癌癥,即惡性腫瘤,現(xiàn)在已經(jīng)成為威脅人類生命健康的全球主要公共衛(wèi)生問題之一。如何提早發(fā)現(xiàn)癌癥以及有效地預(yù)防治療癌癥是目前亟待解決的問題。目前對于癌癥的分子機(jī)制尚不清楚,而大多數(shù)關(guān)于癌癥的轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究都集中在腫瘤與正常組織之間每個(gè)基因的差異表達(dá),由癌癥引起的其他擾動包括基因調(diào)控變異,基因模塊的變化等或多或少被忽略,但這些可能對癌癥的診斷,治療和預(yù)后至關(guān)重要。在眾多癌癥中,乳腺癌是一種在女性中普遍流行的復(fù)雜疾病,是女性中最常見的惡性腫瘤之一,自20世紀(jì)70年代末以來,全球乳腺癌發(fā)病率不斷上升,并且出現(xiàn)年輕化趨勢,全球每年新發(fā)乳腺癌病例約167.1萬,每年約52.2萬人死于乳腺癌。本文以乳腺癌為例,從多個(gè)角度展開研究,通過對乳腺癌的研究,希望可以為癌癥的研究提供一個(gè)完整的框架,為癌癥的診斷、治療和預(yù)后提供幫助。本文從腫瘤基因組圖譜（TCGA）數(shù)據(jù)庫中下載1109例乳腺癌組織和113例非腫瘤組織的RNA表達(dá)譜,以及乳腺癌患者的臨床信息。從以下幾個(gè)方面對乳腺癌進(jìn)行研究:首先,利用DESeq2進(jìn)行差異表達(dá)分析,識別MMP11和COL10A1等14118個(gè)差異基因,并對這些差異基因進(jìn)行生存分析,找到影... 

【文章來源】：大連海事大學(xué)遼寧省 211工程院校

【文章頁數(shù)】：50 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

圖１．１工作流程圖??Ｆｉｇ．?１．１?Ｗｏｒｋｆｌｏｗ?ｏｆ?ｔｈｅ?ｐｒｏｊｅｃｔ??

ｏｒ／，．．．，ｍｗｏＷ０）與整個(gè)腫瘤數(shù)據(jù)（１０９６個(gè)樣本）之間差異不大。因此，出于數(shù)據(jù)平衡的??目的，本文選擇ｍｗｏｒ／中腫瘤數(shù)據(jù)進(jìn)行后續(xù)的研宄，而不是全部的腫瘤數(shù)據(jù)。??４．?１．２構(gòu)建共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)??在本節(jié)利用ＷＧＣＮＡ分別構(gòu)建正常樣本和腫瘤樣本的加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)。在正常??的網(wǎng)絡(luò)中，我們將基因分成９３個(gè)彩色模塊和１個(gè)灰色模塊，在腫瘤網(wǎng)絡(luò)中有１３４個(gè)彩??色模塊和１個(gè)灰色模塊。由于灰色模塊是由所有不屬于任何模塊的基因組成的，即離散??點(diǎn)，所以不在研究的范圍之內(nèi)。正常和腫瘤網(wǎng)絡(luò)如圖４．１所示，圖中每一行和每一列對??應(yīng)一個(gè)基因。在左側(cè)和頂部是層次聚類樹和模塊分配。紅色代表較高的相似度，黃色代??表較低的相似度。由于模塊由相似度高的基因組成，所以對應(yīng)圖中對角線的紅色區(qū)域。??而表４．２和４．３分別列出了?ｍｗｏＷ和正常網(wǎng)絡(luò)中基因數(shù)量最多的前２０個(gè)模塊，其余結(jié)??果見補(bǔ)充文件Ｔａｂｌｅ?Ｓ５。??（Ａ）?（Ｂ）??ｆｉｔ?ｔｗｏ?ｒｋ?ｈ＊ａｔｍｓｐ?ｐｌｏｔ?Ｎｔｔｗｏｒｋ?ｈＭｔｍａｐ?ｐｌｏｔ??＿＿?■■鼸曬?ＩＩＩＩＩＩＩＩＩｌＩｔｔｆｌＩｌｌｉｉＨｌｉｌｌｉＢＩＩＩＩＩＩＩＨＩＩＵ?ＩＩＩ?■??ｆ１：１?ＩＩ?‘?４１１??ｒｉ?Ｉ??－?ｖ！?．■．Ａ?細(xì)：隱！??圖４．１正常和腫瘤網(wǎng)絡(luò)的熱圖??Ｆｉｇ．?４．１?（Ａ）?ａｎｄ?（Ｂ）?ａｒｅ?ｎｅｔｗｏｒｋ?ｈｅａｔｍａｐｓ?ｏｆ?ｔｕｍｏｒ?１?ａｎｄ?ｎｏｒｍａｌ?ｒｅｓｐｅｃｔｉｖｅｌｙ??－２１?－??

??ｈｏｎｅｙｄｅｗ?１．６７?１?ｔｈｉｓｔｌｅ２?１．４１?１??ｉｎｄｉａｎｒｅｄ３?５．０４?０．９６?ｔｈｉｓｔｌｅ３?１．４４?１??ｌｉｇｈｔｐｉｎｋ４?１．２４?１?ｔｈｉｓｔｌｅ４?１．２５?１??ｌｉｇｈｔｓｔｅｅｌｂｌｕｅ?１．９２?１?ｔｕｒｑｕｏｉｓｅ?２．１４?１??ｍａｇｅｎｔａ?１．２９?１?ｙｅｌｌｏｗ?１．０７?１??ｍｅｄｉｕｍｐｕｒｐｌｅ３?１．３?１?ｙｅｌｌｏｗ２?１．１?１??圖４．２是對ＭＤＣ結(jié)果的可視化，其中柱形圖的顏色對應(yīng)于模塊的名稱，并在顯著??差異的模塊上方用星號標(biāo)注。??５?－１??４－??￥??（０??１?３－?，??■〇??Ｉ?，??Ｅ??〇?２＿?Ｉ??〇??〇??。－?Ｉ?Ｉ?！?ＩＩ１１?Ｉ?１１１?Ｍｉｌｌ?ｌＯＩＢＩＩＤＤＤＩ?１１１?ＩＩＩＩＩ?Ｄｉｍ?ｒｎｍｍｍｉ＾，＾??＃?，零，評?１＿Ｆ??圖４．２腫瘤與正常網(wǎng)絡(luò)模塊的ＭＤＣ??Ｆｉｇ．?４．２?ＭＤＣ?ｏｆ?ｍｏｄｕｌｅｓ?ｆｒｏｍ?ｔｕｍｏｒ?ｔｏ?ｎｏｒｍａｌ??４．３腫瘤與正常網(wǎng)絡(luò)顯著差異模塊的功能富集??我們利用ＣｌｕｅＧＯ對ＭＤＣ得到的２３個(gè)顯著差異的模塊進(jìn)行了功能富集分析。表??４．６展示了前１０個(gè)最顯著差異的模塊的主要功能。在表４．７和圖４．３，展示了模塊ｒｅｄ的??詳細(xì)信息。其他詳細(xì)結(jié)果見補(bǔ)充文件Ｔａｂｌｅ?Ｓ６。??表４．６?１０個(gè)顯著差異的模塊富集的功能匯總??Ｔａｂ．?４．６?Ｔｈｅ?ｓｕｍｍａｒｙ?ｔａｂｌｅ?ｏｆ?ｆｕｎｃｔｉｏｎ?ｅｎｒｉｃｈｍｅｎｔ?ｉｎ?１０?ｓｉｇｎｉｆｉｃ

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]基于WGCNA算法的基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建理論及其R軟件實(shí)現(xiàn)[J]. 宋長新,雷萍,王婷.  基因組學(xué)與應(yīng)用生物學(xué). 2013(01)

博士論文
[1]加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析（WGCNA）在食管鱗癌中的應(yīng)用[D]. 王攀.北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院 2014

碩士論文
[1]基于生物信息學(xué)方法構(gòu)建肝細(xì)胞癌預(yù)后風(fēng)險(xiǎn)模型及鐵死亡分子機(jī)制的探討[D]. 張斯娜.內(nèi)蒙古醫(yī)科大學(xué) 2019



本文編號：3344389