豬多殺性巴氏桿菌的分離鑒定及全基因組重測序
發(fā)布時間：2021-07-21 07:55
多殺性巴氏桿菌是一種重要的革蘭氏陰性病原菌,能感染包括禽、豬、牛、兔等在內(nèi)的多種家養(yǎng)和野生動物,導(dǎo)致以呼吸道感染為主的多種疾病。多殺性巴氏桿菌血清型眾多,按照莢膜抗原的不同可以被分為A、B、D、E、F五種血清型;按照脂多糖抗原的不同可以被分為16種血清型（1-16）。五種莢膜血清型和16種脂多糖血清型又被分別劃分為五種莢膜基因型（A、B、D、E、F）和8種脂多糖基因型（L1-L8）。有研究表明,不同血清型的多殺性巴氏桿菌在感染宿主時表現(xiàn)出一定的“宿主偏好性”（host predilection）。然而,決定多殺性巴氏桿菌這種“宿主偏好性”的分子基礎(chǔ)目前還完全不清楚。此外,決定多殺性巴氏桿菌系統(tǒng)發(fā)生學(xué)的具體因素依然還不清楚。當(dāng)前,多殺性巴氏桿菌的流行與感染依然是我國養(yǎng)豬業(yè)最嚴(yán)重的威脅之一,然而其所受到的重視和關(guān)注程度依然不足;由于國內(nèi)開展的相關(guān)研究較少,現(xiàn)有的關(guān)于我國豬群中多殺性巴氏桿菌的流行數(shù)據(jù)較為欠缺,流行菌株的分子生物學(xué)特征如脂多糖基因型、MLST基因型以及毒力基因的分布尚不清楚。因此,本研究擬針對當(dāng)前在我國豬群中流行的多殺性巴氏桿菌展開分子流行病學(xué)調(diào)查,選取一定數(shù)量的豬多沙性巴氏...
【文章來源】：華中農(nóng)業(yè)大學(xué)湖北省 211工程院校 教育部直屬院校
【文章頁數(shù)】：243 頁
【學(xué)位級別】：博士
【部分圖文】：
第一代DNA測序技術(shù)Figure1-1First-generationDNAsequencingtechnologies[5]
內(nèi)接共Flowcell 表面的 channel 上（因為 channel 表面也附著有能與 D的接頭序列），并進(jìn)行橋式 PCR反應(yīng)（Bridge PCR）（圖 1-2a, 大反應(yīng)的信號達(dá)到測序要求時便開始進(jìn)行測序反應(yīng)。同“San酸測序法”一樣，Solexa 測序也是采用“邊合成邊測序”的方中加入有 DNA 聚合酶、接頭引物以及 3’-OH 被特定熒dNTPs。由于每種 dNTP 的 3’-OH 被熒光素占據(jù)，在反應(yīng)過程應(yīng)的 dNTP 才能添加到合成鏈的 3’端從而保證聚合反應(yīng)的繼光，而其余的未被結(jié)合的 dNTP 以及 DNA聚合酶則會被洗脫熒光信號能夠被測序平臺中的 CCD 捕獲記錄。記錄完成后，滅熒光信號后接著開始下一個測序反應(yīng)循環(huán)，最后根據(jù)所記錄圖 1-2 第二代 DNA測序技術(shù)Figure 1-2 Second generation DNAsequencing technologies[5].
納米孔單分子（Nanopore）測序技術(shù)。PacBio 公司的 SMRT 技術(shù)Quake 所研發(fā)的單分子測序技術(shù)的改進(jìn)版 [46]。雖然顯微鏡可以DNA 鏈上的特定 dNTP 所攜帶的熒光，但是周圍游離的 dNTPs 也帶是會形成強(qiáng)大的熒光背景從而干擾測序過程中顯微鏡的信號記錄。題，SMRT 技術(shù)引入了一種零模波導(dǎo)孔（zero-mode waveguides, ZM種小孔的直徑（<100 nm）比熒光的波長小，當(dāng)單熒光分子靠近 ZM于從底部打出的激光激發(fā)的區(qū)域很小，從而使得能量被限定在一個周圍環(huán)境中的背景對其影響降到最低，這樣參與合成 DNA 鏈的 d中所釋放的熒光信號就能被實時準(zhǔn)確記錄（圖 1-3a）[47]。值得一提圖 1-3 第三代 DNA測序技術(shù)Figure 1-3 Third generation DNAsequencing technologies[5]
【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]豬源莢膜血清F型多殺性巴氏桿菌的分離鑒定、毒力基因檢測與致病性研究[J]. 方超,李潤成,魏榕,王銳,胡玉立,黎滿香,張磊,余興龍. 中國預(yù)防獸醫(yī)學(xué)報. 2017(03)
[2]多殺性巴氏桿菌分子分型方法簡述[J]. 彭忠,梁婉,吳斌. 微生物學(xué)報. 2016(10)
[3]國內(nèi)部分地區(qū)多殺性巴氏桿菌莢膜血清型和基因型的研究[J]. 王林柏,孫久鶴,郭東春,曹培麗,劉家森,劉春國,劉大飛,曲連東. 中國預(yù)防獸醫(yī)學(xué)報. 2016(02)
[4]禽霍亂巴氏桿菌的分離 鑒定與致病性研究[J]. 于成接,丁優(yōu)玲,華亞峰,金梅林,張安定. 中國獸醫(yī)雜志. 2013(02)
碩士論文
[1]我國部分省區(qū)豬源多殺性巴氏桿菌的分子流行病學(xué)調(diào)查[D]. 王豪男.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2017
[2]多殺性巴氏桿菌全基因組測序與比較基因組學(xué)分析[D]. 劉文靜.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2012
本文編號：3294631
【文章來源】：華中農(nóng)業(yè)大學(xué)湖北省 211工程院校 教育部直屬院校
【文章頁數(shù)】：243 頁
【學(xué)位級別】：博士
【部分圖文】：
第一代DNA測序技術(shù)Figure1-1First-generationDNAsequencingtechnologies[5]
內(nèi)接共Flowcell 表面的 channel 上（因為 channel 表面也附著有能與 D的接頭序列），并進(jìn)行橋式 PCR反應(yīng)（Bridge PCR）（圖 1-2a, 大反應(yīng)的信號達(dá)到測序要求時便開始進(jìn)行測序反應(yīng)。同“San酸測序法”一樣，Solexa 測序也是采用“邊合成邊測序”的方中加入有 DNA 聚合酶、接頭引物以及 3’-OH 被特定熒dNTPs。由于每種 dNTP 的 3’-OH 被熒光素占據(jù)，在反應(yīng)過程應(yīng)的 dNTP 才能添加到合成鏈的 3’端從而保證聚合反應(yīng)的繼光，而其余的未被結(jié)合的 dNTP 以及 DNA聚合酶則會被洗脫熒光信號能夠被測序平臺中的 CCD 捕獲記錄。記錄完成后，滅熒光信號后接著開始下一個測序反應(yīng)循環(huán)，最后根據(jù)所記錄圖 1-2 第二代 DNA測序技術(shù)Figure 1-2 Second generation DNAsequencing technologies[5].
納米孔單分子（Nanopore）測序技術(shù)。PacBio 公司的 SMRT 技術(shù)Quake 所研發(fā)的單分子測序技術(shù)的改進(jìn)版 [46]。雖然顯微鏡可以DNA 鏈上的特定 dNTP 所攜帶的熒光，但是周圍游離的 dNTPs 也帶是會形成強(qiáng)大的熒光背景從而干擾測序過程中顯微鏡的信號記錄。題，SMRT 技術(shù)引入了一種零模波導(dǎo)孔（zero-mode waveguides, ZM種小孔的直徑（<100 nm）比熒光的波長小，當(dāng)單熒光分子靠近 ZM于從底部打出的激光激發(fā)的區(qū)域很小，從而使得能量被限定在一個周圍環(huán)境中的背景對其影響降到最低，這樣參與合成 DNA 鏈的 d中所釋放的熒光信號就能被實時準(zhǔn)確記錄（圖 1-3a）[47]。值得一提圖 1-3 第三代 DNA測序技術(shù)Figure 1-3 Third generation DNAsequencing technologies[5]
【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]豬源莢膜血清F型多殺性巴氏桿菌的分離鑒定、毒力基因檢測與致病性研究[J]. 方超,李潤成,魏榕,王銳,胡玉立,黎滿香,張磊,余興龍. 中國預(yù)防獸醫(yī)學(xué)報. 2017(03)
[2]多殺性巴氏桿菌分子分型方法簡述[J]. 彭忠,梁婉,吳斌. 微生物學(xué)報. 2016(10)
[3]國內(nèi)部分地區(qū)多殺性巴氏桿菌莢膜血清型和基因型的研究[J]. 王林柏,孫久鶴,郭東春,曹培麗,劉家森,劉春國,劉大飛,曲連東. 中國預(yù)防獸醫(yī)學(xué)報. 2016(02)
[4]禽霍亂巴氏桿菌的分離 鑒定與致病性研究[J]. 于成接,丁優(yōu)玲,華亞峰,金梅林,張安定. 中國獸醫(yī)雜志. 2013(02)
碩士論文
[1]我國部分省區(qū)豬源多殺性巴氏桿菌的分子流行病學(xué)調(diào)查[D]. 王豪男.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2017
[2]多殺性巴氏桿菌全基因組測序與比較基因組學(xué)分析[D]. 劉文靜.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2012
本文編號：3294631
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