發(fā)布時(shí)間：2021-09-24 18:37

　　長(zhǎng)角血蜱（Haemaphysalis longicornis）是一種重要的病原傳播媒介,能夠傳播多種病原。作為三宿主蜱,長(zhǎng)角血蜱的發(fā)育需要經(jīng)歷卵、幼蜱、若蜱和成蜱階段。不同的發(fā)育階段具有各自的生理特點(diǎn),同時(shí)也受到復(fù)雜的基因網(wǎng)絡(luò)調(diào)控。Micro RNAs（miRNAs）是一類(lèi)大小為22 nt左右的小分子的調(diào)節(jié)因子,廣泛參與生物體的細(xì)胞生長(zhǎng)、分化、組織生長(zhǎng)、器官和系統(tǒng)發(fā)育等多種生理功能的調(diào)節(jié)。因此,深入探究miRNAs在長(zhǎng)角血蜱不同發(fā)育階段的表達(dá)和作用機(jī)制具有重要意義。本課題以長(zhǎng)角血蜱作為研究對(duì)象,利用高通量測(cè)序技術(shù),分析了長(zhǎng)角血蜱不同發(fā)育階段miRNA的表達(dá)譜,篩選階段特異性和差異表達(dá)的miRNAs,結(jié)合GO富集和KEGG分析,初步分析了調(diào)控長(zhǎng)角血蜱生長(zhǎng)發(fā)育的miRNA調(diào)控過(guò)程,并對(duì)其生長(zhǎng)發(fā)育調(diào)控較為關(guān)鍵的novel miRNA——novel miR-2的調(diào)控機(jī)制進(jìn)行了研究。獲得了如下結(jié)果:1.長(zhǎng)角血蜱不同發(fā)育階段miRNA表達(dá)譜分析本研究利用高通量測(cè)序方法對(duì)長(zhǎng)角血蜱的四個(gè)不同發(fā)育階段（卵、饑餓幼蜱、饑餓若蜱和饑餓成蜱）的small RNAs進(jìn)行了測(cè)序,共鑒定出133個(gè)miRNAs（78... 

【文章來(lái)源】：西北農(nóng)林科技大學(xué)陜西省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

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【學(xué)位級(jí)別】：博士

【部分圖文】：

sRNA測(cè)序流程圖

第三章長(zhǎng)角血蜱不同發(fā)育階段miRNA表達(dá)譜分析21圖3-2miRNA分析流程圖Figure3-2PipelineofmiRNAbioinformaticsanalysis3.2.4數(shù)據(jù)質(zhì)控為了獲得cleanreads，對(duì)所得到的rawdata進(jìn)行了優(yōu)化，對(duì)不合格的序列（過(guò)長(zhǎng)或過(guò)短的reads、低質(zhì)量的reads、無(wú)插入片段的reads、polyAreads等）進(jìn)行了去除，從而得到有效的cleanreads。3.2.5基因組比對(duì)通過(guò)SOAP和bowtie兩個(gè)軟件將得到的cleanreads定位到肩突硬蜱基因組上，SOAP默認(rèn)的比對(duì)參數(shù)為：-M0-v0-p7-r2–a（Lietal.,2008）；Bowtie默認(rèn)的對(duì)比參數(shù)為：-f-a-m20-v1（A）。3.2.6sRNA序列比對(duì)和分類(lèi)注釋從smallRNA文庫(kù)中去除同repeat、rRNA、snoRNA、snRNA和tRNA等相關(guān)reads后進(jìn)行序列比對(duì)和分類(lèi)注釋。而比對(duì)和分類(lèi)注釋可能導(dǎo)致sRNA被映射到多個(gè)注釋信息，為了確保sRNA只映射到唯一注釋?zhuān)覀儜?yīng)用以下優(yōu)先級(jí)規(guī)則：rRNAetc>knownmiRNA>piRNA>repeat>exin>intron。3.2.7knownmiRNA比對(duì)通過(guò)bowtie將sRNA與miRbase20.0中的蜱源的miRNA比對(duì)。鑒定出known

第三章長(zhǎng)角血蜱不同發(fā)育階段miRNA表達(dá)譜分析25圖3-3長(zhǎng)角血蜱的不同發(fā)育階段獲得的小RNA的長(zhǎng)度分布。Figure3-3LengthdistributionofsmallRNAsfromthedifferentialdevelopmentalstagesofH.longicornisA.卵；B.饑餓幼蜱；C.饑餓若蜱；D.饑餓成蜱A.egg;B.unfedlarva;C.unfednymph;D.unfedadult同時(shí)分析了潛在的novelmiRNA的首位堿基偏倚性，結(jié)果顯示潛在的novelmiRNA中最常見(jiàn)的第一個(gè)核苷酸是尿嘧啶（U）。在長(zhǎng)度為20-24nt的潛在novelmiRNA中，饑餓成蜱的第一堿基U的比例為成蜱60.72％、饑餓若蜱83.56％，饑餓幼蜱89.87％，卵23.35％（圖3-4）。

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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