適應是生物在形態(tài)結構和生理機能與所處的環(huán)境相適合,并進行生存和繁衍的過程。狐貍屬于食肉目犬科狐屬,現(xiàn)存12個物種,廣泛分布于世界各地,且種群數(shù)量穩(wěn)定。此外,赤狐和北極狐的毛色變種銀狐和藍狐由于較高的毛皮質量,在世界各地被廣泛飼養(yǎng)。目前關于狐屬適應性進化的分子機制的研究還較少,本研究借助比較轉錄組技術,對赤狐、沙狐和北極狐及毛色變種藍狐和銀狐3個物種進行分析。通過篩選它們之間的直系同源基因,進而進行選擇壓力分析來獲得正選擇基因,以期篩選出它們之間與適應進化,如寒冷適應等性狀相關的基因和通路等。同時,探究銀狐和藍狐在食性、生存環(huán)境處于長期的人為干擾下,其生理、體型及免疫方面可能產(chǎn)生的差異及相關的基因等,并基于前人的研究篩選可能與馴化相關的基因,為狐貍的飼養(yǎng)和馴化提供一定的借鑒意義�；诒容^轉錄組技術,我們首先對沙狐、銀狐和藍狐共6個個體的腦、肝和腎3個組織進行了轉錄組測序。結合NCBI上北極狐和赤狐的轉錄組的數(shù)據(jù),經(jīng)過組裝注釋拼接后,進行表達量和直系同源基因分析,結果顯示:1)在赤狐、沙狐和北極狐的高表達基因中,有多個與血紅蛋白及鐵的吸收、釋放相關的基因。在北極狐和藍狐表達量前100的基因... 

【文章來源】：曲阜師范大學山東省

【文章頁數(shù)】：181 頁

【學位級別】：博士

【文章目錄】：
摘要
ABSTRACT
第一章 緒論
    1.1 引言
    1.2 狐屬概述
        1.2.1 赤狐(Vulpes vulpes)
        1.2.2 沙狐(Vulpes corsac)
        1.2.3 藏狐(Vulpes ferrilata)
        1.2.4 北極狐(Vulpes lagopus)
        1.2.5 銀狐(Sliver Fox)和藍狐(Blue Fox)
        1.2.6 狐屬的分子生態(tài)研究
    1.3 分子水平上的適應性進化的研究
    1.4 轉錄組與轉錄組學
        1.4.1 轉錄組定義
        1.4.2 轉錄組學
        1.4.3 轉錄組研究概況
        1.4.4 轉錄組測序技術的發(fā)展和應用
            1.4.4.1 測序技術概況
            1.4.4.2 轉錄組測序技術及應用
    1.5 本文研究概述
第二章 沙狐、赤狐和北極狐比較轉錄組研究
    2.1 材料和試劑
        2.1.1 材料
        2.1.2 試劑
        2.1.3 儀器
    2.2 實驗方法
        2.2.1 轉錄組文庫構建及測序
            2.2.1.1 組織樣品的采集和保存
            2.2.1.2 總RNA的提取
            2.2.1.3 總RNA的檢測
            2.2.1.4 轉錄組測序文庫的構建
            2.2.1.5 文庫的庫檢及高通量測序
        2.2.2 生物信息學分析
            2.2.2.1 測序數(shù)據(jù)的質量評估
            2.2.2.2 轉錄本的拼接
            2.2.2.3 基因功能注釋
            2.2.2.4 CDS預測
            2.2.2.5 SSR分析
            2.2.2.6 基因表達水平分析
            2.2.2.7 直系同源基因分析
            2.2.2.8 直系同源基因Ka/Ks分析
    2.3 實驗結果
        2.3.1 總RNA檢測結果
        2.3.2 質控結果
            2.3.2.1 測序錯誤率分布檢查
            2.3.2.2 堿基含量分布檢查
            2.3.2.3 原始數(shù)據(jù)的過濾
        2.3.3 轉錄組測序結果
        2.3.4 轉錄本拼接
        2.3.5 基因功能注釋
            2.3.5.1 注釋結果匯總
            2.3.5.2 GO分類
            2.3.5.3 KOG分類
            2.3.5.4 KEGG分類
        2.3.6 CDS預測
        2.3.7 SSR分析
        2.3.8 基因表達水平分析
            2.3.8.1 參考序列的比對
            2.3.8.2 基因表達水平分析
        2.3.9 直系同源基因分析
            2.3.9.1 直系同源基因Ka/Ks分析
            2.3.9.2 Ka/Ks直系同源基因GO和KEGG富集分析
    2.4 討論
    2.5 小結
第三章 北極狐和藍狐的比較轉錄組研究
    3.1 材料和試劑
        3.1.1 材料
        3.1.2 試劑
        3.1.3 儀器
    3.2 實驗方法
        3.2.1 轉錄組文庫構建及測序
        3.2.2 生物信息學分析
    3.3 實驗結果
        3.3.1 總RNA的檢測結果
        3.3.2 質控結果
            3.3.2.1 測序分布率檢查
            3.3.2.2 堿基含量分布率檢查
            3.3.2.3 原始數(shù)據(jù)過濾
        3.3.3 轉錄組測序結果
        3.3.4 轉錄本拼接
        3.3.5 基因功能注釋
            3.3.5.1 注釋結果匯總
            3.3.5.2 GO分類
            3.3.5.3 KOG分類
            3.3.5.4 KEGG分類
        3.3.6 CDS預測
        3.3.7 SSR分析
        3.3.8 基因表達水平分析
            3.3.8.1 參考序列比對
            3.3.8.2 基因表達水平分析
        3.3.9 直系同源基因分析
            3.3.9.1 直系同源基因Ka/Ks分析
            3.3.9.2 Ka/Ks直系同源基因分析GO和KEGG富集分析
    3.4 討論
    3.5 小結
第四章 赤狐和銀狐的的比較轉錄組研究
    4.1 材料和試劑
        4.1.1 材料
        4.1.2 試劑
        4.1.3 儀器
    4.2 實驗方法
        4.2.1 轉錄組文庫構建及測序
        4.2.2 生物信息學分析
    4.3 結果
        4.3.1 總RNA檢測結果
        4.3.2 質控結果
            4.3.2.1 測序分布率檢查
            4.3.2.2 堿基含量分布率檢查
            4.3.2.3 原始數(shù)據(jù)的過濾
        4.3.3 轉錄組測序結果
        4.3.4 轉錄本拼接
        4.3.5 基因功能注釋
            4.3.5.1 注釋結果匯總
            4.3.5.2 GO分類
            4.3.5.3 KOG分類
            4.3.5.4 KEGG分類
        4.3.6 CDS預測
        4.3.7 SSR分析
        4.3.8 基因表達水平分析
            4.3.8.1 參考序列的比對
            4.3.8.2 基因表達水平分析
        4.3.9 直系同源基因篩選及Ka/Ks分析
        4.3.10 三種狐屬物種同源基因分析
        4.3.11 赤狐和北極狐中適應相關基因的鑒定
    4.4 討論
    4.5 小結
結論
參考文獻
附錄
在讀期間發(fā)表的學術論文及研究成果
致謝


【參考文獻】：
期刊論文
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本文編號：3642262