本文關(guān)鍵詞：轉(zhuǎn)錄組與蛋白質(zhì)組聯(lián)合分析影響雞蛋蛋殼褐色的遺傳因素，，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：褐殼雞蛋蛋殼顏色的表型變異比較大,即使是同一品種同一群體內(nèi)的母雞所產(chǎn)雞蛋的蛋殼顏色也會深淺不一。前人研究結(jié)果表明,有多個基因共同作用調(diào)控褐殼雞蛋蛋殼顏色的形成,但是具體候選基因及調(diào)控機理尚未明確。本研究以純系褐殼蛋雞作為試驗材料,探討影響褐殼雞蛋蛋殼顏色形成的分子遺傳機理。 通過比較產(chǎn)深褐殼雞蛋和淺褐殼雞蛋洛島紅純系蛋雞的蛋殼、蛋殼腺、血清、排泄物和膽汁中原卟啉Ⅸ含量,發(fā)現(xiàn)深褐殼雞蛋蛋殼中原卟啉Ⅸ含量顯著高于淺褐殼雞蛋,說明褐殼雞蛋蛋殼顏色的深淺取決于蛋殼中原卟啉Ⅸ含量。深褐殼組母雞蛋殼腺中原卟啉Ⅸ含量顯著高于淺褐殼組母雞,而其他組織中原卟啉Ⅸ含量在兩組之間差異不顯著,且深褐殼雞蛋和淺褐殼雞蛋蛋殼中原卟啉Ⅸ的含量均顯著高于蛋殼腺,說明原卟啉Ⅸ確是隨著蛋殼的形成開始在蛋殼腺上皮細胞積累的,但是我們?nèi)匀徊荒艽_定原卟啉Ⅸ是否在蛋殼腺中形成。通過采用熒光定量PCR的方法比較血紅素合成通路中關(guān)鍵基因如δ-氨基叫一酮戊酸合成酶1(ALAS1),糞卟啉原氧化酶(CPOX),亞鐵螫合酶(FECH),ATP-binding家族轉(zhuǎn)運載體ABCB6, ABCB7, ABCG2,血紅素轉(zhuǎn)運蛋白1(HCP1)和貓白血病C亞類病毒受體(FLVCR)在產(chǎn)深褐殼雞蛋和淺褐殼雞蛋母雞蛋殼腺及肝臟中的表達量,發(fā)現(xiàn)深褐殼組母雞肝臟和蛋殼腺中ALAS1基因的表達量均極顯著高于淺褐殼組母雞,且深褐殼組和淺褐殼組母雞蛋殼腺中ALAS1基因的表達量均高于肝臟。深褐殼組CPOX、ABCB7、ABCG2和FLVCR基因在蛋殼腺中的表達量顯著高于淺褐殼組,而在肝臟中差異不顯著,此結(jié)果說明原卟啉Ⅸ由蛋殼腺上皮細胞產(chǎn)生。 通過對產(chǎn)深褐殼雞蛋和淺褐殼雞蛋的純系褐殼蛋雞蛋殼腺轉(zhuǎn)錄組和蛋白質(zhì)組研究,發(fā)現(xiàn)有189個轉(zhuǎn)錄本和335個蛋白質(zhì)在兩組之間差異表達。功能分析發(fā)現(xiàn)禽類輸卵管中特異表達的卵轉(zhuǎn)鐵蛋白(TF)基因通過參與鐵離子的轉(zhuǎn)運和平衡可以調(diào)節(jié)血紅素合成。因此,我們推測TF基因可能通過影響血紅素的合成效率調(diào)節(jié)原卟啉Ⅸ的積累,進而影響到褐殼雞蛋蛋殼顏色的深淺。此外,Iba57蛋白在淺褐殼組母雞蛋殼腺表達下調(diào)也會導致原卟啉Ⅸ合成量減少。熱休克蛋白70(HSP70)的轉(zhuǎn)錄本在淺褐殼組表達下調(diào),說明淺褐殼組母雞蛋殼腺內(nèi)原卟啉Ⅸ含量低于深褐殼組母雞,與推測結(jié)果一致。移位蛋白(TSPO)具有將原卟啉Ⅸ轉(zhuǎn)運出線粒體的能力,腺嘌呤核苷酸轉(zhuǎn)運體(SLC25A5編碼的ANT2)能夠?qū)⒃策D(zhuǎn)運至線粒體基質(zhì)部位。淺褐殼組TSPO蛋白表達下調(diào)結(jié)合卵轉(zhuǎn)鐵蛋白(TF)和SLC25A5編碼的ANT2蛋白表達上調(diào)導致淺褐殼組母雞蛋殼腺中原卟啉Ⅸ更多地被轉(zhuǎn)運至線粒體內(nèi)部用于血紅素合成,從而使淺褐殼組母雞積累在蛋殼腺上皮有纖毛的頂端細胞中原卟啉Ⅸ的量減少,進而沉積到蛋殼表面的原卟啉Ⅸ減少使蛋殼顏色偏淺。
【關(guān)鍵詞】：褐殼雞蛋 原卟啉Ⅸ 轉(zhuǎn)錄組 蛋白質(zhì)組
【學位授予單位】：中國農(nóng)業(yè)大學
【學位級別】：博士
【學位授予年份】：2015
【分類號】：S831
【目錄】：

• 摘要6-7
• Abstract7-13
• 縮寫詞表13-14
• 引言14-15
• 第一章 文獻綜述15-24
• 1.1 褐殼雞蛋蛋殼顏色研究進展15-18
• 1.1.1 褐殼雞蛋蛋殼顏色色素成分及其結(jié)構(gòu)特性15
• 1.1.2 蛋殼原卟啉Ⅸ的沉積過程及來源15-16
• 1.1.3 褐殼雞蛋蛋殼顏色調(diào)控基因研究16-17
• 1.1.4 影響褐殼雞蛋蛋殼顏色深淺的主要因素17-18
• 1.1.5 蛋殼顏色深淺與孵化率18
• 1.2 血紅素生物合成通路18-19
• 1.3 轉(zhuǎn)錄組學與轉(zhuǎn)錄組19-21
• 1.3.1 轉(zhuǎn)錄組學與轉(zhuǎn)錄組概述19-20
• 1.3.2 RNA-Seq技術(shù)簡介20
• 1.3.3 RNA-Seq技術(shù)在家禽中的應用20-21
• 1.4 蛋白質(zhì)組學與蛋白質(zhì)組21-24
• 1.4.1 蛋白質(zhì)組與蛋白質(zhì)組學概述21
• 1.4.2 蛋白質(zhì)組研究技術(shù)方法21-23
• 1.4.3 蛋白質(zhì)組在家禽中的應用23-24
• 第二章 褐殼雞蛋蛋殼原卟啉Ⅸ來源分析24-37
• 2.1 試驗材料24-25
• 2.1.1 試驗動物24
• 2.1.2 主要試驗儀器24-25
• 2.1.3 試驗試劑及溶液配制25
• 2.2 試驗方法25-31
• 2.2.1 樣品采集25
• 2.2.2 原卟啉Ⅸ標準品標準曲線的建立25-26
• 2.2.3 組織原卟啉Ⅸ提取及含量測定26
• 2.2.4 引物設計與合成26-27
• 2.2.5 組織總RNA提取(離心柱試劑盒法)27
• 2.2.6 總RNA質(zhì)量檢測27-28
• 2.2.7 cDNA第一條鏈制備及檢測28-29
• 2.2.8 熒光定量PCR29-31
• 2.3 統(tǒng)計方法31-32
• 2.4 試驗結(jié)果與分析32-36
• 2.4.1 兩組蛋殼顏色測定值32
• 2.4.2 原卟啉Ⅸ標準品標準曲線32-33
• 2.4.3 不同組織原卟啉Ⅸ含量33-34
• 2.4.4 總RNA質(zhì)量檢測結(jié)果34
• 2.4.5 cDNA質(zhì)量檢測34
• 2.4.6 候選基因熒光定量PCR結(jié)果34-36
• 2.5 討論36-37
• 第三章 蛋殼腺組織轉(zhuǎn)錄組分析37-53
• 3.1 試驗材料37
• 3.1.1 試驗動物37
• 3.1.2 主要試驗儀器及試劑37
• 3.2 試驗方法37-40
• 3.2.1 樣品采集37-38
• 3.2.2 總RNA提取38
• 3.2.3 RNA高通量測序38-39
• 3.2.4 測序數(shù)據(jù)分析39
• 3.2.5 差異表達基因驗證39-40
• 3.3 試驗結(jié)果40-51
• 3.3.1 蛋殼品質(zhì)結(jié)果40-41
• 3.3.2 RNA質(zhì)量檢測結(jié)果41
• 3.3.3 堿基組成及質(zhì)量分析41-44
• 3.3.4 樣品測序隨機性評估44-45
• 3.3.5 reads比對到參考基因組及參考基因結(jié)果45
• 3.3.6 深褐殼組和淺褐殼組蛋殼腺差異表達基因篩選45-46
• 3.3.7 差異表達基因功能分析及pathway分析46-48
• 3.3.8 熒光定量PCR驗證結(jié)果48-51
• 3.4 討論51-53
• 第四章 褐殼蛋雞蛋殼腺組織蛋白質(zhì)組研究53-77
• 4.1 試驗材料與方法53-57
• 4.1.1 試驗動物53
• 4.1.2 試驗方法53-57
• 4.1.3 數(shù)據(jù)信息分析57
• 4.2 試驗結(jié)果57-74
• 4.2.1 標準曲線及樣品蛋白質(zhì)濃度57-58
• 4.2.2 SDS檢測膠圖58-59
• 4.2.3 肽段匹配誤差分布59-60
• 4.2.4 鑒定結(jié)果統(tǒng)計60-61
• 4.2.5 蛋白質(zhì)相對分子質(zhì)量分布61
• 4.2.6 肽段序列長度分布61-62
• 4.2.7 肽段序列覆蓋度62
• 4.2.8 Unique肽段數(shù)量分布62-63
• 4.2.9 蛋白質(zhì)豐度比分布63-64
• 4.2.10 篩選差異蛋白64
• 4.2.11 鑒定蛋白GO注釋64-66
• 4.2.12 鑒定蛋白質(zhì)COG注釋66
• 4.2.13 鑒定蛋白質(zhì)代謝通路注釋66-67
• 4.2.14 差異蛋白的GO富集分析67-73
• 4.2.15 差異蛋白的Pathway富集分析73-74
• 4.3 討論74-77
• 第五章 轉(zhuǎn)錄組與蛋白質(zhì)組聯(lián)合分析77-88
• 5.1 蛋白質(zhì)組與轉(zhuǎn)錄組關(guān)聯(lián)數(shù)量關(guān)系77
• 5.2 轉(zhuǎn)錄組與蛋白質(zhì)組相關(guān)性分析77-83
• 5.3 討論83-88
• 第六章 小結(jié)88-89
• 參考文獻89-100
• 致謝100-101
• 個人簡介101-102
• 附表102-106

【參考文獻】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前1條

1 廖云瓊;康永剛;王偉;;蛋殼顏色對種蛋孵化率的影響[J];黑龍江畜牧獸醫(yī);2011年02期

  本文關(guān)鍵詞：轉(zhuǎn)錄組與蛋白質(zhì)組聯(lián)合分析影響雞蛋蛋殼褐色的遺傳因素，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

本文編號：338965