綠色棉纖維轉錄組分析及4CL基因家族的鑒定
發(fā)布時間:2021-06-23 23:04
目的:天然彩色棉是一種纖維成熟吐絮時自身具有顏色的棉花。天然彩色棉纖維作為一種環(huán)境友好型材料,其織物具有無化學殘留、親膚、抗菌等優(yōu)良性能,市場潛力和經(jīng)濟效益很高。但是天然彩色棉纖維顏色單調,色牢度和色飽和度低的問題限制了其發(fā)展。由于缺乏除棕色和綠色之外的其他彩色棉種質資源,無法用常規(guī)育種手段改良彩色棉品種。因此,明確纖維色素合成的代謝-轉錄調控網(wǎng)絡,挖掘控制天然彩色棉纖維色素合成及調控基因,對天然彩色棉纖維品質和色澤品質改良具有重要的意義。方法:本研究利用轉錄組和代謝組學方法對綠色棉及其近等基因系白色棉12、18和24 DPA纖維的轉錄物和代謝物進行比較;對綠色棉纖維色素合成的核心基因Gh4CL的家族成員進行全基因組鑒定和生物信息學分析,并對在綠色棉纖維中表達的Ⅰ類和Ⅱ類Gh4CL進行酶動力學分析;構建Gh4CL基因CRISPR/Cas9基因編輯敲除和過表達載體,遺傳轉化綠色棉,對獲得的再生植株進行鑒定和分析。結果和結論:(1)綠色棉及其近等基因系白色棉12、18和24 DPA纖維的代謝組學研究發(fā)現(xiàn),在綠色棉纖維(GCF)和白色棉纖維(WCF)中共有2047個非冗余差異代謝物,富集到8...
【文章來源】:石河子大學新疆維吾爾自治區(qū) 211工程院校
【文章頁數(shù)】:135 頁
【學位級別】:博士
【部分圖文】:
白色棉和綠色棉纖維的橫切面(Yatsuetal.,1983)
綠色棉纖維轉錄組分析及4CL基因家族的鑒定8圖1-2苯丙烷途徑及4CL作為關鍵分支點酶的作用(Lavhaleetal.,2018)Fig.1-2Generalphenylpropanoidpathwayandroleof4CLasakeybranchpointenzyme(Lavhaleetal.,2018)1.2.14CL基因家族分析在植物中,4CL通常以基因家族形式存在,目前已對多個物種的4CL家族成員進行了鑒定,例如擬南芥(Costaetal.,2003)、水稻(Guietal.,2011;Sunetal.,2013)、毛果楊(Shietal.,2010)、碭山梨(曹運鵬等,2015)、丹參(Wangetal.,2014)、大豆(Lindermayretal.,2002)、覆盆子(Kumaretal.,2001)和菘藍(周洵,2013)。4CL氨基酸序列包含兩個保守的多肽基序BoxⅠ(SSGTTGLPKGV)和BoxⅡ(GEICIRG)。N端保守多肽基序BoxI為AMP結合結構域,不僅在4CL家族中高度保守,在熒光素酶、乙酰CoA合成酶、長鏈脂肪;鵆oA合成酶和肽合成酶中也高度保守,是4CL蛋白催化底物的活性中心(GochtandMarahiel,1994;Stachelhausetal.,1999;Stuibleetal.,2000;Branchinietal.,2000;Challis,2000;StuibleandKombrink,2001)。BoxⅡ為4CL的絕對保守域,僅在極少數(shù)4CL氨基酸序列有輕微不同。該保守域的半胱氨酸殘基(Cys)可能參與催化反應,將Cys突變?yōu)楸彼幔ˋla)后仍具有酶活性,但BoxⅡ缺失酶活性則完全喪失,推測這一多肽序列可能與穩(wěn)定蛋白活性空間構象相關(ZhangandChang,1997;OhmiyaandTsuji,1997;Stuibleetal.,2000;StuibleandKombrink,2001)。
綠色棉纖維轉錄組分析及4CL基因家族的鑒定12第二章綠色棉纖維轉錄組及代謝組分析綠色棉纖維在20DPA左右開始顯現(xiàn)綠色,并隨著纖維發(fā)育顏色逐漸加深(Lietal.,2013)。但綠色棉纖維在成熟后,顏色不穩(wěn)定,易受酸堿,金屬離子,光照等的影響。前人對綠色棉纖維色素物質進行提取和分離,包含兩部分物質,根據(jù)光譜特性推測其黃色組分為咖啡酸酯,質譜鑒定咖啡酸為其無色組分唯一的酚類物質(Schmutzetal.,1993;Schmutzetal.,1994)。進一步研究表明,綠色棉主要色素物質為咖啡酸及咖啡酸衍生物22-O-咖啡;-22-羥基二十二酸單甘油酯和22-O-咖啡酰基-22-羥基二十二烷酸(楊永林等,2009;Maetal.,2015;Fengetal.,2017)。雖然已經(jīng)對綠色棉纖維色素物質進行了鑒定,但其形成的分子機制仍有待深入研究。本實驗以綠色棉(新彩棉7號)及其白色棉近等基因系三個發(fā)育時期(12,18和24DPA)纖維為材料,通過轉錄組測序和代謝組分析的方法來探索綠色棉纖維發(fā)育過程中色素物質形成的物質基礎和分子機制。2.1材料與方法2.1.1材料植物材料:所用材料為綠色棉品種新彩棉7號(C7)及其白色棉近等基因系(C7-NIL),種植于石河子大學試驗場二連棉花所(44°27N,85°94E)。在棉花盛花期(7月份)開花當天掛牌標記,收集12,18和24DPA(dayspostanthesis,開花后天數(shù))的棉鈴,從胚珠上剝離纖維細胞,液氮中速凍后保存于-80℃冰箱備用。綠色棉纖維(GCF)在三個時期分別命名為G12,G18和G24。白色棉纖維(WCF)在三個時期分別命名為W12,W18和W24(圖2-1)。圖2-112DPA,18DPA和24DPA的綠色棉纖維和白色棉纖維Fig.2-1FiberoftheGCFandWCFat12,18,and24DPA
本文編號:3245832
【文章來源】:石河子大學新疆維吾爾自治區(qū) 211工程院校
【文章頁數(shù)】:135 頁
【學位級別】:博士
【部分圖文】:
白色棉和綠色棉纖維的橫切面(Yatsuetal.,1983)
綠色棉纖維轉錄組分析及4CL基因家族的鑒定8圖1-2苯丙烷途徑及4CL作為關鍵分支點酶的作用(Lavhaleetal.,2018)Fig.1-2Generalphenylpropanoidpathwayandroleof4CLasakeybranchpointenzyme(Lavhaleetal.,2018)1.2.14CL基因家族分析在植物中,4CL通常以基因家族形式存在,目前已對多個物種的4CL家族成員進行了鑒定,例如擬南芥(Costaetal.,2003)、水稻(Guietal.,2011;Sunetal.,2013)、毛果楊(Shietal.,2010)、碭山梨(曹運鵬等,2015)、丹參(Wangetal.,2014)、大豆(Lindermayretal.,2002)、覆盆子(Kumaretal.,2001)和菘藍(周洵,2013)。4CL氨基酸序列包含兩個保守的多肽基序BoxⅠ(SSGTTGLPKGV)和BoxⅡ(GEICIRG)。N端保守多肽基序BoxI為AMP結合結構域,不僅在4CL家族中高度保守,在熒光素酶、乙酰CoA合成酶、長鏈脂肪;鵆oA合成酶和肽合成酶中也高度保守,是4CL蛋白催化底物的活性中心(GochtandMarahiel,1994;Stachelhausetal.,1999;Stuibleetal.,2000;Branchinietal.,2000;Challis,2000;StuibleandKombrink,2001)。BoxⅡ為4CL的絕對保守域,僅在極少數(shù)4CL氨基酸序列有輕微不同。該保守域的半胱氨酸殘基(Cys)可能參與催化反應,將Cys突變?yōu)楸彼幔ˋla)后仍具有酶活性,但BoxⅡ缺失酶活性則完全喪失,推測這一多肽序列可能與穩(wěn)定蛋白活性空間構象相關(ZhangandChang,1997;OhmiyaandTsuji,1997;Stuibleetal.,2000;StuibleandKombrink,2001)。
綠色棉纖維轉錄組分析及4CL基因家族的鑒定12第二章綠色棉纖維轉錄組及代謝組分析綠色棉纖維在20DPA左右開始顯現(xiàn)綠色,并隨著纖維發(fā)育顏色逐漸加深(Lietal.,2013)。但綠色棉纖維在成熟后,顏色不穩(wěn)定,易受酸堿,金屬離子,光照等的影響。前人對綠色棉纖維色素物質進行提取和分離,包含兩部分物質,根據(jù)光譜特性推測其黃色組分為咖啡酸酯,質譜鑒定咖啡酸為其無色組分唯一的酚類物質(Schmutzetal.,1993;Schmutzetal.,1994)。進一步研究表明,綠色棉主要色素物質為咖啡酸及咖啡酸衍生物22-O-咖啡;-22-羥基二十二酸單甘油酯和22-O-咖啡酰基-22-羥基二十二烷酸(楊永林等,2009;Maetal.,2015;Fengetal.,2017)。雖然已經(jīng)對綠色棉纖維色素物質進行了鑒定,但其形成的分子機制仍有待深入研究。本實驗以綠色棉(新彩棉7號)及其白色棉近等基因系三個發(fā)育時期(12,18和24DPA)纖維為材料,通過轉錄組測序和代謝組分析的方法來探索綠色棉纖維發(fā)育過程中色素物質形成的物質基礎和分子機制。2.1材料與方法2.1.1材料植物材料:所用材料為綠色棉品種新彩棉7號(C7)及其白色棉近等基因系(C7-NIL),種植于石河子大學試驗場二連棉花所(44°27N,85°94E)。在棉花盛花期(7月份)開花當天掛牌標記,收集12,18和24DPA(dayspostanthesis,開花后天數(shù))的棉鈴,從胚珠上剝離纖維細胞,液氮中速凍后保存于-80℃冰箱備用。綠色棉纖維(GCF)在三個時期分別命名為G12,G18和G24。白色棉纖維(WCF)在三個時期分別命名為W12,W18和W24(圖2-1)。圖2-112DPA,18DPA和24DPA的綠色棉纖維和白色棉纖維Fig.2-1FiberoftheGCFandWCFat12,18,and24DPA
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