長角血蜱（Haemaphysalis longicornis）是一種重要的病原傳播媒介,能夠傳播多種病原。作為三宿主蜱,長角血蜱的發(fā)育需要經(jīng)歷卵、幼蜱、若蜱和成蜱階段。不同的發(fā)育階段具有各自的生理特點,同時也受到復雜的基因網(wǎng)絡調(diào)控。Micro RNAs（miRNAs）是一類大小為22 nt左右的小分子的調(diào)節(jié)因子,廣泛參與生物體的細胞生長、分化、組織生長、器官和系統(tǒng)發(fā)育等多種生理功能的調(diào)節(jié)。因此,深入探究miRNAs在長角血蜱不同發(fā)育階段的表達和作用機制具有重要意義。本課題以長角血蜱作為研究對象,利用高通量測序技術,分析了長角血蜱不同發(fā)育階段miRNA的表達譜,篩選階段特異性和差異表達的miRNAs,結(jié)合GO富集和KEGG分析,初步分析了調(diào)控長角血蜱生長發(fā)育的miRNA調(diào)控過程,并對其生長發(fā)育調(diào)控較為關鍵的novel miRNA——novel miR-2的調(diào)控機制進行了研究。獲得了如下結(jié)果:1.長角血蜱不同發(fā)育階段miRNA表達譜分析本研究利用高通量測序方法對長角血蜱的四個不同發(fā)育階段（卵、饑餓幼蜱、饑餓若蜱和饑餓成蜱）的small RNAs進行了測序,共鑒定出133個miRNAs（78... 

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sRNA測序流程圖

第三章長角血蜱不同發(fā)育階段miRNA表達譜分析21圖3-2miRNA分析流程圖Figure3-2PipelineofmiRNAbioinformaticsanalysis3.2.4數(shù)據(jù)質(zhì)控為了獲得cleanreads，對所得到的rawdata進行了優(yōu)化，對不合格的序列（過長或過短的reads、低質(zhì)量的reads、無插入片段的reads、polyAreads等）進行了去除，從而得到有效的cleanreads。3.2.5基因組比對通過SOAP和bowtie兩個軟件將得到的cleanreads定位到肩突硬蜱基因組上，SOAP默認的比對參數(shù)為：-M0-v0-p7-r2–a（Lietal.,2008）；Bowtie默認的對比參數(shù)為：-f-a-m20-v1（A）。3.2.6sRNA序列比對和分類注釋從smallRNA文庫中去除同repeat、rRNA、snoRNA、snRNA和tRNA等相關reads后進行序列比對和分類注釋。而比對和分類注釋可能導致sRNA被映射到多個注釋信息，為了確保sRNA只映射到唯一注釋，我們應用以下優(yōu)先級規(guī)則：rRNAetc>knownmiRNA>piRNA>repeat>exin>intron。3.2.7knownmiRNA比對通過bowtie將sRNA與miRbase20.0中的蜱源的miRNA比對。鑒定出known

第三章長角血蜱不同發(fā)育階段miRNA表達譜分析25圖3-3長角血蜱的不同發(fā)育階段獲得的小RNA的長度分布。Figure3-3LengthdistributionofsmallRNAsfromthedifferentialdevelopmentalstagesofH.longicornisA.卵；B.饑餓幼蜱；C.饑餓若蜱；D.饑餓成蜱A.egg;B.unfedlarva;C.unfednymph;D.unfedadult同時分析了潛在的novelmiRNA的首位堿基偏倚性，結(jié)果顯示潛在的novelmiRNA中最常見的第一個核苷酸是尿嘧啶（U）。在長度為20-24nt的潛在novelmiRNA中，饑餓成蜱的第一堿基U的比例為成蜱60.72％、饑餓若蜱83.56％，饑餓幼蜱89.87％，卵23.35％（圖3-4）。

【參考文獻】：
期刊論文
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本文編號：3408246