目的:研究circPARP4的表達與肺腺癌的關系,并探討circPARP4在肺腺癌發(fā)生發(fā)展中的作用。方法:(1)對支氣管上皮細胞(BEAS-2B)、肺腺癌細胞(H1299)培養(yǎng),分別取3個BEAS-2B和H1299細胞樣本行RNA Seq測序,獲取全部circRNAs序列,對序列進行分析,獲取差異circRNAs表達譜。(2)將差異circRNAs表達譜的測序結果比對到circBase數(shù)據(jù)庫中,選取在H1299細胞中顯著下調(diào)的circRNA為目標circRNA。使用UCSC數(shù)據(jù)庫進一步分析目標circRNA分子來源與結構。(3)采用實時熒光定量PCR(qRT-PCR)技術檢測20例肺腺癌患者手術標本,比較每份標本癌組織和癌旁組織目標circRNA的表達差異;分析目標circRNA的表達水平與臨床病理參數(shù)的關系。(4)使用RBPDB數(shù)據(jù)庫對目標circRNA結合的蛋白質(zhì)(RNA bingding protein,RBP)進行預測,利用TCGA數(shù)據(jù)庫分析目標RBP在肺腺癌樣本中總體表達情況及與患者預后的相關性。對目標circRNA下游靶基因行GO和KEGG pathway分析,推測目標ci...

【文章頁數(shù)】：52 頁

【學位級別】：碩士

【部分圖文】：

圖1：H1299細胞circRNAs表達的聚類分析

16結果1.H1299細胞circRNAs的差異表達譜相比較于BEAS-2B細胞，H1299細胞中共有460個表達差異的circRNAs，278個circRNAs顯著表達差異上調(diào)，182個circRNAs顯著表達差異下調(diào)。通過聚類分析可以看出BEAS-2B細胞和H1299細胞ci....

圖2：H1299細胞circRNAs表達的散點圖

17圖2：H1299細胞circRNAs表達的散點圖圖3：H1299細胞circRNAs表達的火山圖圖4：差異表達circRNAs的染色體分布特征圖5：差異表達circRNA類型分布特征注：圖1綠色代表circRNA在H1299細胞中表達相對下調(diào)；紅色代表circRNA在H129....

圖3：H1299細胞circRNAs表達的火山圖

17圖2：H1299細胞circRNAs表達的散點圖圖3：H1299細胞circRNAs表達的火山圖圖4：差異表達circRNAs的染色體分布特征圖5：差異表達circRNA類型分布特征注：圖1綠色代表circRNA在H1299細胞中表達相對下調(diào)；紅色代表circRNA在H129....

圖4：差異表達circRNAs的染色體分布特征

17圖2：H1299細胞circRNAs表達的散點圖圖3：H1299細胞circRNAs表達的火山圖圖4：差異表達circRNAs的染色體分布特征圖5：差異表達circRNA類型分布特征注：圖1綠色代表circRNA在H1299細胞中表達相對下調(diào)；紅色代表circRNA在H129....

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