棉花是我國重要的經(jīng)濟(jì)作物,棉纖維是天然紡織纖維最主要的來源,棉籽中含有豐富的脂肪和蛋白質(zhì),現(xiàn)在也被廣泛用于加工生產(chǎn)成食用油、工業(yè)用油和動物飼料等。棉花是一種起源于熱帶和亞熱帶的喜溫作物,它的栽培范圍已經(jīng)由熱帶和亞熱帶逐步擴(kuò)展至較冷的區(qū)域,而溫度低于15℃就會嚴(yán)重影響棉花的生長發(fā)育,導(dǎo)致種子萌發(fā)率降低、棉株易感病,最終造成大幅度減產(chǎn)。植物對外界環(huán)境壓力的適應(yīng)過程主要包括對壓力信號的感知和隨后的信號轉(zhuǎn)導(dǎo),最終引起各種生理生化反應(yīng)和代謝反應(yīng)的激活,使植物建立新的物質(zhì)和能量代謝平衡,從而維持其在溫度較低環(huán)境下穩(wěn)定地生長。而在這些生理生化過程中,質(zhì)膜變化占據(jù)極其重要的地位。細(xì)胞膜是植物與外界聯(lián)系的界面,各種逆境對細(xì)胞的影響首先作用于質(zhì)膜,而低溫脅迫對膜系統(tǒng)不可逆?zhèn)Φ脑醴磻?yīng)發(fā)生在生物膜類脂分子的相變上。鈣依賴蛋白激酶（CDPK）是一類僅依賴Ca2+而不依賴鈣調(diào)素的蛋白激酶,參與調(diào)控多種信號轉(zhuǎn)導(dǎo)途徑,而膜結(jié)合脂肪酸脫氫酶（membrane-bound FAD）是一類不飽和脂肪酸合成途徑的關(guān)鍵酶。這兩類基因分別在低溫環(huán)境脅迫下的信號轉(zhuǎn)導(dǎo)和穩(wěn)定質(zhì)膜性質(zhì)中起著非常重要的作用。本研究在二倍體棉種D基因組... 

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膜結(jié)合脂肪酸脫氫酶的進(jìn)化樹（Hashimotoetal.，2008)

浙江大學(xué)博上學(xué)位論文 第二章雷蒙德氏棉CDPK基因家族的鑒定和基因結(jié)構(gòu)功能分析Ipjggs 5 I I。 “GrCPK15貌聯(lián)9GrCPKIGrCPKZOGrCPK4GrCPK2GrCPK36GrCPK37GrCPKIOGrCPK6GrCPK27W甜GrCPK23GrCPK19GrCPKSGrCPK18GrCPK316rCPK14GrCPK24GrCPK21GrCPK17milGrCPK13GrCPKI6GrCPK26GrCPK35GrCPK7GrCPK3G 丨 CPK28 GrCPK11圖2.1雷蒙德氏棉轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中CDPK基因的表達(dá)情況。雷蒙德氏棉3個組織樣品（成熟葉片、開花當(dāng)天胚珠和花后3 d胚珠）的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)(SRX111367, SRX111365和SRX111366)從NCBI Sequence Read Archive (SRA)數(shù)據(jù)庫中下載，然后將這3個組織的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中的短序列分別與雷蒙德氏棉CDPK的序列進(jìn)行匹配，最后匹配上的短序列數(shù)目被轉(zhuǎn)化成RPKM來估算這些基因的表達(dá)水平，利用Cluster3.0軟件進(jìn)行表迗譜分析。紅色代表高豐度表達(dá)，綠色代表低豐度表達(dá)，顏色標(biāo)尺指示基因表達(dá)相對的強(qiáng)度。DPA是指開花后天數(shù)。Figure 2.1 Expression analysis of GrCPKs using the transcriptome sequencing data. Thetranscriptome sequencing datasets of G. raimondii for three tissue samples (mature leaves, 0 DPAovules, and 3 DPA ovules) were downloaded from the NCBI Sequence Read Archive (SRA) withaccession numbers SRXl 11367, SRXl 11365 and SRXl 11366. Then sequenced reads of thesethree datasets were mapped to the sequences of GrCPKs, respectively. And matches wereconverted to RJPKM to estimate gene expression levels. The expression profiles were clusteredusing the Cluster 3.0 softwa

為了探究CDPK基因之間的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系，本研究利用雷蒙德氏棉、擬南蘇和水稻CDPK全長蛋白質(zhì)序列構(gòu)建進(jìn)化樹。由圖2.2可以看出，所有的CDPK蛋白質(zhì)被分為四個不同的亞家族：CDPKI、CDPK II、CDPK III和CDPK IV。其中，CDPK I亞家族包含14個雷蒙德氏棉CDPK基因，10個擬南界CDPK基因，11個水稻CDPK基因。CDPK II亞家族包含15個雷蒙德氏棉CDPK基因，13個擬南界CDPK基因，8個水稻CDPK基因。相比之下，雷蒙德氏棉CDPK I和CDPK II兩個亞家族中CDPK基因數(shù)目都多于擬南芥和水稻。在CDPK III亞家族中

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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