3.1.5 多樣品相似度樹狀圖
        3.1.6 PCA分析
        3.1.7 分類學(xué)分析
    3.2 討論
        3.2.1 關(guān)于土壤細(xì)菌群落多樣性分析
        3.2.2 關(guān)于測序技術(shù)對群落分析中的影響
    3.3 本章小結(jié)
第4章 高原早熟禾土壤宏基因組生物信息學(xué)分析
    4.1 結(jié)果與分析
        4.1.1 土壤樣本DNA質(zhì)檢
        4.1.2 測序結(jié)果統(tǒng)計分析
        4.1.3 基因預(yù)測
        4.1.4 基因注釋
        4.1.5 分類學(xué)分析
    4.2 討論
        4.2.1 關(guān)于開展宏基因組測序分析的設(shè)想
        4.2.2 D樣本宏基因組結(jié)果中的基因數(shù)據(jù)
        4.2.3 關(guān)于D樣本中生物群落的分析
    4.3 本章小結(jié)
第5章 中華皮蠅第三期幼蟲基因表達(dá)譜研究
    5.1 結(jié)果與分析
        5.1.1 樣品質(zhì)檢結(jié)果
        5.1.2 原始序列數(shù)據(jù)統(tǒng)計
        5.1.3 組裝序列統(tǒng)計
        5.1.4 表達(dá)量計數(shù)
        5.1.5 ORF預(yù)測
        5.1.6 功能注釋
        5.1.7 轉(zhuǎn)錄因子分析
    5.2 討論
        5.2.1 關(guān)于基因表達(dá)譜分析的設(shè)想
        5.2.2 中華皮蠅三期幼蟲基因表達(dá)特征分析
        5.2.3 中華皮蠅三期幼蟲基因的數(shù)據(jù)庫注釋分析
        5.2.4 轉(zhuǎn)錄因子分析
    5.3 本章小結(jié)
第6章 總結(jié)與展望
    6.1 各研究內(nèi)容的總結(jié)與展望
        6.1.1 關(guān)于微生物群落多樣性研究總結(jié)和展望
        6.1.2 關(guān)于宏基因組學(xué)研究的總結(jié)和展望
        6.1.3 關(guān)于中華皮蠅的基因表達(dá)譜研究的總結(jié)與展望
    6.2 全文結(jié)論
        6.2.1 土壤微生物群落多樣性研究結(jié)論
        6.2.2 中華皮蠅第三期幼蟲基因表達(dá)譜研究結(jié)論
參考文獻(xiàn)
附表
致謝
個人簡歷、在學(xué)期間發(fā)表的學(xué)術(shù)論文與研究成果



本文編號：3746933