發(fā)布時(shí)間：2021-08-08 10:46

　　第一部分:近年來,繁殖障礙已逐漸成為規(guī)�；i場(chǎng)中影響母豬淘汰的最重要原因,在實(shí)際生產(chǎn)中大約有10%的母豬因不發(fā)情或者晚發(fā)情等繁殖障礙因素被淘汰,不僅消耗大量的飼料費(fèi)用及飼養(yǎng)豬舍,同時(shí)也耗費(fèi)飼養(yǎng)人員大量人力精力,顯著地影響豬的生產(chǎn)效益,因此對(duì)母豬的繁殖障礙進(jìn)行遺傳解析并將其應(yīng)用于育種選擇具有重要的意義。本研究以白色杜洛克×二花臉F2資源群體為對(duì)象,使用Illumina 60K芯片進(jìn)行基因型檢測(cè),開展繁殖障礙的初步遺傳解析。在此基礎(chǔ)上,將19頭祖代F0個(gè)體進(jìn)行深度重測(cè)序,并使用Imputation填充技術(shù)將416頭F2個(gè)體60,000個(gè)標(biāo)記基因型填充到了基因組全序列,然后分析繁殖障礙表型與基因組全序列的關(guān)聯(lián)性,以挖掘與繁殖障礙極顯著關(guān)聯(lián)的分子標(biāo)記。結(jié)果顯示,從60K數(shù)據(jù)填充到基因組全序列的平均準(zhǔn)確性為0.94,證明基因型填充策略的有效性和準(zhǔn)確性;基因組全序列關(guān)聯(lián)分析結(jié)果在7號(hào)染色體的33.36Mb處鑒別到與繁殖障礙顯著關(guān)聯(lián)的SNP標(biāo)記（rs335782084:顯著性p值達(dá)到了1.52E-11）,該位點(diǎn)可以解釋16%的表型變異,通過LOD下降2的策略在該位點(diǎn)附近檢測(cè)到一個(gè)置信區(qū)間為5.25M... 

【文章來源】：江西農(nóng)業(yè)大學(xué)江西省

【文章頁數(shù)】：123 頁

【學(xué)位級(jí)別】：博士

【部分圖文】：

人類基因組測(cè)序成本逐年的變化趨勢(shì)（引用自https://www.genome.gov/images/content/costpergenome_2017.jpg）

圖 2-1 Imputation 準(zhǔn)確性分析。X 軸代表的是染色體號(hào)，Y 軸代表的是準(zhǔn)確性。re 2-1 Investigation of accuracy of Imputation. The X-axis represents chromosomes and the Yrepresents accuracy of imputation.表 2-2 每條染色體 SNP 標(biāo)記數(shù)量的統(tǒng)計(jì)

全基因組關(guān)聯(lián)分析的曼哈頓圖。X 軸代表的是染色體，Y 軸代表的是 P 值，水平的是顯著性閾值，紅色的點(diǎn)代表的是與繁殖障礙顯著關(guān)聯(lián)的位點(diǎn)。re 2-2 Manhattan plot of association results. The X-axis means genome wide chromosoms means -log(P-value); the horizontal line in the graph is genome-wise significant level;points mean significant loci associated with failing to display estrus.

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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碩士論文
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本文編號(hào)：3329819