本文關(guān)鍵詞：腸道病毒71型（EV71）感染相關(guān)基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)建模與分析

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【摘要】：腸道病毒71型(Enterovirus 71,EV71)感染可引起手足口病及其他嚴(yán)重臨床病癥,感染過程中病毒和宿主相互作用與病毒致病性密切相關(guān)。本研究基于加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析(Weighted Gene Co-expression Network Analysis,WGCNA)方法,構(gòu)建EV71感染細(xì)胞相關(guān)基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)和加權(quán)基因共表達(dá)模塊,分析模塊間及模塊與感染時間關(guān)聯(lián)性,挖掘感染關(guān)鍵基因,通過q-PCR實驗檢測目標(biāo)基因轉(zhuǎn)錄本表達(dá)水平。本研究的數(shù)據(jù)源于EBI數(shù)據(jù)庫的GEOD-15323數(shù)據(jù)集。對6642個高度差異探針組進(jìn)行加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)建模,獲得18個模塊,pink和darkgreen模塊與感染時間具有高關(guān)聯(lián)性。結(jié)合基因富集和通路分析可知pink模塊GO術(shù)語為大分子復(fù)合物裝配、蛋白復(fù)合物裝配和大分子復(fù)合物,涉及通路為艾茨海默癥、谷胱甘肽代謝和氧化磷酸化;darkgreen模塊GO術(shù)語為細(xì)胞大分子降解過程、翻譯起始、熱激蛋白結(jié)合、蛋白質(zhì)轉(zhuǎn)運活性、大分子復(fù)合物、細(xì)胞質(zhì)基質(zhì),涉及通路為蛋白酶體、核糖體、內(nèi)質(zhì)網(wǎng)的蛋白加工、甲狀腺激素信號通路和癌癥中蛋白質(zhì)糖基化。Visant展示目標(biāo)模塊的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)并篩選出pink模塊樞紐基因RPS4X、HSPA13、CXCL9、CD55與darkgreen模塊樞紐基因ABLIM1、MPDU1、SUPT7L、CTSS。qPCR驗證的3個持續(xù)上調(diào)的基因TXNIP、EGR1、c-FOS和8個樞紐基因的轉(zhuǎn)錄水平與芯片數(shù)據(jù)一致,其中TXNIP、EGR1、c-FOS表達(dá)上調(diào)超過2.5倍,CXCL9下調(diào)4.5倍。對這11個病毒感染關(guān)鍵基因進(jìn)行文獻(xiàn)挖掘發(fā)現(xiàn),TXNIP參與細(xì)胞的氧化應(yīng)激反應(yīng),可能是腸道病毒71型感染導(dǎo)致細(xì)胞病變的關(guān)鍵基因;有報道顯示EGR1直接和腸道病毒RNA相互作用促進(jìn)病毒復(fù)制。本研究證實WGCNA是一種挖掘樞紐基因的有效方法,使用該方法篩選的RPS4X、HSPA13、ABLIM1、MPDU1、CXCL9、CD55、SUPT7L和CTSS可能在EV71感染中具有重要作用,上述感染關(guān)鍵基因?qū)Ψ治霾《靖腥緦?dǎo)致的細(xì)胞病變、疾病發(fā)生和發(fā)展過程具有指導(dǎo)意義,為手足口病的診斷生物標(biāo)志物和藥物作用靶標(biāo)提供新思路。
【學(xué)位授予單位】：湖北工業(yè)大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2017
【分類號】：R373.25

【參考文獻(xiàn)】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 孫維華;朱祥;堯晨光;孫鴿;寇錚;胡康洪;;伴HBV感染性肝癌調(diào)控樞紐基因篩選與初步鑒定[J];生物信息學(xué);2016年04期

2 吳月明;朱耐偉;朱勇U，

本文編號：1283996