長非編碼RNA(long noncoding RNA,lncRNA)為長度大于200個核苷酸且不具有編碼性的RNA,它們并不是基因轉(zhuǎn)錄過程中產(chǎn)生的"垃圾",反而是具有重要調(diào)控功能的轉(zhuǎn)錄本。已有的研究證實lncRNA在胚胎發(fā)育、劑量補償、細胞分化、信號傳導、凋亡、基因印跡以及免疫應(yīng)答等各種生理或病理過程中都發(fā)揮著重要的調(diào)控作用。同時lncRNA還與多種人類癌癥的發(fā)生、發(fā)展及轉(zhuǎn)移緊密關(guān)聯(lián),并且其中的一些已被鑒定為相應(yīng)癌癥的生物學標志物或藥物治療的靶點。lncRNA通常需要和特定的蛋白質(zhì)發(fā)生相互作用來發(fā)揮相應(yīng)的功能,所以lncRNA與蛋白質(zhì)之間的相互作用對于注釋lncRNA功能至關(guān)重要。為此,我們利用人類基因組已注釋的lncRNA和蛋白質(zhì),在全基因組范圍內(nèi)根據(jù)lncRNA的二級結(jié)構(gòu)和蛋白質(zhì)的功能域信息,預測和鑒定lncRNA與蛋白質(zhì)之間的相互作用。接著,我們對這些相互作用進行了系統(tǒng)地分析和過濾,并構(gòu)建了一個用戶友好的人類lncRNA與蛋白質(zhì)的相互作用及與變異和疾病的關(guān)系數(shù)據(jù)庫HLPID(http://www.megabionet.org/HLPID/)來存儲和展示這些相互作用信息。在HLPID中,用戶不僅可以快速查詢他們所關(guān)注的lncRNA或蛋白,獲取lncRNA和蛋白質(zhì)之間的相互作用信息。還可以從數(shù)據(jù)庫中獲取關(guān)于lncRNA與疾病的關(guān)聯(lián)、lncRNA的表達、變異以及在不同癌癥中的生存分析結(jié)果等詳細信息。本課題不僅對認識lncRNA和蛋白質(zhì)的調(diào)控關(guān)系有重要的促進作用,而且可以為lncRNA的功能研究提供重要的數(shù)據(jù)支撐,為后續(xù)研究奠定良好的基礎(chǔ)。
【學位授予單位】：華東師范大學
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2017
【分類號】：R3416

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本文編號：1275706