豬不同生長發(fā)育階段脾臟轉(zhuǎn)錄組差異及物種間比較轉(zhuǎn)錄組分析
發(fā)布時(shí)間：2021-11-16 12:13
脾臟在循環(huán)系統(tǒng)中的位置和特殊的淋巴結(jié)結(jié)構(gòu),使其成為了一種獨(dú)特的淋巴器官,不僅是哺乳動(dòng)物機(jī)體內(nèi)最大的免疫器官,同時(shí)也是最大的血液過濾器,對(duì)維持機(jī)體的免疫穩(wěn)態(tài)、衰老紅細(xì)胞的回收和鐵離子的轉(zhuǎn)運(yùn)具有重要作用。LncRNAs作為調(diào)控網(wǎng)絡(luò)中的重要一員參與了一系列的生物學(xué)過程。目前,缺少關(guān)于蛋白編碼基因和lncRNAs在脾臟不同生長發(fā)育階段和不同物種中的研究。本研究選取家豬5個(gè)不同生長發(fā)育時(shí)間點(diǎn)和3頭成年野豬,及其余9種哺乳動(dòng)物的脾臟組織為研究對(duì)象,對(duì)一共39個(gè)樣本進(jìn)行鏈特異性lncRNA測(cè)序,通過一系列生物信息學(xué)的分析方法,對(duì)脾臟功能性轉(zhuǎn)錄組和調(diào)控性轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行研究,主要研究結(jié)果如下:（1）在豬不同生長發(fā)育階段的18個(gè)樣本中,一共鑒定出15,040條lncRNAs,包含了12,967個(gè)lncRNAs基因。其中,有6,898條lncRNAs在上述所有樣本中共表達(dá),約占生長發(fā)育階段鑒定到的總lncRNAs的45.86%。（2）與蛋白編碼基因相比,lncRNAs具有轉(zhuǎn)錄本長度更短、外顯子數(shù)目更少和表達(dá)水平更低的特性。（3）在豬不同生長發(fā)育階段的脾臟中,反義鏈內(nèi)含子區(qū)域與lncRNAs有重疊的蛋白編碼基因主...
【文章來源】：四川農(nóng)業(yè)大學(xué)四川省 211工程院校
【文章頁數(shù)】：123 頁
【學(xué)位級(jí)別】：博士
【部分圖文】：
脾臟的解剖學(xué)結(jié)構(gòu)圖
有一個(gè)獨(dú)特的不連續(xù)結(jié)構(gòu)，應(yīng)力纖維延伸到基底質(zhì)膜下方，平行于細(xì)胞軸[36]（圖1-2）。應(yīng)力纖維將內(nèi)皮細(xì)胞連接到細(xì)胞外基質(zhì)，由肌動(dòng)蛋白和肌球蛋白樣細(xì)絲組成，表明可能存在一種滑絲作用，從而控制內(nèi)皮細(xì)胞之間的間隙。應(yīng)力纖維與靜脈竇內(nèi)皮細(xì)胞平行排列，加強(qiáng)了血液從脾索通過應(yīng)力纖維形成的縫隙進(jìn)入靜脈竇[37]。由于細(xì)胞膜的硬化，衰老的紅細(xì)胞很難通過這一通道[38]，會(huì)粘附在脾索上，被脾索內(nèi)的巨噬細(xì)胞吞噬。應(yīng)力纖維的收縮性將有助于阻攔脾臟中的紅細(xì)胞，從而形成一個(gè)紅細(xì)胞的儲(chǔ)存庫，在機(jī)體處于休息狀態(tài)時(shí)，通過降低血液的粘稠度來減輕心臟的壓力[39]，這一現(xiàn)象已經(jīng)在許多哺乳動(dòng)物中被發(fā)現(xiàn)。圖 1-2 脾臟紅髓靜脈竇示意圖[40]Fig 1-2. Venous sinuses in the red pulp of the spleen脾臟巨噬細(xì)胞吞噬紅細(xì)胞的作用，對(duì)紅細(xì)胞的周轉(zhuǎn)非常重要，同時(shí)使得鐵離子能夠被循環(huán)利用[41]。血紅細(xì)胞在巨噬細(xì)胞的溶酶體內(nèi)被水解，血紅蛋白被水解后釋放血紅素。血紅素進(jìn)一步被分解為膽綠素、一氧化碳和亞鐵離子，從而使得亞鐵離子從細(xì)胞內(nèi)釋放，并被進(jìn)一步收集利用[42]。沒有被利用或釋放的鐵離子將轉(zhuǎn)化為鐵蛋白儲(chǔ)存。細(xì)胞內(nèi)儲(chǔ)存的鐵蛋白含量過多時(shí)，鐵蛋白能夠聚合形成含鐵血黃素[41]
21圖 3-1 lncRNA 測(cè)序文庫的構(gòu)建流程Fig. 3-1 The flow-chart of constructing lncRNA sequencing library據(jù)分析方法始數(shù)據(jù)的過濾與參考基因組的比對(duì)始序列測(cè)序過程中，隨著測(cè)序進(jìn)程的推進(jìn)，相應(yīng)酶的活性會(huì)降低，質(zhì)量的下降。為了去掉這部分低質(zhì)量的序列，我們需要對(duì)原始的測(cè)具體過濾標(biāo)準(zhǔn)如下:含有接頭序列的 reads；序列中 N 的含量大于 10%的 reads；低質(zhì)量 reads（含堿基質(zhì)量值低于 5 的堿基量大于 50%的 reads）。以上步驟得到的高質(zhì)量序列可用于下游分析。
【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]脾臟的免疫功能及脾臟對(duì)血流變影響的研究[J]. 孫小光,歐陽軍. 現(xiàn)代生物醫(yī)學(xué)進(jìn)展. 2009(19)
本文編號(hào)：3498865
【文章來源】：四川農(nóng)業(yè)大學(xué)四川省 211工程院校
【文章頁數(shù)】：123 頁
【學(xué)位級(jí)別】：博士
【部分圖文】：
脾臟的解剖學(xué)結(jié)構(gòu)圖
有一個(gè)獨(dú)特的不連續(xù)結(jié)構(gòu)，應(yīng)力纖維延伸到基底質(zhì)膜下方，平行于細(xì)胞軸[36]（圖1-2）。應(yīng)力纖維將內(nèi)皮細(xì)胞連接到細(xì)胞外基質(zhì)，由肌動(dòng)蛋白和肌球蛋白樣細(xì)絲組成，表明可能存在一種滑絲作用，從而控制內(nèi)皮細(xì)胞之間的間隙。應(yīng)力纖維與靜脈竇內(nèi)皮細(xì)胞平行排列，加強(qiáng)了血液從脾索通過應(yīng)力纖維形成的縫隙進(jìn)入靜脈竇[37]。由于細(xì)胞膜的硬化，衰老的紅細(xì)胞很難通過這一通道[38]，會(huì)粘附在脾索上，被脾索內(nèi)的巨噬細(xì)胞吞噬。應(yīng)力纖維的收縮性將有助于阻攔脾臟中的紅細(xì)胞，從而形成一個(gè)紅細(xì)胞的儲(chǔ)存庫，在機(jī)體處于休息狀態(tài)時(shí)，通過降低血液的粘稠度來減輕心臟的壓力[39]，這一現(xiàn)象已經(jīng)在許多哺乳動(dòng)物中被發(fā)現(xiàn)。圖 1-2 脾臟紅髓靜脈竇示意圖[40]Fig 1-2. Venous sinuses in the red pulp of the spleen脾臟巨噬細(xì)胞吞噬紅細(xì)胞的作用，對(duì)紅細(xì)胞的周轉(zhuǎn)非常重要，同時(shí)使得鐵離子能夠被循環(huán)利用[41]。血紅細(xì)胞在巨噬細(xì)胞的溶酶體內(nèi)被水解，血紅蛋白被水解后釋放血紅素。血紅素進(jìn)一步被分解為膽綠素、一氧化碳和亞鐵離子，從而使得亞鐵離子從細(xì)胞內(nèi)釋放，并被進(jìn)一步收集利用[42]。沒有被利用或釋放的鐵離子將轉(zhuǎn)化為鐵蛋白儲(chǔ)存。細(xì)胞內(nèi)儲(chǔ)存的鐵蛋白含量過多時(shí)，鐵蛋白能夠聚合形成含鐵血黃素[41]
21圖 3-1 lncRNA 測(cè)序文庫的構(gòu)建流程Fig. 3-1 The flow-chart of constructing lncRNA sequencing library據(jù)分析方法始數(shù)據(jù)的過濾與參考基因組的比對(duì)始序列測(cè)序過程中，隨著測(cè)序進(jìn)程的推進(jìn)，相應(yīng)酶的活性會(huì)降低，質(zhì)量的下降。為了去掉這部分低質(zhì)量的序列，我們需要對(duì)原始的測(cè)具體過濾標(biāo)準(zhǔn)如下:含有接頭序列的 reads；序列中 N 的含量大于 10%的 reads；低質(zhì)量 reads（含堿基質(zhì)量值低于 5 的堿基量大于 50%的 reads）。以上步驟得到的高質(zhì)量序列可用于下游分析。
【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]脾臟的免疫功能及脾臟對(duì)血流變影響的研究[J]. 孫小光,歐陽軍. 現(xiàn)代生物醫(yī)學(xué)進(jìn)展. 2009(19)
本文編號(hào)：3498865
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