基于全基因組選擇信號挖掘中國地方綿羊在馴化過程中的選擇印記
發(fā)布時間：2021-06-20 20:39
綿羊是世界上最早被馴化的家養(yǎng)動物之一,也是新石器時代人類馴化最成功的動物之一。經(jīng)過長期的馴化,綿羊在形態(tài)、生理和行為等方面與其野生祖先相比均發(fā)生了巨大的變化。之后,綿羊隨著人類活動的遷徙,擴散至世界的各個角落,形成了性狀特征各異的不同品種或類群。然而這些在馴化過程中形成的表型變異和馴化后在特定自然生態(tài)條件和人工選擇的作用下分化成具有不同表型特征的品種的分子機理仍不清楚。我國養(yǎng)羊歷史悠久,遺傳資源極為豐富,是研究綿羊馴化模式和品種分化遺傳機理的理想遺傳資源。本研究利用全基因組重測序技術(shù),比較分析亞洲摩弗倫野羊（Ovis orientalis）與阿勒泰羊、多浪羊、湖羊、蒙古羊和藏羊等5個具有代表性的中國地方綿羊品種（Ovis aries）在全基因組水平的差異,構(gòu)建上述5個中國地方綿羊品種的遺傳變異圖譜,分析其與野羊之間的遺傳關(guān)系,鑒定其在馴化過程中受到選擇的染色體區(qū)域及基因。取得結(jié)果如下:（1）本研究采集了338份來自阿勒泰羊、多浪羊、湖羊、蒙古羊和藏羊等5個具有代表性的中國地方綿羊品種的全血樣,按照個體DNA等量混合的策略每個品種構(gòu)建2個DNA混合池,進行全基因組重測序,共生成了1.42...
【文章來源】：華中農(nóng)業(yè)大學(xué)湖北省 211工程院校 教育部直屬院校
【文章頁數(shù)】：160 頁
【學(xué)位級別】：博士
【部分圖文】：
世界主要綿羊的遷徙事件和路線圖（Lvetal.2015）
基于全基因組選擇信號挖掘中國地方綿羊在馴化過程中的選擇印記異信息，再利用已經(jīng)發(fā)展成熟的選擇信號檢測方法 “選擇性清掃（seleceep）”，在全基因組水平上掃描家養(yǎng)動物群體中在馴化過程中受到正向選擇的區(qū)基因（Jensen et al. 2007）。其基本原理是，由于正向選擇通常會造成受選擇位點多態(tài)性降低，同時有利變異的積累往往引起選擇性清掃或者搭載效應(yīng)（hitchifort）。選擇性清掃是指受選擇位點兩側(cè)的序列多態(tài)性會因搭載效應(yīng)而保持很低平，而搭載效應(yīng)是指對正向選擇位點的選擇作用會因連鎖引起鄰近的連鎖位點的上升，二者本質(zhì)一致，其實就是一種現(xiàn)象的兩種表現(xiàn)（圖 1-2）（Biswas and A06）。此外，正向選擇往往會引起連鎖不平衡的增加，即不同基因座位的兩個等因出現(xiàn)在同一條染色體上的頻率與隨機組合出現(xiàn)的頻率不一致的情況（W08）。上述這些受選擇位點在基因組上留下的選擇痕跡或選擇特征均是用來檢測選擇信號（Nielsen 2005）。
致家雞整體視力的退化（Wang et al. 2016a）。上，如山羊（Wang et al. 2016c）、牛（Kim et al. 201（Chao et al. 2016），利用海量基因組數(shù)據(jù)分析其與基因組水平解析上述動物的馴化歷程的研究已陸續(xù)過程中選擇模式的研究提供思路和線索。涉及的具有代表性的 5 個中國地方綿羊品種種資源豐富，擁有 98 個綿羊品種，其中地方品種 33 個，廣泛分布于從高海拔的青藏高原到地勢較低據(jù)地理分布和遺傳關(guān)系，中國家綿羊可分為藏系綿三大譜系。本研究中涉及的 5 個中國地方綿羊品種羊（圖 1-4）、湖羊（圖 1-6）、蒙古羊（圖 1-7）和（Altay sheep）
【參考文獻】：
期刊論文
[1]藏族“放生”習(xí)俗[J]. 高城. 尋根. 2015(01)
[2]用mtDNA D-環(huán)序列探討蒙古和中國綿羊的起源及遺傳多樣性[J]. 羅玉柱,成述儒,Batsuuri Lkhagva,D.Badamdorj,Olivier Hanotte,韓建林. 遺傳學(xué)報. 2005(12)
[3]Chronic mountain sickness on the Qinghai-Tibetan plateau[J]. WU Tian yi High Altitude Medical Research Institute, Xining 810012, China High Altitude Medical Research Institute, Xining 810012, China. Chinese Medical Journal. 2005(02)
[4]華縣、渭南古代遺址調(diào)查與試掘[J]. 張忠培. 考古學(xué)報. 1980(03)
[5]裴李崗遺址一九七八年發(fā)掘簡報[J]. 李友謀. 考古. 1979(03)
[6]陜西西安半坡新石器時代遺址中之獸類骨骼[J]. 李有恆,韓德芬. 古脊椎動物與古人類. 1959(04)
博士論文
[1]全基因組重測序揭示中國短脂尾綿羊微進化關(guān)系及繁殖相關(guān)基因的遺傳變異[D]. 劉昭華.山東農(nóng)業(yè)大學(xué) 2015
[2]通城豬兩頭烏毛色遺傳規(guī)律研究及其全基因組選擇區(qū)域分析[D]. 汪超.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2014
碩士論文
[1]綿羊全基因組連鎖不平衡分析和選擇信號檢測[D]. 王光凱.中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院 2014
本文編號：3239892
【文章來源】：華中農(nóng)業(yè)大學(xué)湖北省 211工程院校 教育部直屬院校
【文章頁數(shù)】：160 頁
【學(xué)位級別】：博士
【部分圖文】：
世界主要綿羊的遷徙事件和路線圖（Lvetal.2015）
基于全基因組選擇信號挖掘中國地方綿羊在馴化過程中的選擇印記異信息，再利用已經(jīng)發(fā)展成熟的選擇信號檢測方法 “選擇性清掃（seleceep）”，在全基因組水平上掃描家養(yǎng)動物群體中在馴化過程中受到正向選擇的區(qū)基因（Jensen et al. 2007）。其基本原理是，由于正向選擇通常會造成受選擇位點多態(tài)性降低，同時有利變異的積累往往引起選擇性清掃或者搭載效應(yīng)（hitchifort）。選擇性清掃是指受選擇位點兩側(cè)的序列多態(tài)性會因搭載效應(yīng)而保持很低平，而搭載效應(yīng)是指對正向選擇位點的選擇作用會因連鎖引起鄰近的連鎖位點的上升，二者本質(zhì)一致，其實就是一種現(xiàn)象的兩種表現(xiàn)（圖 1-2）（Biswas and A06）。此外，正向選擇往往會引起連鎖不平衡的增加，即不同基因座位的兩個等因出現(xiàn)在同一條染色體上的頻率與隨機組合出現(xiàn)的頻率不一致的情況（W08）。上述這些受選擇位點在基因組上留下的選擇痕跡或選擇特征均是用來檢測選擇信號（Nielsen 2005）。
致家雞整體視力的退化（Wang et al. 2016a）。上，如山羊（Wang et al. 2016c）、牛（Kim et al. 201（Chao et al. 2016），利用海量基因組數(shù)據(jù)分析其與基因組水平解析上述動物的馴化歷程的研究已陸續(xù)過程中選擇模式的研究提供思路和線索。涉及的具有代表性的 5 個中國地方綿羊品種種資源豐富，擁有 98 個綿羊品種，其中地方品種 33 個，廣泛分布于從高海拔的青藏高原到地勢較低據(jù)地理分布和遺傳關(guān)系，中國家綿羊可分為藏系綿三大譜系。本研究中涉及的 5 個中國地方綿羊品種羊（圖 1-4）、湖羊（圖 1-6）、蒙古羊（圖 1-7）和（Altay sheep）
【參考文獻】：
期刊論文
[1]藏族“放生”習(xí)俗[J]. 高城. 尋根. 2015(01)
[2]用mtDNA D-環(huán)序列探討蒙古和中國綿羊的起源及遺傳多樣性[J]. 羅玉柱,成述儒,Batsuuri Lkhagva,D.Badamdorj,Olivier Hanotte,韓建林. 遺傳學(xué)報. 2005(12)
[3]Chronic mountain sickness on the Qinghai-Tibetan plateau[J]. WU Tian yi High Altitude Medical Research Institute, Xining 810012, China High Altitude Medical Research Institute, Xining 810012, China. Chinese Medical Journal. 2005(02)
[4]華縣、渭南古代遺址調(diào)查與試掘[J]. 張忠培. 考古學(xué)報. 1980(03)
[5]裴李崗遺址一九七八年發(fā)掘簡報[J]. 李友謀. 考古. 1979(03)
[6]陜西西安半坡新石器時代遺址中之獸類骨骼[J]. 李有恆,韓德芬. 古脊椎動物與古人類. 1959(04)
博士論文
[1]全基因組重測序揭示中國短脂尾綿羊微進化關(guān)系及繁殖相關(guān)基因的遺傳變異[D]. 劉昭華.山東農(nóng)業(yè)大學(xué) 2015
[2]通城豬兩頭烏毛色遺傳規(guī)律研究及其全基因組選擇區(qū)域分析[D]. 汪超.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2014
碩士論文
[1]綿羊全基因組連鎖不平衡分析和選擇信號檢測[D]. 王光凱.中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院 2014
本文編號：3239892
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