牦牛產(chǎn)肉性能的遺傳改良是牦牛育種工作的重點(diǎn)。生長性狀和代謝性狀如血清生化指標(biāo)對(duì)于其產(chǎn)肉能力至關(guān)重要。本研究基于Illunima Bovine HD Bead Chip芯片對(duì)354頭牦牛生長性狀及血清生化指標(biāo)進(jìn)行全基因組關(guān)聯(lián)分析,并進(jìn)行全基因組拷貝數(shù)變異檢測(cè)及其與生長性狀的關(guān)聯(lián)分析,以挖掘影響牦牛生長和血清生化指標(biāo)的遺傳位點(diǎn)及相關(guān)候選基因。研究結(jié)果如下:1.本研究采用三種多位點(diǎn)GWAS方法,對(duì)牦牛6月齡、12月齡、18月齡和30月齡的體重、體高、體長和胸圍進(jìn)行了遺傳基礎(chǔ)解析及候選基因挖掘。研究共發(fā)現(xiàn)385個(gè)顯著關(guān)聯(lián)SNP位點(diǎn)。其中,有18個(gè)位點(diǎn)與兩個(gè)不同的生長性狀顯著相關(guān),有3個(gè)位點(diǎn)與3個(gè)不同的生長性狀顯著相關(guān)。385個(gè)位點(diǎn)中有116個(gè)位于前人研究報(bào)道過的相關(guān)性狀QTL附近或內(nèi)部。在顯著關(guān)聯(lián)位點(diǎn)附近,共找到268個(gè)潛在候選基因,其中55個(gè)基因?yàn)橛绊戧笈ＩL發(fā)育的關(guān)鍵候選基因。2.采用三種多位點(diǎn)GWAS方法,對(duì)牦牛血清總蛋白、白蛋白、谷丙轉(zhuǎn)氨酶、谷草轉(zhuǎn)氨酶、堿性磷酸酶、谷氨酰氨基轉(zhuǎn)移酶、乳酸脫氫酶、尿素、葡萄糖、甘油三酯及總膽固醇等11個(gè)代謝相關(guān)血清生化指標(biāo)進(jìn)行遺傳定位。在基因組上共找到2... 

【文章來源】：西北農(nóng)林科技大學(xué)陜西省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：193 頁

【學(xué)位級(jí)別】：博士

【文章目錄】：
摘要
ABSTRACT
第一章 文獻(xiàn)綜述
    1.1 全基因組關(guān)聯(lián)分析研究進(jìn)展
        1.1.1 全基因組關(guān)聯(lián)分析概述
        1.1.2 影響GWAS檢驗(yàn)功效的因素
        1.1.3 GWAS在牛重要經(jīng)濟(jì)性狀遺傳定位中的研究
    1.2 牛生長性狀遺傳定位研究進(jìn)展
        1.2.1 牛生長性狀遺傳定位概述
        1.2.2 牛生長性狀遺傳定位研究進(jìn)展
    1.3 血清生化指標(biāo)遺傳定位研究進(jìn)展
        1.3.1 血清生化指標(biāo)概述
        1.3.2 家畜血清生化指標(biāo)遺傳定位研究
    1.4 拷貝數(shù)變異及其在牛上的研究進(jìn)展
        1.4.1 拷貝數(shù)變異概述
        1.4.2 拷貝數(shù)變異在牛上的應(yīng)用
    1.5 本研究的目的與意義
第二章 牦牛生長性狀全基因組關(guān)聯(lián)分析
    2.1 材料和方法
        2.1.1 試驗(yàn)動(dòng)物
        2.1.2 表型信息及血樣采集
        2.1.3 基因分型及質(zhì)控
        2.1.4 全基因組關(guān)聯(lián)分析
        2.1.5 顯著關(guān)聯(lián)位點(diǎn)的基因及QTL注釋
    2.2 結(jié)果與分析
        2.2.1 表型數(shù)據(jù)的描述性統(tǒng)計(jì)分析
        2.2.2 基因型數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)
        2.2.3 全基因組關(guān)聯(lián)分析結(jié)果
    2.3 討論
        2.3.1 6月齡生長性狀的GWAS結(jié)果
        2.3.2 12月齡生長性狀的GWAS結(jié)果
        2.3.3 18月齡生長性狀的GWAS結(jié)果
        2.3.4 30月齡生長性狀的GWAS結(jié)果
        2.3.5 不同生長性狀間GWAS結(jié)果比較
    2.4 小結(jié)
第三章 血清生化指標(biāo)的全基因組關(guān)聯(lián)分析
    3.1 材料和方法
        3.1.1 試驗(yàn)動(dòng)物
        3.1.2 表型信息采集
        3.1.3 基因分型及質(zhì)控
        3.1.4 全基因組關(guān)聯(lián)分析
        3.1.5 顯著關(guān)聯(lián)位點(diǎn)的基因注釋
    3.2 結(jié)果與分析
        3.2.1 表型數(shù)據(jù)的描述性統(tǒng)計(jì)分析
        3.2.2 基因型數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)
        3.2.3 全基因組關(guān)聯(lián)分析結(jié)果
    3.3 討論
        3.3.1 血清總蛋白、白蛋白及尿素的GWAS結(jié)果
        3.3.2 谷丙轉(zhuǎn)氨酶、谷草轉(zhuǎn)氨酶及谷氨酰氨基轉(zhuǎn)移酶的GWAS結(jié)果
        3.3.3 堿性磷酸酶、乳酸脫氫酶及葡萄糖的GWAS結(jié)果
        3.3.4 甘油三酯及總膽固醇的GWAS結(jié)果
    3.4 小結(jié)
第四章 牦牛全基因組拷貝數(shù)變異圖譜構(gòu)建
    4.1 材料和方法
        4.1.1 試驗(yàn)動(dòng)物
        4.1.2 基因分型
        4.1.3 全基因組拷貝數(shù)變異及拷貝數(shù)變異區(qū)段檢測(cè)
        4.1.4 拷貝數(shù)變異區(qū)段的熒光定量PCR驗(yàn)證
        4.1.5 拷貝數(shù)變異區(qū)段基因注釋及功能富集
        4.1.6 拷貝數(shù)變異區(qū)段的QTL注釋
        4.1.7 拷貝數(shù)變異區(qū)段與其他研究的比較
    4.2 結(jié)果與分析
        4.2.1 全基因組拷貝數(shù)變異及拷貝數(shù)變異區(qū)段檢測(cè)
        4.2.2 拷貝數(shù)變異區(qū)段的qPCR驗(yàn)證
        4.2.3 拷貝數(shù)變異區(qū)段的基因注釋及功能富集
        4.2.4 拷貝數(shù)變異區(qū)段的QTL注釋
        4.2.5 拷貝數(shù)變異區(qū)段與其他研究的比較
    4.3 討論
        4.3.1 牦�；蚪M拷貝數(shù)變異區(qū)段檢測(cè)
        4.3.2 拷貝數(shù)變異區(qū)段功能富集揭示其高原適應(yīng)性分子機(jī)制
        4.3.3 拷貝數(shù)變異區(qū)段包含重要經(jīng)濟(jì)性狀QTL
    4.4 小結(jié)
第五章 基于拷貝數(shù)變異的生長性狀全基因組關(guān)聯(lián)分析
    5.1 材料和方法
        5.1.1 試驗(yàn)動(dòng)物
        5.1.2 基因分型
        5.1.3 全基因組拷貝數(shù)變異及拷貝數(shù)變異區(qū)段檢測(cè)
        5.1.4 基于拷貝數(shù)變異的全基因組關(guān)聯(lián)分析
        5.1.5 顯著關(guān)聯(lián)區(qū)段的基因注釋及QTL注釋
    5.2 結(jié)果與分析
        5.2.1 生長性狀的全基因組關(guān)聯(lián)分析
        5.2.2 顯著關(guān)聯(lián)CNVR中的QTL
    5.3 討論
    5.4 小結(jié)
第六章 結(jié)論
    6.1 結(jié)論
    6.2 創(chuàng)新點(diǎn)
參考文獻(xiàn)
附錄
致謝
個(gè)人簡(jiǎn)歷


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]Fasciculation and elongation zeta proteins 1 and 2: From structural flexibility to functional diversity[J]. Mariana Bertini Teixeira,Marcos Rodrigo Alborghetti,J?rg Kobarg.  World Journal of Biological Chemistry. 2019(02)
[2]Genome-Wide Association Study for Certain Carcass Traits and Organ Weights in a Large White×Minzhu Intercross Porcine Population[J]. LIU Xin,WANG Li-gang,LIANG Jing,YAN Hua,ZHAO Ke-bin,LI Na,ZHANG Long-chao,WANG Li-xian.  Journal of Integrative Agriculture. 2014(12)

博士論文
[1]牦牛全基因組CNV及高原適應(yīng)性候選基因（HO1）的研究[D]. 張全偉.甘肅農(nóng)業(yè)大學(xué) 2015



本文編號(hào)：3168181