本文關(guān)鍵詞：浙江省地方豬群體遺傳結(jié)構(gòu)研究

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【摘要】：浙江省地處中國(guó)東南部,擁有豐富的豬種資源。這些浙江省地方豬種雖然生長(zhǎng)速度慢,飼料轉(zhuǎn)化率低,但是繁殖力高、抗病力強(qiáng)、性早熟而且肉質(zhì)鮮美。根據(jù)2011版的《中國(guó)畜禽遺傳資源志·豬志》的報(bào)道,浙江省地方豬種包括碧湖豬、淳安花豬、岔路黑豬、金華兩頭烏、嘉興黑豬、嵊縣花豬以及蘭溪花豬,對(duì)于這些群體的劃分主要依賴于表型而缺乏分子層面上的研究。迄今為止,國(guó)內(nèi)外科學(xué)家對(duì)浙江省地方豬的研究只有關(guān)于金華兩頭烏的報(bào)道,而對(duì)其他地方品種的研究還停留在利用微衛(wèi)星分子標(biāo)記的水平上。在全基因組層面上對(duì)所有浙江省地方豬種進(jìn)行遺傳變異研究尚未見報(bào)道。同時(shí),為了提高瘦肉率,不少豬場(chǎng)無節(jié)制的引入外來品種卻缺乏有效的保種措施,有些寶貴的地方品種已經(jīng)處于滅絕邊緣。因此,在分子層面上進(jìn)一步深刻揭示浙江省地方豬種遺傳水平,進(jìn)而有效保護(hù)品種已經(jīng)刻不容緩。隨著第二代測(cè)序技術(shù)的發(fā)展,低成本、高覆蓋的高通量測(cè)序應(yīng)用越來越普遍,從而使得從全基因組層面上研究地方豬種成為可能。因此本實(shí)驗(yàn)的主要研究目的是利用GGRS簡(jiǎn)化基因組測(cè)序技術(shù),在全基因組范圍內(nèi)對(duì)浙江省地方豬種進(jìn)行遺傳變異的檢測(cè)并通過對(duì)遺傳多樣性、群體結(jié)構(gòu)以及連鎖不平衡的分析驗(yàn)證品種劃分的合理性,同時(shí)在分子水平上更深刻的認(rèn)識(shí)這些品種,了解不同品種的分子特種,從而對(duì)今后的保種工作提供建議和依據(jù)。研究?jī)?nèi)容和結(jié)果如下：(1)全基因組遺傳變異檢測(cè)：本實(shí)驗(yàn)利用GGRS簡(jiǎn)化基因組測(cè)序平臺(tái)對(duì)7個(gè)浙江省地方品種共計(jì)361個(gè)樣本構(gòu)建基因組文庫(kù)并進(jìn)行全基因組遺傳變異檢測(cè)。經(jīng)過iBLUP軟件進(jìn)行基因型填補(bǔ)和質(zhì)控之后,我們檢測(cè)到SNP標(biāo)記共計(jì)108603個(gè),這些SNP在染色體上分布均勻,數(shù)量均一。通過對(duì)參考基因組進(jìn)行匹配,這些SNP標(biāo)記中有31.6%位于基因上。這些標(biāo)記在豐富中國(guó)地方豬種遺傳變異標(biāo)記數(shù)據(jù)庫(kù)的同時(shí),也為后續(xù)分析提供了基礎(chǔ)。(2)遺傳多樣性和群體結(jié)構(gòu)分析：本實(shí)驗(yàn)利用檢測(cè)出的遺傳變異標(biāo)記對(duì)浙江省地方豬品種的遺傳多樣性和群體結(jié)構(gòu)進(jìn)行分析。遺傳多樣性的分析主要包含了三個(gè)參數(shù),其中期望雜合度(HE)的計(jì)算結(jié)果顯示,外國(guó)豬種HE范圍介于0.389～0.395,略高于浙江省地方豬種(0.359～0.382)；而等位基因豐度(AR)和標(biāo)記多態(tài)比例(PN)的計(jì)算結(jié)果表明,浙江省地方豬相比外國(guó)豬種具有較高的遺傳多樣性,其中岔路黑豬的多樣性程度最高(AR=1.97, PN=0.99),長(zhǎng)白豬最低(AR=1.82, PN=0.84)。系統(tǒng)發(fā)生樹、主成分分析和群體遺傳結(jié)構(gòu)的研究結(jié)果均表明,浙江省地方豬群體之間能夠清晰獨(dú)立聚類,且群體之間的遺傳距離較外來豬種群體內(nèi)要更大。以上結(jié)果表明,地方豬種之間的差異比外國(guó)品種之間的差異還要大,浙江省地方豬種的品種劃分在分子水平上是合理的,并且每個(gè)品種都具有自己獨(dú)特的分子特征。(3)連鎖不平衡分析：連鎖不平衡衰減分析表明,浙江省地方豬種的連鎖不平衡程度比外國(guó)豬種要低,連鎖不平衡的衰減更為明顯。同時(shí)對(duì)連鎖不平衡區(qū)間的估計(jì)顯示,浙江省地方豬種的連鎖不平衡區(qū)間范圍介于188.2kb～280.6kb之間,而外國(guó)豬種的連鎖不平衡區(qū)間范圍介于680.3kb～752.8kb之間。這主要和浙江省地方豬種在漫長(zhǎng)的馴化中經(jīng)歷的選擇程度較低有關(guān)。通過對(duì)群體內(nèi)連鎖不平衡程度的估計(jì),為我們對(duì)今后的分析和保種工作提供了寶貴依據(jù)�？偨Y(jié)：(1)本試驗(yàn)利用GGRS簡(jiǎn)化基因組技術(shù),首次在分子層面上揭示了浙江省七個(gè)地方豬種的遺傳變異水平,獲得高密度的SNP標(biāo)記,并且為這些SNPs功能進(jìn)行了初步預(yù)測(cè),為建立中國(guó)地方豬種質(zhì)資源遺傳變異數(shù)據(jù)庫(kù)提供了基礎(chǔ),也為后續(xù)的分析提供了依據(jù)。(2)本試驗(yàn)利用高密度SNP標(biāo)記,首次對(duì)浙江省七個(gè)地方豬種進(jìn)行了遺傳多樣性和遺傳結(jié)構(gòu)的評(píng)估。研究表明浙江省地方豬相比于外國(guó)豬具有更高的遺傳多樣性水平,群體間遺傳多樣性水平的預(yù)測(cè)和群體結(jié)構(gòu)的分析更是從分子遺傳的角度上驗(yàn)證了這些品種的劃分的合理性。同時(shí)利用這些高密度的SNP標(biāo)記對(duì)這些群體的連鎖不平衡程度進(jìn)行了評(píng)估,填補(bǔ)了浙江省地方豬種連鎖不平衡區(qū)間研究的空白,對(duì)后續(xù)的GWAS和GS研究提供了理論依據(jù)。
【學(xué)位授予單位】：浙江大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：博士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類號(hào)】：S828

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1 王希彪;不應(yīng)把地方豬種說成“劣種”[J];黑龍江畜牧獸醫(yī);2001年05期

2 胡友根;地方豬種開發(fā)利用求生存[J];上海畜牧獸醫(yī)通訊;2002年01期

3 魏述東,曹洪防;中國(guó)優(yōu)良地方豬種——萊蕪豬[J];農(nóng)村百事通;2004年08期

4 魏述東,曹洪防;中國(guó)優(yōu)良地方豬種——萊蕪豬[J];河北畜牧獸醫(yī);2004年06期

5 張永泰;應(yīng)重視保持和利用我國(guó)地方豬種的肉質(zhì)優(yōu)勢(shì)[J];養(yǎng)豬;2005年02期

6 老兵;;全國(guó)地方豬種保護(hù)和利用協(xié)作組第三次年會(huì)暨學(xué)術(shù)研討會(huì)于11月15～16日在江西省玉山縣召開[J];養(yǎng)豬;2005年06期

7 王林云;曾勇慶;高勤學(xué);談?dòng)浪?周波;劉梅;黃瑞華;;對(duì)我國(guó)地方豬種若干特性的分子生物學(xué)研究[J];畜禽業(yè);2006年01期

8 王天喜;嚴(yán)達(dá)偉;譚鴻明;袁躍云;楊榮昆;連林生;;地方豬種在云南養(yǎng)豬產(chǎn)業(yè)中作用的調(diào)研報(bào)告[J];養(yǎng)豬;2006年01期

9 羅明;;地方豬種商機(jī)何在[J];豬業(yè)科學(xué);2006年04期

10 張偉力;朱建和;;論中國(guó)地方豬種優(yōu)良肉質(zhì)的形成因素[J];養(yǎng)豬;2006年06期

中國(guó)重要會(huì)議論文全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前10條

1 連林生;;中國(guó)地方豬種的保種及開發(fā)[A];《2010中國(guó)豬業(yè)進(jìn)展》論文集[C];2010年

2 黃瑞華;;地方豬種資源保護(hù)與利用協(xié)作組的成立與活動(dòng)[A];養(yǎng)豬三十年記——紀(jì)念中國(guó)改革開放養(yǎng)豬30年文集（1978-2007）[C];2010年

3 經(jīng)榮斌;;江蘇省地方豬種的保存和選育的演變[A];養(yǎng)豬三十年記——紀(jì)念中國(guó)改革開放養(yǎng)豬30年文集（1978-2007）[C];2010年

4 尚麗娟;邊連全;劉顯軍;陳靜;王胤;;遼寧地方豬種間肉質(zhì)的分析[A];第八屆沈陽科學(xué)學(xué)術(shù)年會(huì)論文集[C];2011年

5 張永泰;;中國(guó)地方豬種的肉質(zhì)優(yōu)勢(shì)[A];2004東北養(yǎng)豬研究會(huì)學(xué)術(shù)年會(huì)論文集[C];2004年

6 連林生;嚴(yán)達(dá)偉;;地方豬種可持續(xù)利用探討[A];第一屆中國(guó)養(yǎng)豬生產(chǎn)和疾病控制技術(shù)大會(huì)——2005中國(guó)畜牧獸醫(yī)學(xué)會(huì)學(xué)術(shù)年會(huì)論文集[C];2005年

7 羅明;;地方豬種保種時(shí)要重視生活環(huán)境的影響[A];全國(guó)畜禽遺傳資源保護(hù)與利用學(xué)術(shù)研討會(huì)論文集[C];2005年

8 趙連生;;我國(guó)地方豬種在產(chǎn)業(yè)化發(fā)展中的作用[A];中國(guó)豬業(yè)發(fā)展大會(huì)暨中國(guó)畜牧業(yè)協(xié)會(huì)豬業(yè)分會(huì)第二屆會(huì)員代表大會(huì)論文集[C];2007年

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本文編號(hào)：1301712